Như vậy, gắn liền với Cảng Sài Gòn là sự mở mang toàn bộ hệ thống thuộc địa của thực dân Pháp ở Nam Kỳ và toàn Ðông Dương. Sau khi kéo quân vào Nam Kỳ đầu năm 1959, thực dân Pháp bắt đầu có quyết định xây dựng Cảng Sài Gòn vào ngày 22-2-1860. Ðể thực hiện công việc này trong điều kiện khó khăn khi mới vào Nam Kỳ, người Pháp đã giao việc xây dựng cảng biển đầu tiên này cho Hãng Messageriesies Imperiales. Hãng này bắt đầu xây dựng cảng năm 1862 và một năm sau, Cảng chính thức thông thương với quốc tế dưới tên gọi là Port de Commerce de Sai Gon. Sau đó ngày 2-1-1914, toàn quyền Pháp tại Ðông Dương đã ký sắc lệnh công nhận Thương cảng Sài Gòn là một cảng công lập, có nghĩa vụ đóng thuế cho chính phủ Pháp ở Ðông Dương.
Suốt trong quá trình phát triển, Thương cảng Sài Gòn là một cảng lớn nhất tại cả địa bàn Ðông Dương, mà trong hai giai đoạn 1936-1943 và 1946-1954, Cảng Sài Gòn đã đưa các hàng chiến lược từ vũ khí, kim khí, máy móc, cũng như hàng hóa tiêu dùng cho đội ngũ quân Pháp tại ba kỳ Việt Nam, Lào, Cam-pu-chia. Hàng xuất từ Nam Kỳ đi chủ yếu là gạo, cao-su, sản phẩm thiên nhiên. Số lượng tàu vào, ra cảng các năm này cho thấy hàng phục vụ cho cuộc chiến tranh của Pháp là cao nhất, như năm 1944: 267 chiếc với 420 nghìn tấn hàng, lượng tàu vào nhiều nhất là năm 1954 với 1.745 chiếc với 2 triệu 855 nghìn tấn hàng. Trong suốt 15 năm kể từ 1940 đến 1955 khi Pháp bàn giao Cảng Sài Gòn cho đế quốc Mỹ, thì tại Thương cảng Sài Gòn đã có 30 triệu tấn hàng hóa vào ra cảng. Khi bàn giao thương cảng, lần đầu tiên người Pháp đã mở lớp đào tạo hoa tiêu cho người Việt, và đây cũng là lớp hoa tiêu đầu tiên mà người Việt Nam được học nghề đi biển.
Từ năm 1954-1955, Thương cảng Sài Gòn có đủ tư cách pháp nhân, quyền tự trị. Năm 1955, việc cai quản thương cảng được giao cho một Hội đồng quản trị, Giám đốc Thương cảng điều hành về chuyên môn, hành chính và tài chính, do sự ủy quyền và chịu sự kiểm soát của Hội đồng quản trị. Vào những năm này Thương cảng Sài Gòn có ba khu: Khu công tác, khu khai thác, khu hành chính kế toán. Số lượng nhân viên lúc đó là hơn một nghìn nhân viên, kỹ sư. Những năm này lượng hàng xuất nhập qua cảng cũng chủ yếu là hàng phục vụ cho chiến tranh, nhiều là các năm 1955: có 2,3 triệu tấn; 1964 có 3,3 triệu tấn.
Là một thương cảng lớn nhất và được hình thành sớm nhất của Việt Nam, Thương cảng Sài Gòn nằm trên sông Sài Gòn, cách biển 45 km, diện tích lúc xây dựng 386 mẫu, gồm năm khu vực cảng thành viên là: Khu Hàm Nghi dọc theo hữu ngạn sông Sài Gòn có ba cầu tàu dành cho tàu lưu hành nội địa; khu Nhà Rồng tọa lạc trên khúc sông Tàu Hủ, Kênh Tẻ có 3 bến đầu cho tàu viễn dương; khu Khánh Hội có một bến đầu cũng dành cho tàu viễn dương; khu chợ Cá - khu 18 - có ba cầu tàu và hai bến đậu tàu nội địa. Quan trọng nhất là khu chính của Thương cảng Sài Gòn, tất cả đều cho tàu viễn dương neo đậu, ăn hàng.
Sau ngày giải phóng hoàn toàn miền nam, thống nhất đất nước, sau khi ta tiếp quản theo quyết định số 28/TC ngày 25-7-1975, Thương cảng Sài Gòn chính thức mang tên Cảng Sài Gòn. Hiện nay Cảng Sài Gòn vẫn là một cảng lớn nhất cả nước với năm khu cảng hoàn chỉnh: Nhà Rồng, Khánh Hội, Tân Thuận 1, Tân Thuận 2 và Cần Thơ. Toàn bộ hệ thống Cảng có 570 nghìn m2, với 2.830 m cầu tàu, 250 nghìn m2 bãi chứa hàng, năng lực bốc xếp là trên 16 triệu tấn/năm.
Hiện Cảng Sài Gòn vẫn là đơn vị đầu đàn trong ngành vận tải biển của Việt Nam. Cảng đã được phong tặng danh hiệu Anh hùng Lao động trong thời kỳ đổi mới và hàng nghìn kỹ sư, cán bộ, công nhân của cảng luôn vinh dự là nơi 100 năm trước đã tiễn chân Bác Hồ đi tìm đường cứu nước, giải phóng dân tộc. Và Sài Gòn cũng là nơi lãnh tụ Nguyễn Ái Quốc đã từ nước ngoài truyền bá chủ nghĩa Mác - Lê-nin và chuyển các tài liệu cách mạng, yêu nước về giác ngộ cho đội ngũ công nhân, người lao động để đứng lên đấu tranh giành độc lập và tự do.