CNG là khí thiên nhiên nén, thành phần đơn giản dễ xử lý để loại bỏ các hợp chất độc hại, cho nên khi đốt nhiên liệu này không giải phóng nhiều khí độc như SO2, NO2, CO…, và hầu như không phát sinh bụi so với các nhiên liệu khác.
Hai tuyến sử dụng nhiên liệu sạch CNG gồm: tuyến CNG 01 ( Bến xe Mỹ Đình - Bến xe Sơn Tây) hoạt động từ 5 giờ đến 20 giờ 30 phút, tần suất 15 đến 20 phút/lượt, giá vé 9.000 đồng/ lượt, cự ly 42,3 km. Lộ trình vận hành: Bến xe Mỹ Đình - Phạm Hùng - Mễ Trì - Châu Văn Liêm - Đại lộ Thăng Long (đường gom) - Phượng Cách - Tỉnh lộ 421B - Tỉnh lộ 420 - Tỉnh lộ 419 - Quốc lộ 32 - Chùa Thông (Sơn Tây) - Bến xe Sơn Tây và ngược lại.
Tuyến CNG 03 (Bệnh viện Nhiệt đới trung ương cơ sở 2 - Khu đô thị Times City) hoạt động từ 5 giờ đến 21 giờ, tần suất 15 đến 20 phút/lượt, giá vé 8.000 đồng/lượt, cự ly 29,55 km. Lộ trình vận hành: Bệnh viện Bệnh nhiệt đới trung ương cơ sở 2 - Khu công nghiệp Bắc Thăng Long - Hoàng Sa - Phương Trạch - Đường 6 cây - Cầu Nhật Tân - Võ Chí Công - Bưởi - Đội Cấn - Liễu Giai - Kim Mã - Nguyễn Thái Học - Lê Duẩn - Trần Hưng Đạo - Bà Triệu - Trần Khát Chân - Võ Thị Sáu - Thanh Nhàn - Kim Ngưu - Cầu Mai Động - Minh Khai - Khu đô thị Times City và ngược lại.
Riêng tuyến CNG 02 (Bến xe Yên Nghĩa - Khu đô thị Đặng Xá) sẽ đưa vào khai thác từ ngày 9-8, hoạt động từ 5 giờ đến 21 giờ, tần suất 15 đến 20 phút/lượt, giá vé 9.000 đồng/lượt, cự ly 35,65 km. Lộ trình vận hành: Bến xe Yên Nghĩa - Quang Trung (Hà Đông) - Lê Trọng Tấn (Hà Đông) - đường Phúc La, Văn Phú - Cầu Bươu - Thanh Liệt - Cầu Dậu - Nghiêm Xuân Yêm - Nguyễn Hữu Thọ - Giải Phóng - Bến xe Giáp Bát - Giải Phóng - Kim Đồng - Tân Mai - Tam Trinh - Minh Khai - Cầu Vĩnh Tuy - Đàm Quang Trung - Chu Huy Mân - Trần Danh Tuyên - Sài Đồng - Nguyễn Đức Thuận - Khu đô thị Đặng Xá và ngược lại.