Việc gia hạn điều tra lần này nhằm làm rõ thêm hành vi của Phạm Tiến Dũng cũng như của một số cá nhân liên quan khác trong vụ PMU 18, đặc biệt là chi tiết Phạm Tiến Dũng đã đưa cho Bùi Tiến Dũng 600 triệu đồng để thanh toán tiền công và tiền xây thô khu biệt thự của Dũng “tổng” tại khu đô thị Trung Hoà- Nhân Chính.
Tại cơ quan điều tra, Phạm Tiến Dũng khai đã đưa số tiền trên cho Bùi Tiến Dũng vay xây nhà, song Dũng “tổng” lại loanh quanh không thừa nhận đã cầm tiền của Phạm Tiến Dũng. Do lời khai của hai bị can này chưa thống nhất, nên cơ quan điều tra đang tiếp tục làm rõ.
Cơ quan điều tra cũng đang tiếp tục làm rõ các hành vi tham ô và cố ý làm trái của Phạm Tiến Dũng. Về hành vi tham ô, đến nay cơ quan điều tra đã xác định được từ năm 1999, Phạm Tiến Dũng cùng Vũ Mạnh Tiên đã yêu cầu nhà thầu gói thầu số 4 dự án quốc lộ 18 ký hợp đồng thuê nhà “khống” của PMU 18 cho tư vấn giám sát làm trụ sở trong thời gian 5 tháng, trị giá hợp đồng 167 triệu đồng.
Cùng thời gian này, Dũng và Tiên còn yêu cầu nhà thầu trên ký hợp đồng thuê xe ô tô của PMU 18 cho tư vấn giám sát, thời gian thuê xe 15 tháng, giá trị hợp đồng là 366,9 triệu đồng, số tiền thu được từ hợp đồng thuê xe Dũng - Tiên đã không nộp vào quỹ cơ quan.
Trong các 2003, 2004, khi còn là Trưởng phòng PID 6, Phạm Tiến Dũng còn chỉ đạo Ngô Ngọc Long (cán bộ phòng PID 6) lập hai hợp đồng khống với Công ty TNHH Doãn Trung cho Văn phòng tư vấn giám sát tại Hà Nội thuê văn phòng và hai ô tô để lấy 867 triệu đồng của nhà thầu gói thầu số 4. Hiện Ngô Ngọc Long đã giao nộp 9 triệu đồng được hưởng lợi cho cơ quan điều tra.
Phạm Tiến Dũng thừa nhận đã nhận từ Long 540 triệu đồng theo chỉ đạo của Bùi Tiến Dũng, và đã giao số tiền này cho Kế toán trưởng PMU 18 Lưu Việt Khoa, 327 triệu đồng còn lại Dũng khai chưa nhớ đã nhận và giao cho ai.
Tuy nhiên, tại cơ quan điều tra, Lưu Việt Khoa đã phủ nhận việc cầm 540 triệu đồng. Trước đó, Phạm Tiến Dũng và vợ là Lê Thị Thanh Hoà còn có hành vi lập khống hợp đồng cho thuê nhà của mình, chiếm hưởng 70 triệu đồng.
Về hành vi cố ý làm trái, đến nay cơ quan điều tra xác định Phạm Tiến Dũng và Bùi Tiến Dũng đã có hành vi ép nhà thầu gói BC1 dự án cầu Bãi Cháy phải mua ba ô tô không đúng chủng loại, tiêu chuẩn cho PMU 18.