Theo nhà nghiên cứu văn hóa dân gian Đào Thái Sơn, người Khmer từ xưa đã sống ở những phum sóc nhỏ len lỏi ven bờ sông suối, bưng biền ở miền biên giới Tây Ninh. Trước đây, cư dân Khmer sống theo lối du canh du cư và khai thác sản vật từ tự nhiên rồi làm nên món mắm bò hóc, món mắm chua truyền thống, được sử dụng trong nêm nếm, chấm, ăn với khoai sắn, cơm hay nếp. Sau Hòa ước năm Nhâm Tuất 1862, người Pháp đặt chân lên khai thác Tây Ninh thì các tổng làng Khmer mới được hình thành. Văn hóa Khmer cũng như các món ăn, gu ẩm thực Khmer cũng được người Kinh dùng chung, sau thấy ngon thì phát triển dần theo khẩu vị riêng, hình thành món mắm chua trứ danh.
Trước đây, người ta phải lựa chọn nguyên liệu là các loại cá nhỏ bắt được từ hệ thống sông Vàm Cỏ Đông, sông Sài Gòn như cá linh, cá chốt, cá rô và trong các kênh rạch chằng chịt như cá bống, cá lòng tong, cá rễ tre, cá lia thia... vì chúng là những loài cá nhỏ, mềm xương, ngọt thịt. Khi đánh bắt cá nhỏ, sẽ có thêm các loài tôm, tép lẫn vào và cũng được dùng ủ mắm chua. Sau khoảng nửa tháng ủ, sẽ có món mắm chua Tây Ninh hơi nồng, đậm vị. Sau này, do được thực khách ngày càng ưa chuộng, người dân dùng nguyên liệu chính từ cá cơm nước ngọt trong lòng hồ Dầu Tiếng vì sản lượng nhiều, dễ đánh bắt, mùa vụ có quanh năm.
Tại Cơ sở sản xuất mắm chua thương hiệu Bà Năm Cốm (xã Dương Minh Châu), nguyên liệu được để ráo và trộn với muối, ủ trong khạp (lu nhỏ) từ 2 đến 3 ngày trước khi chắt nước và trộn với thính. Công thức như sau: Trộn 100 kg cá cơm, 2 kg tép, 30 kg muối rồi đậy kín trong 3 ngày. Khi chắt bỏ nước trong khạp rồi thì trộn cá đều với thính, ủ tại nơi khô thoáng trong 21 ngày là dùng được. So với các loại mắm khác, mắm chua Tây Ninh khó làm hơn vì đòi hỏi sự chính xác trong định lượng muối, thính và cá. Mặn quá sẽ mất vị đặc trưng, nhạt quá khó bảo quản. Cũng có thể cho thêm rượu đế để tăng độ chua nhẹ tự nhiên trong mắm sau ủ.
Tại Cơ sở sản xuất mắm chua Hai Hạnh (phường Tân Ninh), lại có các bước làm mắm như sau: Cho cá vào rổ tre dùng gáo dừa chà xát để tróc vảy rồi rửa lại với nước muối. Ướp cá cùng muối hột rang giã nhuyễn, đường, tỏi băm, ớt băm. Cho cá đã ướp vào khạp, đổ nước muối nấu sôi để nguội ngập mặt cá, ngâm qua đêm. Rắc thính xong là dùng lá chuối tươi đậy kín, lấy nẹp tre gài chặt để cá không nổi lên rồi ủ nơi thoáng mát.
Nếu ghé bất kỳ hàng quán vùng ven sông Vàm Cỏ Đông, sông Sài Gòn vào bất kể mùa nào, du khách cũng được giới thiệu món cơm trắng nóng hổi ăn kèm với mắm chua chấm toàn những thứ rau có sẵn ven sông. Do mắm chua nguyên chất có vị mạnh, đậm đà, người dân thường pha chế lại cho dễ ăn. Cách làm phổ biến là trộn mắm với tỏi, ớt, chanh, đường, “đưa cay” cùng vài lát thịt heo luộc thì không còn gì để thương nhớ, ngoài mắm!
Điều đáng nói là sông nước thiên nhiên ban tặng cho Tây Ninh những loài cá tôm bình dị để làm ra món mắm, thì lại ưu ái thêm cả hàng trăm loài rau rừng, rau sông. Cứ có dịp di chuyển ven những dòng rạch nhỏ hay triền sông, người ta lại có thể bắt gặp cảnh người nông dân vừa bơi xuồng vừa cắt mấy chùm lá lộc vừng non, có vị chát và bùi rất nhẹ. Hay lá bù lời, lá bí bái, đọt bằng lăng, cách, cóc dại... thì có loại hái được bằng tay vì mọc thấp, có loại hái bằng sào vì nó chòi đạp vươn lên tìm ánh sáng. Lá săng máu có vị chua, lá mặt trăng lại chát chát, đọt trâm ổi lại thơm nồng nàn phù sa... mà tất cả vị thơm ngon đó được quyện vào tô mắm chua nhằm “hãm” lại cái sự béo của thịt ba chỉ luộc, đã tạo một món ăn tinh hoa của vùng đất này: Thịt heo cuốn rau rừng chấm mắm chua.
Để chọn đúng mắm chua đặc sản Tây Ninh, người ta có thể tìm đến những điểm mua sắm nổi tiếng tại địa phương như chợ Long Hoa (phường Long Hoa), chợ Hòa Hội (xã Hòa Hội), chợ Trường Tây (phường Hòa Thành) với giá trung bình từ 50.000-150.000 đồng/hũ (lọ) mắm. Việc mua mắm online có thể thông qua các kênh bán hàng trực tuyến. Người Tây Ninh cũng lưu ý là mắm chua ngon thì có mùi thơm đặc trưng, không quá nồng, màu sắc tự nhiên và khuyên người ăn nên bảo quản mắm ở nơi thoáng mát hoặc trong ngăn mát tủ lạnh sau khi mở nắp.
