Mặc dù thỏa thuận này được đánh giá mang ý nghĩa chiến lược và sẽ giúp thúc đẩy triển vọng tăng trưởng kinh tế của EU, song còn tồn tại bất đồng bởi nhiều nước châu Âu có ngành nông nghiệp mạnh không muốn mở cửa thị trường cho các sản phẩm nông nghiệp cạnh tranh từ MERCOSUR, nhất là trong bối cảnh làn sóng biểu tình của nông dân châu Âu phản đối một số chính sách khiến nông sản rớt giá mạnh.
MERCOSUR (gồm Argentina, Brazil, Bolivia, Uruguay, Paraguay) và EU khởi động đàm phán từ năm 1999. Nỗ lực ký FTA đầu tiên thất bại vào tháng 10/2004.
Từ đó, do bối cảnh quốc tế có nhiều thay đổi, chủ nghĩa dân túy và bảo hộ trỗi dậy, đến năm 2019, MERCOSUR và EU mới đạt được thỏa thuận khung về FTA sau hai thập kỷ đàm phán khó khăn.
Tuy nhiên, văn kiện này đến nay vẫn chưa được phê chuẩn do châu Âu lo ngại tình trạng tàn phá rừng Amazon, cũng như những hoài nghi về chính sách đối phó biến đổi khí hậu dưới thời cựu Tổng thống Brazil Jair Bolsonaro (2019-2023).
Ngoài ra, một số quốc gia châu Âu như Pháp không muốn mở cửa thị trường cho các sản phẩm nông nghiệp cạnh tranh từ Khối thị trường chung Nam Mỹ. Thời gian gần đây, nông dân nhiều nước châu Âu tổ chức nhiều cuộc biểu tình phản đối hiệp định vì lo ngại sẽ làm giảm giá nông sản, ảnh hưởng thu nhập và đời sống của họ.
MERCOSUR và EU đang nỗ lực hoàn tất đàm phán FTA sau khi đạt được thỏa thuận về nguyên tắc hồi năm 2019, đúng 20 năm kể từ khi khởi động đàm phán. Trong các cuộc đàm phán gần đây, EU thúc đẩy các cam kết mạnh mẽ hơn nhằm hạn chế các tác động gây biến đổi khí hậu cũng như việc ngăn chặn nạn phá rừng.
Tháng 3/2023, vòng đàm phán về FTA giữa MERCOSUR và EU đã kết thúc ở Buenos Aires (Argentina) xoay quanh ba trụ cột của phát triển bền vững là kinh tế, xã hội và môi trường, trong đó các bên nhất trí tăng cường đối thoại và đẩy nhanh lịch trình các vòng đàm phán tiếp theo, nhằm đạt được sớm nhất có thể một thỏa thuận thương mại cân bằng và cùng có lợi.
Tuy nhiên, quá trình phê chuẩn thỏa thuận này tại 27 quốc gia thành viên EU bị đình trệ, chủ yếu do EU còn quan ngại về vấn đề bảo vệ môi trường ở các nước MERCOSUR, trong khi đó một số quốc gia Nam Mỹ cho rằng thỏa thuận này sẽ tác động tiêu cực đến ngành công nghiệp và xuất khẩu nông sản.
Thêm vào đó, phía Pháp nhiều lần đánh giá không mấy lạc quan về hiệp định này. Tổng thống Pháp Emmanuel Macron cho rằng, khó có thể hoàn tất các cuộc đàm phán trong những điều kiện hiện nay với hàng nhập khẩu giá rẻ từ các nước không áp dụng các tiêu chuẩn môi trường nghiêm ngặt của EU.
FTA giữa MERCOSUR và EU được kỳ vọng tạo ra thị trường chung với hơn 700 triệu dân, chiếm khoảng một phần tư GDP thế giới và trao đổi thương mại song phương đạt 100 tỷ USD mỗi năm.
Tại Hội nghị thượng đỉnh MERCOSUR diễn ra ở thành phố Rio de Janeiro của Brazil cuối năm 2023, Tổng thống nước chủ nhà Lula da Silva đề nghị Paraguay với tư cách Chủ tịch luân phiên của MERCOSUR nhiệm kỳ nửa đầu năm 2024 kiên định thúc đẩy đàm phán về FTA giữa khối này và EU.
Ông Lula da Silva tuyên bố lấy làm tiếc khi không thể thuyết phục các đối tác khác trong khối ký hiệp định này với EU trong năm 2023. Tổng thống Brazil khẳng định, MERCOSUR cần kiên trì đàm phán với EU vì FTA này vô cùng quan trọng.
Bất chấp những nỗ lực thúc đẩy thỏa thuận từ cả hai phía, vẫn còn nhiều trở ngại khiến việc thiết lập một khu vực thương mại tự do giữa hai khối đến từ hai châu lục chưa thể trở thành hiện thực.
Theo Đại diện cấp cao EU phụ trách chính sách an ninh và đối ngoại Josep Borrell, các quốc gia thành viên EU sẽ không thể đạt được thỏa thuận ít nhất là cho đến khi cuộc bầu cử Nghị viện châu Âu diễn ra vào tháng 6 tới.
Vấn đề bảo hộ thương mại đến từ cả hai phía tiếp tục là cản trở lớn trong các cuộc đàm phán giữa EU và MERCOSUR.