Tiêu biểu cho thực trạng này là tuyến rạch Bàu Trâu, nằm giáp ranh giữa quận Tân Phú và quận 6. Theo Sở Tài nguyên và Môi trường (TN-MT) thành phố, tuyến rạch Bàu Trâu từ chỗ ô nhiễm nghiêm trọng, sau nhiều năm được nỗ lực cải tạo, đến đầu năm 2014 đã thông thoáng trở lại, cải thiện đáng kể môi trường sống của hàng nghìn hộ dân sống dọc tuyến rạch. Tuy nhiên, chỉ một năm sau, mức độ tái ô nhiễm trên tuyến rạch Bàu Trâu lại tiếp tục trở thành nỗi lo thường trực của người dân và chính quyền địa phương. Nhiều hộ sản xuất nhỏ lẻ xem tuyến rạch như thùng rác để đổ chất thải. Bà Lê Thị Phấn, một hộ dân sinh sống gần tuyến rạch bức xúc: “Tuyến rạch vừa thông thoáng được một thời gian ngắn lại phải “gồng mình” hứng chịu hàng tấn rác của nhiều hộ dân đổ xuống. Tình trạng này kéo dài càng làm khổ cho trẻ em và người già như chúng tôi”.
Điều tương tự đang xảy ra với hai tuyến kênh lớn của thành phố là kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè và kênh Tân Hóa - Lò Gốm. Đây là hai tuyến kênh lớn chảy qua nhiều quận, huyện của thành phố, có tác dụng điều hòa môi trường, tạo cảnh quan đô thị và có tiềm năng rất lớn để phát triển du lịch. Ngân sách nhà nước đã đầu tư hàng trăm nghìn tỷ đồng để biến những dòng kênh “chết” hồi sinh thành những tuyến kênh uốn lượn thơ mộng trong lòng thành phố. Thế nhưng, chỉ sau một thời gian, các tuyến kênh này đang đối mặt nguy cơ bị rác thải “tấn công” gây ô nhiễm trở lại.
Gần đây, nhiều người dân thành phố không khỏi lo lắng trước hiện tượng cá chết hàng loạt nổi trắng kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè. Đây là lượng cá mà hằng năm thành phố thả xuống để tạo cảnh quan cũng như cải tạo môi trường nước của lòng kênh. Chi cục Quản lý chất lượng và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn TP Hồ Chí Minh cho rằng, cá chết hàng loạt là do khi có mưa lớn đã cuốn theo một lượng lớn nước thải sinh hoạt trong khu vực dân cư cộng thêm lượng rác thải người dân cố ý vứt xuống kênh, làm cho các chỉ số độc hại về chất lượng nước tăng quá mức cho phép. Rõ ràng, kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè đang đối diện nguy cơ ô nhiễm trở lại và đây là thách thức không nhỏ đối với các cơ quan chức năng của thành phố.
Theo Tổng cục Môi trường (Bộ TN-MT), hiện, chất lượng nước của sông Sài Gòn và hệ thống kênh, rạch trên địa bàn TP Hồ Chí Minh vẫn đang tiếp tục ô nhiễm ở mức nghiêm trọng. Theo kết quả quan trắc tại nhiều điểm lấy mẫu nước khác nhau, giá trị trung bình của NH3 vượt quy chuẩn Việt Nam. Nguyên nhân của thực trạng này là do nước thải công nghiệp và nước thải sinh hoạt chưa qua hệ thống xử lý từ nhiều cơ sở sản xuất, nhà máy dọc hai bên tuyến kênh vẫn ngày đêm xả thẳng xuống sông, kênh, rạch.
Sở TN-MT thành phố Hồ Chí Minh đang lập đề án bắt buộc các cơ sở sản xuất có lượng nước thải lớn hơn 1.000 m3/ngày phải lắp đặt hệ thống quan trắc nước thải tự động. Đến hết quý III năm nay, tại các khu chế xuất, khu công nghiệp trên địa bàn thành phố sẽ lắp đặt hệ thống quan trắc nước thải tự động để kiểm soát tình trạng ô nhiễm tại các tuyến kênh, rạch.
Thời gian qua, thành phố đã có nhiều nỗ lực nhằm kiểm soát tình trạng xả thải chưa qua xử lý ra sông, kênh, rạch. Song, với các chế tài chưa đủ sức răn đe như hiện nay, vi phạm về ô nhiễm môi trường vẫn diễn ra thường xuyên, gây tác hại lâu dài và khó khắc phục đối với tài nguyên, môi trường của thành phố. Các hình thức xử phạt nạn xả rác, câu cá gây ô nhiễm tại các tuyến kênh dù đã được quy định, nhưng các chế tài vẫn chưa cụ thể, rõ ràng khiến các cơ quan chức năng thực thi rất lúng túng trong quá trình triển khai…