KKT Phú Quốc được tổ chức thành khu phi thuế quan và khu thuế quan. Khu phi thuế quan là khu vực được xác định gắn với cảng An Thới và sân bay Phú Quốc. Khu thuế quan là khu vực còn lại gồm các khu chức năng: khu du lịch, dịch vụ, khu cảng và dịch vụ hậu cần cảng, khu công nghiệp, khu đô thị, khu dân cư, khu hành chính và các khu chức năng khác. Quy mô, vị trí từng khu vực được xác định tại Quyết định số 1197/QÐ-TTg ngày 9-11-2005 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Quy hoạch chung xây dựng đảo Phú Quốc đến năm 2020 và Quyết định số 633/QÐ-TTg ngày 11-5-2010 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt điều chỉnh Quy hoạch chung đảo Phú Quốc đến năm 2030. Tổ chức, hoạt động và các cơ chế, chính sách đối với KKT Phú Quốc được thực hiện theo Luật Ðầu tư, Nghị định số 29/2008/NÐ-CP ngày 14-3-2008 của Chính phủ quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và KKT và các văn bản pháp luật khác có liên quan.
