Hiện, tất cả các hạng mục của tuyến số 2, như Depot, nhà ga đã được phê duyệt quy hoạch tổng mặt bằng, riêng tổng mặt bằng ga ngầm C9 đặt tại khu vực hồ Hoàn Kiếm vẫn chưa được thông qua, do Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch kiến nghị điều chỉnh vị trí ga C9 ra ngoài vùng bảo vệ II của di tích hồ Hoàn Kiếm. Vấn đề này đã được đề cập từ năm 2016 và từ đó đến hết năm 2021, UBND thành phố Hà Nội đã giao Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội tổ chức nhiều hội thảo, tham vấn của nhiều chuyên gia, nhà khoa học về vị trí ga ngầm này. Vừa qua, UBND thành phố đã chỉ đạo Ban Quản lý đường sắt đô thị nghiên cứu bổ sung thêm ba phương án hướng tuyến, vị trí nhà ga C9.
Theo các chuyên gia, sự thận trọng để bảo đảm hài hòa giữa phát triển đô thị với bảo tồn di sản là rất cần thiết, tuy nhiên, cũng cần có những động thái tích cực hơn trong lựa chọn phương án tối ưu trong điều kiện cụ thể tại khu vực này để dự án được đẩy nhanh tiến độ, hoàn thành và phát huy hiệu quả, góp phần hoàn thiện mạng lưới đường sắt đô thị trong nội đô Hà Nội.
Để giải quyết dứt điểm vướng mắc này, ngày 23/3, Văn phòng UBND thành phố Hà Nội có thông báo kết luận của Phó Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội Dương Đức Tuấn tại cuộc họp xem xét thống nhất vị trí mặt bằng ga ngầm C9-hồ Hoàn Kiếm, dự án đường sắt đô thị Nam Thăng Long-Trần Hưng Đạo Trên cơ sở phân tích, đánh giá các ưu, nhược điểm cụ thể của ba phương án, ý kiến trao đổi thống nhất của bộ, ngành trung ương tại cuộc họp, UBND thành phố cho rằng, phương án 3 (phương án bỏ ga ngầm C9 hoặc có thể xem xét xây dựng ga ngầm trong tương lai) không phù hợp với Quy hoạch chung xây dựng Thủ đô, Quy hoạch giao thông vận tải Thủ đô đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt; ảnh hưởng đến kỹ thuật chạy tàu, năng lực vận tải hành khách công cộng, mục tiêu dự án và các tuyến đường sắt đô thị liên quan. Trường hợp ga C9 được xây dựng sau khi tuyến đã đi vào khai thác vận hành là hết sức khó khăn, phức tạp về kỹ thuật, thời gian thi công kéo dài, chi phí xây dựng tăng cao. Do vậy, thành phố thống nhất không đề xuất phương án 3.
Đối với hai phương án còn lại, phương án 1 (điều chỉnh thiết kế, vi chỉnh cục bộ tổng mặt bằng ga ngầm C9 để không nằm vào vùng bảo vệ II của Di tích quốc gia đặc biệt hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn) và phương án 2 (giữ nguyên, không đề xuất điều chỉnh hướng đoạn tuyến và phương án tổng mặt bằng ga ngầm C9) đều có ưu điểm là phù hợp quy hoạch. Tuy nhiên, theo phương án 2, phần cơ bản thân ga và cửa lên xuống số 3 nằm trong vùng bảo vệ II của di tích quốc gia, chưa nhận được sự đồng thuận của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch và Ủy ban Văn hóa, Giáo dục của Quốc hội.
Phương án 1 được nghiên cứu điều chỉnh bảo đảm tính khả thi về kỹ thuật và công nghệ, tuân thủ pháp luật về di sản văn hóa, giải quyết được các kiến nghị của Ủy ban Văn hóa, Giáo dục của Quốc hội và Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch. Theo phương án này, ga ngầm C9 được điều chỉnh thành ga xếp chồng bốn tầng có kết cấu thân ga trùng với ranh giới vùng bảo vệ II, dài 202,4 m, rộng 15 m, sâu khoảng 31 m, một phần ke ga và thân nhà ga nằm bên dưới đường Đinh Tiên Hoàng phía trước Tổng Công ty Điện lực Hà Nội và Trụ sở HĐND-UBND thành phố Hà Nội. Đặt ga ngầm theo phương án này sẽ hạn chế tối đa việc di dời cây xanh khi thi công nhà ga, bảo đảm cảnh quan, môi trường văn hóa và sinh thái khu vực di tích. Ga C9 được điều chỉnh thành ga xếp chồng bốn tầng, tuyến hầm phải điều chỉnh kết cấu từ đi song song đồng mức sang đi xếp chồng dẫn đến giảm phạm vi ảnh hưởng và thu hẹp hành lang tuyến, hạn chế ảnh hưởng đến vùng bảo vệ II của di tích.
Từ đánh giá nêu trên, trên cơ sở ý kiến của đại diện các bộ liên quan và Ủy ban Văn hóa, Giáo dục của Quốc hội, UBND thành phố Hà Nội thống nhất đề xuất phương án 1 để làm cơ sở hoàn chỉnh hồ sơ điều chỉnh chủ trương đầu tư dự án tuyến đường sắt đô thị thành phố Hà Nội số 2 đoạn Nam Thăng Long-Trần Hưng Đạo (giai đoạn 1) báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định và đẩy nhanh nhất tiến độ dự án đầu tư.
Nếu phương án số 1 được chọn thì đại diện chủ đầu tư là Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội sẽ phải thuê tư vấn thiết kế chi tiết nhà ga C9 (do thiết kế phương án này khác thiết kế ban đầu được duyệt), bổ sung nguồn vốn. Sau đó, sẽ cập nhật vào tổng mức đầu tư của dự án để trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt điều chỉnh chủ trương đầu tư dự án. Tiếp đó, TP Hà Nội sẽ thẩm định và phê duyệt lại rồi tổ chức đấu thầu xây lắp. Ước tính, thời gian để hoàn thành sớm nhất các thủ tục này mất khoảng 12 tháng.