Tọa lạc trong khuôn viên rộng 53.000 m2 ở khu vực Chợ Lớn (quận 5), Bệnh viện Chợ Rẫy có kiến trúc hiện đại với những khối nhà cao 11 tầng được bao bọc chung quanh toàn bằng kính.
Hiện bệnh viện có 37 khoa lâm sàng, 11 khoa cận lâm sàng, chín phòng chức năng; bốn đơn vị, ba trung tâm và 1.629 giường kế hoạch. Đây là một trong những trung tâm y tế được trang bị đầy đủ các thiết bị hiện đại và đồng bộ từ các máy móc xét nghiệm cơ bản đến CT xoắn ốc, CT đa cắt lớp, MRI, DSA và hệ thống điều trị ung thư hoàn chỉnh gồm mô phỏng, xạ trị và xạ phẫu ( X- knife), SPECT - CT, Cycloton... Với đội ngũ hơn 3.000 người, trong đó có hơn 700 bác sĩ có trình độ chuyên môn cao, Bệnh viện Chợ Rẫy là nơi có nhiều chuyên khoa sâu rất uy tín như: nội - ngoại thần kinh, nội-ngoại tim mạch và lồng ngực, ngoại tiết niệu, thận nhân tạo, nội tiêu hóa, cấp cứu, hồi sức, chẩn đoán hình ảnh, y học hạt nhân, siêu âm, nội soi... Ở đây còn có một số đơn vị kỹ thuật cao như: ghép thận, TOCE, tim mạch học can thiệp, điều trị ung thư, phẫu thuật tim. Trung bình một ngày bệnh viện điều trị nội trú cho khoảng 2.500 người bệnh, khám cho gần 3.500 lượt người và cấp cứu cho khoảng gần 300 ca. Năm 2010, có hơn một triệu lượt người được khám bệnh tại đây trong đó có hơn 116 nghìn người điều trị nội trú. Riêng trong sáu tháng đầu năm 2011, có gần 62 nghìn người bệnh nội trú và gần 500 nghìn người bệnh ngoại trú được điều trị tại đây. Bắt đầu triển khai từ năm 1992, đến nay cơ sở y tế này đã thực hiện thành công hơn 200 ca ghép thận trong tổng số 300 ca của các trung tâm ghép thận trong cả nước.
Giữ vai trò chủ đạo của một bệnh viện Nhà nước ở phía nam, năm 1979, khi chiến tranh biên giới tây nam nổ ra, Bệnh viện Chợ Rẫy đã cử một đoàn cán bộ y tế tình nguyện sang Cam-pu-chia làm nghĩa vụ quốc tế, góp phần quan trọng trong công tác phòng, chống bệnh sốt rét cho các đồng chí mặt trận 479 đang làm nhiệm vụ tại đây. Công tác chỉ đạo tuyến cũng được thực hiện ở nhiều tỉnh với các chuyên khoa: ngoại thần kinh, tim mạch, can thiệp hồi sức cấp cứu, chẩn đoán hình ảnh. Bệnh viện cũng tham gia tích cực Đề án 1816 của Bộ Y tế bằng cách gửi 341 lượt cán bộ gồm 52 tiến sĩ, 155 thạc sĩ, 68 bác sĩ và 66 điều dưỡng, kỹ thuật viên xuống hỗ trợ cho 14 bệnh viện đa khoa nằm ở những vùng xa, đời sống người dân còn gặp nhiều khó khăn và chưa có cơ hội tiếp cận với các dịch vụ y tế chất lượng cao thuộc các tỉnh phía nam. Ngoài ra, hằng năm, Bệnh viện Chợ Rẫy tiếp nhận khoảng 2.500 sinh viên y khoa đến thực tập và hơn 600 bác sĩ đến dự các khóa huấn luyện sau đại học. Đây còn là nơi đào tạo công nghệ và đào tạo lại cho bác sĩ khu vực phía nam.
Tháng 2-2010, Bệnh viện Chợ Rẫy được Bộ Y tế phong là "Bệnh viện hạng đặc biệt". Cũng từ đây, bệnh viện bắt đầu xây dựng đề án phát triển y tế kỹ thuật cao gồm ba lĩnh vực: nghiên cứu triển khai, ghép tim trên người từ người chết não, phát triển rô-bô phẫu thuật, xây dựng la-bô sinh học phân tử.
Bệnh viện Chợ Rẫy là một trong những bệnh viện được xây dựng lâu đời nhất ở Việt Nam. Có mặt đầu tiên ở Chợ Lớn cách đây 111 năm (năm 1900), bệnh viện này mang tên Hôpital municipal de Cholon (Nhà thương thành phố Chợ Lớn). Sau đó được đổi thành Hôpital Indigène (Nhà thương bản xứ), Hôpital Indigène de Cochinchine (Nhà thương bản xứ Nam Kỳ), Hôpital Lalung Bonnaire (tên của ông giám đốc người Pháp), Hôpital 415... Sau đó bệnh viện được tách thành hai phòng khám: Hàm Nghi và Nam Việt. Năm 1957 hai phòng khám này lại được sát nhập thành Bệnh viện Chợ Rẫy. Năm 1966, Chính phủ Nhật Bản ký kết chương trình tài trợ và hợp tác xây dựng mở rộng Bệnh viện Chợ Rẫy. Theo đó, công trình xây dựng bệnh viện mới được tiến hành từ năm 1971 đến 1974. Được đưa vào sử dụng từ tháng 3-1975, Chợ Rẫy trở thành bệnh viện lớn và hiện đại nhất Đông - Nam Á lúc bấy giờ.
Sau ngày miền nam được hoàn toàn giải phóng, cơ sở y tế này được đội ngũ cán bộ Ban dân y miền, Bệnh viện cơ R, lực lượng cán bộ y tế từ miền bắc chi viện tiếp quản. Từ đó đến nay, cùng với lực lượng y bác sĩ và nhân viên tại chỗ, tập thể cán bộ y bác sĩ, nhân viên Bệnh viện Chợ Rẫy đã xây dựng thành công một thương hiệu y tế chất lượng cao ở phía nam cũng như trong cả nước.
