Từ năm 2008 đến nay, khối lượng nước thải trên địa bàn thành phố Hà Nội phát sinh tăng gấp đôi, với tổng lượng nước thải sinh hoạt tại khu vực đô thị ước khoảng gần 960.000 m3/ngày-đêm, tương đương với 350,4 triệu m3/năm. Để xử lý lượng nước thải này, thành phố đã vận hành các nhà máy xử lý nước thải tập trung và các trạm xử lý nước thải khu công nghiệp, cụm công nghiệp. Lượng nước thải sinh hoạt được thu gom, xử lý tập trung theo công suất thiết kế tại tám nhà máy đạt khoảng 296.700 m3/ngày-đêm, tương đương khoảng 108,3 triệu m3/năm, đáp ứng được khoảng gần 30% nhu cầu xử lý nước thải. Ngoài ra, nước thải sinh hoạt phát sinh từ các khu đô thị được xử lý tại các trạm xử lý phân tán.
Hiện nay, thành phố đang tập trung đầu tư xây dựng dự án Nhà máy xử lý nước thải Yên Xá, tại huyện Thanh Trì, với công suất xử lý 270.000 m3 nước thải/ngày-đêm; hệ thống xử lý nước thải tập trung tại làng nghề Phùng Xá, huyện Mỹ Đức với công suất xử lý 500 m3 nước thải/ngày-đêm; Nhà máy xử lý nước thải Vân Canh, huyện Hoài Đức, với công suất xử lý 4.000 m3/ngày-đêm; hệ thống xử lý nước thải làng nghề cơ kim khí Thanh Thùy, huyện Thanh Oai, công suất 1.000 m3/ngày-đêm...
Đồng thời, thành phố đang xem xét, phê duyệt chủ trương đầu tư các dự án xử lý nước thải Phú Đô, nhằm điều chỉnh công suất lên 94.000 m3/ngày-đêm; nâng công suất Nhà máy xử lý nước thải Hồ Tây thành 74.000 m3/ngày-đêm; hệ thống thu gom và nhà máy xử lý nước thải Sơn Tây, thị xã Sơn Tây với công suất tối đa là 75.000 m3/ngày-đêm…
Bên cạnh đầu tư các nhà máy xử lý nước thải, thành phố triển khai các dự án làm sạch, thu gom, nạo vét sông Nhuệ, sông Đáy; xây dựng các trạm bơm tiêu thoát nước và tăng cường công tác giám sát, xử lý vi phạm đất đai, lấn chiếm hành lang các sông thoát nước.
Từ năm 2008 đến nay, trên địa bàn thành phố có 287 công trình thủy lợi được đầu tư, cải tạo, sửa chữa nâng cấp, điển hình như Dự án xây dựng cụm công trình đầu mối Liên Mạc (giai đoạn 1); dự án Nâng cấp trục chính sông Nhuệ kết hợp làm đường giao thông, cải thiện môi trường gắn với chỉnh trang sông, đoạn từ cống Hà Đông đến đường vành đai 4 và đoạn từ Liên Mạc đến cống Hà Đông; xây dựng các trạm bơm tiêu nước vào sông Nhuệ.
Trên sông Đáy, thành phố triển khai dự án Nạo vét, cải tạo lòng dẫn sông Đáy, đoạn từ đập Đáy đến phường Yên Nghĩa (quận Hà Đông) và đoạn từ Yên Nghĩa đến Ba Thá (huyện Mỹ Đức).
Để tăng cường công tác quản lý, thành phố đã giao Công ty TNHH MTV đầu tư phát triển thủy lợi sông Nhuệ cắm mốc giới hành lang sông và bàn giao cho chính quyền địa phương chỉ giới hành lang bảo vệ công trình thủy lợi để thực hiện công tác giám sát, xử lý vi phạm đất đai, lấn chiếm hành lang sông. Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội, UBND các quận, huyện, thị xã tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra trong lĩnh vực bảo vệ môi trường, quản lý tài nguyên nước đối với gần 14.090 cơ sở, qua đó phát hiện, xử lý gần 6.570 cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ vi phạm, phạt hơn 81 tỷ đồng...
Bên cạnh những kết quả đạt được, việc giải quyết tình trạng ô nhiễm nguồn nước, nhất là nguồn nước sông Nhuệ, sông Đáy trên địa bàn Hà Nội còn gặp nhiều khó khăn, vướng mắc do sức ép về gia tăng dân số, phát triển kinh tế, xã hội và phát triển cơ sở hạ tầng rất lớn; liên quan đến nhiều lĩnh vực, nhiều cấp, nhiều bộ, ngành và công tác quản lý trong lĩnh vực bảo vệ môi trường, xử lý chất thải của các tỉnh: Hà Nam, Nam Định, Ninh Bình và Hòa Bình. Kinh phí đầu tư cho các dự án về xử lý ô nhiễm môi trường rất lớn, một số dự án đã và đang được triển khai thi công gặp khó khăn trong công tác giải phóng mặt bằng. Ý thức giữ gìn môi trường của người dân chưa cao, vẫn còn hiện tượng vứt trực tiếp rác thải xuống dòng sông.
Để giải quyết từng bước, đồng bộ vấn đề ô nhiễm nguồn nước lưu vực sông Nhuệ, sông Đáy, góp phần cải thiện chất lượng nguồn nước, bảo đảm phục vụ sản xuất nông nghiệp và dân sinh trên địa bàn thành phố Hà Nội, Bộ Tài nguyên và Môi trường kiến nghị Thủ tướng Chính phủ cho phép các tỉnh, thành phố thuộc lưu vực sông Nhuệ, sông Đáy tiếp tục triển khai các chương trình, kế hoạch bảo vệ môi trường lưu vực các dòng sông đoạn chảy qua địa phương. Tăng cường chỉ đạo, rà soát, đẩy nhanh tiến độ và tập trung triển khai các chương trình, nhiệm vụ, dự án đã được UBND các tỉnh, thành phố phê duyệt, trong đó, tập trung vào các dự án đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải các khu, cụm công nghiệp, các làng nghề và nước thải sinh hoạt của các địa phương nhằm góp phần giảm thiểu ô nhiễm môi trường lưu vực sông; các dự án nạo vét, cải tạo lòng dẫn dòng sông; lắp đặt các trạm quan trắc nước mặt và tăng cường quan trắc môi trường nước mặt sông Nhuệ, sông Đáy.
Tăng cường phối hợp giữa các tỉnh trên lưu vực sông Nhuệ, sông Đáy trong việc đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra, xử lý triệt để, nhất là đối với các nguồn thải từ 100 m3 nước thải/ngày-đêm trở lên, yêu cầu tất cả các cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ... phải xử lý nước thải phát sinh đạt quy chuẩn cho phép trước khi thải ra môi trường. Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp các bộ, ngành có liên quan nghiên cứu việc xử lý ô nhiễm môi trường làng nghề đồng bộ từ cơ chế, chính sách và công nghệ xử lý, làm cơ sở cho các địa phương tiếp tục hoàn thiện để triển khai thực hiện trong những năm tới.