Nằm trên địa bàn huyện Phú Xuyên, trạm bơm Khai Thái là một trong những điểm tiêu thoát nước lớn của thành phố, có nhiệm vụ bơm tiêu cho khoảng 4.200 ha đất nông nghiệp thuộc tám xã khu vực phía đông của huyện. Năm 2001, trạm bơm được lắp đặt ba máy bơm, công suất 25 nghìn m3/giờ/máy. Tuy nhiên, do bị chập cháy trong quá trình tiêu thoát nước lũ năm 2008, cho nên hiện chỉ có hai máy bơm hoạt động. Trạm bơm dù được đầu tư hệ thống máy bơm công suất lớn, nhưng vẫn chưa có bể điều hòa và bể hút, ảnh hưởng lớn tới hiệu suất tiêu, thoát nước của toàn hệ thống. Tương tự, trên địa bàn huyện Thường Tín có tổng số 31 trạm bơm, trong đó nhiều trạm đã sử dụng gần 50 năm nay, hệ thống máy bơm đã cũ kỹ, công suất bơm tiêu thấp. Ngay như trạm bơm Bộ Đầu, dù mới được đầu tư xây dựng từ năm 1986, với 27 máy bơm, công suất mỗi máy trung bình khoảng 1.000 m3/giờ, nhưng hiện chỉ đạt khoảng 60% công suất thiết kế.
Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hà Nội Chu Phú Mỹ cho biết, trên địa bàn thành phố hiện có 1.918 trạm bơm với tổng số 4.334 máy bơm các loại, trong đó, các công ty thủy lợi quản lý 519 trạm với 2.538 máy bơm. Hệ thống thủy lợi có nhiệm vụ cung cấp nước tưới cho 120.862 ha và tiêu nước cho 212.626 ha đất sản xuất nông nghiệp. Tuy nhiên, nhiều trạm bơm được xây dựng, đưa vào sử dụng 40, 50 năm nay, công năng hoạt động kém, hao tốn điện và gây thất thoát nước. Hệ thống kênh tiêu không bảo đảm cho công tác thoát lũ.
Năm nay, do ngân sách thành phố hạn hẹp, chỉ bố trí 380 tỷ đồng cho công tác thủy lợi. Với số vốn như vậy, ngành nông nghiệp chỉ đủ để trả nợ cho những công trình đã hoàn thành, không có để tiếp tục triển khai các công trình dở dang. Một số dự án cải tạo trạm bơm, nâng cấp đê điều phải giãn tiến độ như: Dự án tu bổ nâng cấp đê bao hữu Bùi, huyện Chương Mỹ; Nâng cấp trạm bơm Đan Hoài, huyện Đan Phượng; Cải tạo nâng cấp trạm bơm Xém, huyện Thường Tín; Cải tạo nâng cấp trạm bơm Đào Xá, huyện Phú Xuyên; Cải tạo nâng cấp kênh tiêu T5, huyện Hoài Đức; Cải tạo, nạo vét sông Giàng, huyện Gia Lâm; Cải tạo, nâng cấp trạm bơm tiêu Săn, huyện Thạch Thất. Ba dự án thủy lợi trọng điểm của thành phố cần đẩy nhanh tiến độ hiện cũng nằm trong tình trạng chờ kinh phí, gồm: cụm công trình đầu mối Liên Mạc; trạm bơm tiêu Yên Nghĩa; cải tạo, nâng cấp trạm bơm Đông Mỹ. Hiện, dự án trạm bơm tiêu Yên Nghĩa mới được đầu tư 50 tỷ đồng, trạm bơm Đông Mỹ bốn tỷ đồng, dự án nạo vét sông Nhuệ 70 tỷ đồng và cống Liên Mạc một tỷ đồng.
Để nâng cao hiệu quả hoạt động của hệ thống thủy lợi, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cần chỉ đạo các doanh nghiệp thủy lợi khẩn trương sửa chữa, khắc phục những sự cố máy móc, bảo đảm công trình ổn định và phát huy năng lực phục vụ sản xuất và phòng, chống lụt bão. Thường xuyên kiểm tra, duy tu và làm sạch các tuyến kênh tưới, kênh tiêu, mái kênh... để dòng chảy thông thoáng. Bên cạnh đó, thành phố cần nhanh chóng bố trí kinh phí bổ sung kế hoạch vốn năm 2014 để thực hiện các dự án thủy lợi chuyển tiếp nói trên. Sở Tài nguyên và Môi trường cần phối hợp các công ty thủy lợi đẩy nhanh việc cắm mốc giới các công trình thủy lợi, nhất là hệ thống trục chính sông Nhuệ, tránh tình trạng các hộ dân lấn chiếm bờ sông. Các quận, huyện, thị xã phối hợp với các công ty thủy lợi trong việc phổ biến, tuyên truyền ý thức bảo vệ các công trình thủy lợi cho người dân. Các công ty điện lực tập trung kiểm tra, sửa chữa các tuyến đường dây cao thế, trạm biến áp các trạm bơm, bảo đảm chất lượng điện ổn định liên tục cho các trạm bơm vận hành đạt hiệu quả. Ngoài ra, các công ty thủy lợi cần phối hợp với chính quyền địa phương nhằm quản lý và thực hiện tốt việc duy tu, bảo dưỡng, cải tạo nâng cấp các công trình thủy lợi, bảo đảm vận hành tốt phục vụ sản xuất và tiêu úng.