Chủ trương cổ phần hóa đã thổi một luồng sinh khí mới vào hoạt động sản xuất, kinh doanh của công ty. Ngay sau khi hoàn thành cổ phần hóa, công ty đã tập trung huy động các nguồn vốn đầu tư cơ sở vật chất, trang thiết bị máy móc hiện đại theo tiêu chuẩn quốc tế; đẩy mạnh công tác nghiên cứu ứng dụng khoa học kỹ thuật và mạnh dạn đổi mới cơ chế hoạt động, sắp xếp lại các khâu trong quá trình sản xuất, kinh doanh. Qua đó tạo bước phát triển nhanh trong cả sản xuất và kinh doanh. Ðến nay công ty đã đầu tư gần một trăm tỷ đồng xây dựng hệ thống nhà xưởng sản xuất, phòng thí nghiệm, nhập khẩu thiết bị, máy móc dây chuyền sản xuất hiện đại đạt tiêu chuẩn Thực hành tốt sản xuất thuốc của Tổ chức Y tế thế giới (GMP-WHO), Thực hành tốt kiểm nghiệm thuốc (GLP),
Thực hành tốt bảo quản thuốc (GSP), hệ thống chi nhánh cung ứng thuốc hướng tới Thực hành tốt phân phối thuốc (GDP) và Nhà thuốc tốt (GPP). Ðến năm 2007, công ty đã có ba nhà máy sản xuất viên cốm non bê-ta-lac-tan; thuốc kháng sinh bê-ta-lac-tan dòng pê-ni-xi-lin và thuốc tiêm, nhỏ mắt đạt tiêu chuẩn GMP-WHO. Trong đó nhà máy sản xuất thuốc tiêm, nhỏ mắt đạt tiêu chuẩn GMP-WHO đầu tiên của các tỉnh phía bắc. Hiện nay, công ty đang xây dựng thêm một nhà máy sản xuất thuốc đông dược đạt tiêu chuẩn quốc tế GMP - WHO, và là nhà máy thứ sáu của cả nước.
Song song với đầu tư nhà xưởng, trang thiết bị hiện đại, công ty cũng có nhiều chính sách đầu tư phát triển nguồn nhân lực có trình độ. Tám năm, công ty đã thu hút được 25 dược sĩ đại học và kỹ sư tự động hóa, ngoài ra còn cử 40 cán bộ khác đi học đại học và sau đại học; hằng năm cử 15 cán bộ dược sĩ đại học đi đào tạo chuyên sâu kiến thức GPs tại các trung tâm, viện, trường đại học chuyên ngành. Nhờ đó, đến nay công ty đã có hơn 150 cán bộ có trình độ đại học và trên đại học. Ðội ngũ này đã và đang góp phần cụ thể hóa chủ trương đẩy mạnh công tác nghiên cứu ứng dụng khoa học kỹ thuật, bảo đảm sản phẩm có chất lượng tốt, an toàn đến tay người sử dụng. Trong tám năm, Thephaco có 66 mặt hàng mới được đưa vào lưu hành trên thị trường. Trong đó nhiều sản phẩm có thương hiệu và nhận giải thưởng cao, như ống bổ dưỡng Biofil, viên nén vỉ Bioamin, viên bao Film Hyđan được nhận giải thưởng sáng tạo khoa học công nghệ Việt Nam (VIFOTEC), cúp vàng ISO... Một số sản phẩm còn được nhận huy chương đồng Hội chợ kinh tế kỹ thuật Xơ-un (Hàn Quốc); Huy chương đồng triển lãm ứng dụng khoa học công nghệ Ma-lai-xi-a... Ðáng chú ý, phong trào 'Lao động giỏi, lao động sáng tạo' phát huy sáng kiến, cải tiến kỹ thuật nâng cao năng suất và chất lượng sản phẩm đã tạo ra sức lôi cuốn mạnh mẽ nhất và thu hút nhiều cán bộ, công nhân viên kỹ thuật và người lao động tham gia. Cán bộ công nhân viên công ty đã được Tổng Liên đoàn
Lao động Việt Nam tặng 16 Bằng lao động sáng tạo. Trong phong trào đó đã có nhiều công trình nghiên cứu khoa học được ứng dụng vào sản xuất kinh doanh của công ty và mang lại hiệu quả cao. Tiêu biểu nhất là hai công trình khoa học đã đoạt Giải thưởng khoa học sáng tạo Việt Nam VIFOTEC đó là công trình sản xuất ống uống bổ dưỡng Biofil từ sinh khối nấm men bia của Công ty CP Bia Thanh Hóa và sản xuất viên hoàn cứng bao Film Hyđan 500. Công trình sản xuất ống uống bổ dưỡng Biofil là công nghệ sinh hóa đi từ nguyên liệu là sinh khối nấm men bia thứ phẩm, sản xuất khép kín trong môi trường vô khuẩn. Qua mười năm đưa vào sản xuất lưu thông, năm 2010 công ty đã sản xuất đạt 13 triệu ống/năm, là sản phẩm có số lượng sản xuất cao nhất trong toàn quốc và có hiệu quả điều trị, tăng 26 lần so với năm 2001. Viên hoàn cứng bao Film Hyđan là sản phẩm đông dược được bào chế từ cây cỏ thiên nhiên sẵn có trong nước, có tác dụng chữa phong tê thấp, đến nay công ty duy trì sản xuất 50 triệu viên/năm. Ðến nay hơn 250 sản phẩm do công ty sản xuất đã được Cục Quản lý dược (Bộ Y tế) cấp phép lưu hành trong cả nước.
Bên cạnh đó, công ty luôn quan tâm đầu tư mở rộng và phát triển mạng lưới cung ứng thuốc đến tất cả các vùng sâu, vùng xa, miền núi nhằm bảo đảm cung ứng thuốc phòng, chữa bệnh cho nhân dân trong địa bàn tỉnh. Ðồng thời xây dựng và phát triển mạng lưới cung ứng thuốc đến tất cả các tỉnh, thành phố trong cả nước và bước đầu vươn ra nước ngoài, trước tiên là mở chi nhánh kinh doanh tại Cộng hòa dân chủ nhân dân Lào. Bằng những cố gắng không mệt mỏi, đến nay thương hiệu Thephaco khẳng định chỗ đứng trên thị trường, trở thành một trong mười doanh nghiệp có doanh thu hàng đầu của ngành dược Việt Nam và nằm trong tốp 500 doanh nghiệp cổ phần có doanh thu lớn nhất cả nước xứng đáng là đơn vị Anh hùng Lao động trong thời kỳ đổi mới.
