Thực trạng hiện nay, các tuyến giao thông huyết mạch như cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh-Long Thành-Dầu Giây, tuyến quốc lộ 1A, quốc lộ 1K, quốc lộ 51… đã quá tải. Trong khi cảng Cái Mép-Thị Vải đã được đầu tư rất lớn nhưng hạ tầng giao thông chưa được kết nối nên vẫn chưa thể phát huy được nguồn lực. Nếu không có những tuyến giao thông kết nối mới giữa Thành phố Hồ Chí Minh với các tỉnh Đồng Nai, Bà Rịa-Vũng Tàu và các địa phương khác trong vùng thì tình trạng ùn tắc giao thông ngày càng diễn ra nghiêm trọng.
Thạc sĩ Nguyễn Thị Vân, Viện Khoa học xã hội vùng Nam Bộ cho biết: Sự phát triển kết cấu hạ tầng toàn Vùng kinh tế trọng điểm phía nam đã và đang gặp phải một số vấn đề. Cụ thể, hạ tầng giao thông của khu vực vẫn còn thiếu đồng bộ, chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển. Khu vực này còn tồn tại nhiều điểm nghẽn về kết nối đường bộ, sân bay, cảng biển, đường thủy nội địa… cần sớm được tháo gỡ. Việc tăng cường kết nối nội vùng và liên vùng với đồng bằng sông Cửu Long là đòn bẩy tạo động lực phát triển kinh tế cho toàn Vùng kinh tế trọng điểm phía nam vẫn chưa đạt được như kỳ vọng, hạ tầng giao thông hạn chế là cản trở lớn trong việc kết nối này.
Ngoài ra, một trong những đặc điểm riêng của Vùng kinh tế trọng điểm phía nam là khu vực có tỷ lệ người nhập cư cao nhất cả nước, khiến vùng này phải đối mặt với nhiều mặt trái của quá trình đô thị hóa và tăng trưởng như kẹt xe, ngập lụt, quá tải hạ tầng giao thông... Trong khi đó, thiếu vốn đang là "nút thắt" lớn nhất của các tỉnh, thành phố Vùng kinh tế trọng điểm phía nam trong việc giải quyết các vấn đề cấp bách về kết cấu hạ tầng giao thông, an sinh xã hội…
Theo Tiến sĩ Nguyễn Hữu Nguyên, Hội Quy hoạch Phát triển đô thị Thành phố Hồ Chí Minh, hiện các cơ quan, địa phương liên quan đang tập trung nỗ lực thực hiện dự án đường Vành đai 3 đi qua các tỉnh, thành phố Đồng Nai, Bình Dương, Thành phố Hồ Chí Minh, Long An. Đây là dự án có tầm quan trọng rất lớn, có chức năng kết nối Vùng kinh tế trọng điểm phía nam và miền Tây Nam Bộ.
Việc thực hiện dự án Vành đai 3 cũng còn khó khăn về nhiều mặt, nhất là công tác giải phóng mặt bằng không kịp, làm chậm tiến độ thi công. Sân bay quốc tế Tân Sơn Nhất thường xuyên quá tải và ùn tắc giao thông trong những dịp lễ, Tết, trong khi dự án xây dựng Cảng hàng không quốc tế Long Thành (Đồng Nai) còn đang ở giai đoạn đầu… Nhìn chung hạ tầng giao thông ở Vùng kinh tế trọng điểm phía nam đang trong tình trạng "quá tải" ở những khu vực trọng yếu trong khi các giải pháp khắc phục cũng đang được tiến hành rất khẩn trương với tinh thần "đột phá".
Để tạo động lực cho toàn vùng phát triển, Tiến sĩ Nguyễn Hữu Nguyên cho rằng: Kết cấu hạ tầng của Vùng kinh tế trọng điểm phía nam bao gồm rất nhiều lĩnh vực nhưng không thể dàn đều để đầu tư mà cần tập trung nguồn lực vào những lĩnh vực then chốt là hạ tầng giao thông, hạ tầng đô thị, hạ tầng công nghệ số. Các lĩnh vực này sẽ tác động thúc đẩy sự phát triển các lĩnh vực khác. Đối với hạ tầng giao thông, vùng có tiềm năng phát triển rất lớn đối với tất cả các loại hình giao thông từ đường bộ, đường sắt, đường thủy và đường hàng không.
Vùng có các con sông lớn với nhiều cảng sông và cảng biển, có các sân bay quốc tế đang hoạt động và đang xây dựng. Riêng giao thông đô thị đang là bài toán khó cho vùng, như ở Thành phố Hồ Chí Minh trong vùng nội đô hầu như không còn quỹ đất, tỷ lệ diện tích dành cho giao thông chưa bằng 1/2 tiêu chuẩn của đô thị hiện đại cho nên nạn kẹt xe khó giải quyết.
Những năm qua, Vùng kinh tế trọng điểm phía nam được Trung ương và các địa phương trong vùng ưu tiên nguồn vốn đầu tư hạ tầng giao thông để tạo ra những bước đột phá trong phát triển kinh tế. Theo đó, nhiều dự án giao thông lớn đã được quy hoạch và triển khai như đường cao tốc Bến Lức-Long Thành, cao tốc Biên Hòa-Vũng Tàu, Cảng hàng không quốc tế Long Thành, đường Vành đai 3, cao tốc Dầu Giây-Phan Thiết...
Khi các dự án này hoàn thành sẽ giúp kết nối các tỉnh, thành phố trong vùng và tạo ra tăng trưởng nhanh về kinh tế-xã hội, rút ngắn thời gian vận chuyển hàng hóa, giảm bớt chi phí cho doanh nghiệp. Dự kiến đến năm 2025, nhiều dự án hạ tầng giao thông kết nối vùng sẽ hoàn thành và đưa vào sử dụng, tạo ra "bức tranh mới" đối với mạng lưới giao thông kết nối vùng. Trong đó, nổi bật là các tuyến cao tốc Bến Lức-Long Thành, Thành phố Hồ Chí Minh-Cần Thơ (đoạn Mỹ Thuận-Cần Thơ và cầu Mỹ Thuận 2), cao tốc Biên Hòa-Vũng Tàu, đường Vành đai 3, cao tốc Dầu Giây-Phan Thiết...
Hiện, các địa phương cũng đang khẩn trương phát triển hệ thống giao thông kết nối, chờ đợi đấu nối vào những dự án trọng điểm trên nhằm phá thế độc đạo của một số tuyến giao thông hiện hữu, tạo điều kiện cho các địa phương bứt phá phát triển.
Để Vùng kinh tế trọng điểm phía nam thật sự trở thành vùng kinh tế phát triển năng động với chất lượng tăng trưởng cao, các chuyên gia cho rằng, vùng cần ưu tiên giải quyết nút thắt về hạ tầng kết nối bao gồm các tuyến đường bộ kết nối trực tiếp mạng giao thông quốc gia; kết nối liên vùng thông qua khu vực Thành phố Hồ Chí Minh và vùng Đông Nam Bộ với khu vực đồng bằng sông Cửu Long.
Qua đó, tạo điều kiện thuận lợi khai thác triệt để năng lực kết cấu hạ tầng hiện có, tăng khả năng liên kết vùng, liên kết giữa các phương thức vận tải. Ngoài ra, các địa phương trong vùng cần tăng cường liên kết để đầu tư xây dựng, nâng cấp, hoàn thiện các trục kết nối liên tỉnh, liên vùng, hệ thống đường cao tốc, đường bộ, sân bay và cảng biển theo hướng đồng bộ, hiện đại để thông giữa các vùng, các địa phương được thuận tiện hơn.