Hệ thống y tế nước ta được phân chia thành bốn tuyến: xã, phường; quận, huyện; tỉnh, thành phố; trung ương. Hiện nay, Bộ Y tế quản lý hơn 30 bệnh viện, đều là các bệnh viện chuyên khoa, đầu ngành tuyến cuối về các chuyên ngành. Trên địa bàn Hà Nội có gần 20 bệnh viện do Bộ Y tế quản lý.
Các đơn vị này chịu trách nhiệm chăm sóc sức khỏe cho người dân trên phạm vi toàn quốc hoặc cho khu vực phía bắc. Do vậy, nếu chuyển giao từ Bộ Y tế về Hà Nội quản lý sẽ ảnh hưởng rất lớn đến công tác khám, chữa bệnh cho người dân.
Với mô hình do Bộ Y tế quản lý, ưu tiên hàng đầu của các bệnh viện tuyến trung ương là cung ứng dịch vụ chăm sóc chuyên sâu và hỗ trợ kỹ thuật cho các tỉnh khó khăn thì khi do Hà Nội quản lý, ưu tiên hàng đầu sẽ dành cho việc phục vụ cộng đồng dân cư Thủ đô.
Ðiều này sẽ dẫn tới nguy cơ gia tăng khoảng cách chênh lệch về năng lực y tế cũng như thực trạng sức khỏe giữa Hà Nội và các địa phương khác, nhất là miền núi, vùng khó khăn. Khi chuyển các bệnh viện tuyến trung ương về Hà Nội quản lý cũng sẽ ảnh hưởng, làm đứt gãy khả năng điều phối nhanh của Bộ Y tế trong trường hợp khẩn cấp về y tế. Trong giai đoạn cao điểm chống dịch Covid-19, chỉ có Bộ Y tế mới có thể huy động tổng lực (cả nhân lực và trang thiết bị) từ các bệnh viện: Bạch Mai, Hữu nghị Việt Ðức, K, Lao phổi trung ương, Phụ sản trung ương… vào hỗ trợ các tỉnh phía nam chống dịch.
Một trong những nhiệm vụ quan trọng của các bệnh viện tuyến trung ương là công tác chỉ đạo tuyến, tuyến trên hỗ trợ tuyến dưới theo chỉ đạo, điều hành của Bộ Y tế. Nhưng nếu chuyển về Hà Nội quản lý, khi đó công tác chỉ đạo tuyến sẽ gặp bất cập; chưa kể ảnh hưởng tới vai trò là bệnh viện chuyên khoa, đầu ngành trong nghiên cứu khoa học, hợp tác quốc tế, tiếp nhận chuyển giao công nghệ, kỹ thuật từ các nước phát triển trên thế giới.
Các chuyên gia cũng đã đưa ra cảnh báo, khi chuyển các bệnh viện tuyến trung ương từ Bộ Y tế về Hà Nội quản lý sẽ gây tác động không tốt trong công tác quản lý. Ðó là việc gia tăng nhanh chóng số giường bệnh chăm sóc chuyên sâu tuyến cuối có thể làm hệ thống y tế Hà Nội mất cân đối, có nguy cơ dư thừa cung dịch vụ chăm sóc chuyên sâu. Trong bối cảnh Hà Nội cũng đã có các bệnh viện chuyên khoa tương tự (Tim, Lao và Bệnh phổi, Ung bướu, Da liễu, Mắt…), việc phải quản lý thêm các bệnh viện chuyên khoa của Bộ Y tế sẽ dẫn đến sự chồng chéo rất lớn, rất khó giải quyết...
Tại buổi họp giữa Bộ Y tế với lãnh đạo các bệnh viện trực thuộc Bộ Y tế trên địa bàn thành phố Hà Nội mới đây, các đại biểu cho rằng cần giữ lại mô hình hiện tại, đó là các đơn vị tuyến trung ương trên địa bàn Hà Nội vẫn do Bộ Y tế quản lý vì sự phát triển chung của ngành y trong công tác bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe nhân dân trên toàn quốc. Hệ thống đang vận động tốt, ổn định thì không nên có sự xáo trộn.
Việc đổi mới hệ thống tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập là định hướng đúng, nhất là trong phát triển ngành y tế. Tuy nhiên, việc triển khai các vấn đề cụ thể cần đề cập xem việc triển khai thế nào cho phù hợp, nếu không sẽ làm giảm hiệu quả, thậm chí làm chậm, kéo lùi sự phát triển ngành y tế.
Ðổi mới mô hình quản lý các cơ sở y tế cần xem xét nhiều yếu tố liên quan, từ cơ cấu dân số, mô hình bệnh tật, cách tiếp cận dịch vụ y tế đến mô hình tổ chức, chức năng nhiệm vụ của các đơn vị. Mặt khác, việc chuyển đổi mô hình quản lý bệnh viện tuyến trung ương cũng cần được xem xét tính phù hợp với các luật hiện hành, như Luật Khám bệnh, chữa bệnh; các quy định về mô hình tổ chức, chức năng, nhiệm vụ của các bệnh viện nói chung và bệnh viện tuyến trung ương nói riêng.