Cụ thể, một doanh nghiệp nhựa khi chuyển sang cổ phần hóa năm 2004 được miễn thuế TNDN hai năm đầu, ba năm sau nộp 50%. Ðến năm 2006, doanh nghiệp này tiếp tục được ưu đãi 50% thuế TNDN vì niêm yết trên sàn lần đầu. Khi kê khai thuế với Cục Thuế thành phố, thì doanh nghiệp chỉ được chọn một trong hai ưu đãi nói trên. Ðến khi gửi văn bản kiến nghị lên Tổng cục Thuế thì được trả lời rằng, doanh nghiệp được hưởng đồng thời cả hai loại ưu đãi thuế. Ðến thời điểm kiểm tra thuế TNDN theo quy định, doanh nghiệp nhựa nói trên bị quy vào hành vi gian lận thuế, đồng thời bị truy thu thuế và phạt nộp chậm lên đến hơn 100 tỷ đồng. Ðiều này đã ảnh hưởng rất nhiều đến giá cổ phiếu, tâm lý cổ đông và tâm lý của công nhân làm việc trong công ty. Ðã vậy, số tiền phạt đã tăng lên chóng mặt do nộp chậm vì doanh nghiệp không thể có đủ số tiền hàng trăm tỷ đồng để nộp trong thời hạn mười ngày sau khi có quyết định xử phạt. Hiện có rất nhiều doanh nghiệp cho là bị truy thu, bị phạt oan và bị cho là có hành vi gian lận thuế giống như trường hợp doanh nghiệp nhựa nói trên do hiểu sai về thuế ưu đãi doanh nghiệp. Ngoài ra, mức phạt nộp chậm gần bằng số tiền truy thu nên đã đẩy doanh nghiệp vào tình trạng khó khăn về tài chính. Bên cạnh đó, nhiều doanh nghiệp phản ánh là còn có nhiều khó khăn trong việc hoàn thuế, mặc dù đã có quyết định được hoàn thuế. Do đó, doanh nghiệp và ngành thuế cần ngồi lại tìm hiểu những vướng mắc giữa hai bên để cùng tháo gỡ, tìm ra tiếng nói chung.
Việc cần làm trước mắt là ngành thuế cần có phương án giải đáp cụ thể những băn khoăn, thắc mắc của doanh nghiệp để giải tỏa những bức xúc đó. Ðược biết, trước những bức xúc của không ít doanh nghiệp và người dân thành phố đối với ngành thuế, Cục Thuế thành phố đã chủ trương tổ chức Tuần lễ "Lắng nghe ý kiến người nộp thuế năm 2013" từ ngày 11 đến ngày 17-11 đồng loạt tại Văn phòng Cục và 24 Chi cục Thuế quận, huyện. Trong tuần lễ đó, ngành thuế tổ chức các hội nghị đối thoại trực tiếp lắng nghe ý kiến người nộp thuế tại các nơi quy định hoặc qua các mạng thông tin điện tử, hệ thống đối thoại doanh nghiệp với chính quyền thành phố của UBND thành phố để trả lời những băn khoăn, vướng mắc của người nộp thuế. Mới đây, vào ngày 15-11, lãnh đạo Cục Thuế thành phố đã tổ chức đối thoại với một số doanh nghiệp về những vấn đề nêu trên. Tại buổi đối thoại này, một số băn khoăn, vướng mắc của bên đóng thuế đã được giải đáp, nhưng cũng còn không ít vấn đề chưa có được câu trả lời thỏa đáng. Vì vậy, để giải quyết tận gốc vấn đề, tới đây, Cục Thuế thành phố nên bố trí lực lượng để thực hiện xác minh từng trường hợp cụ thể, từ đó có hướng giải quyết dứt điểm. Mặt khác, ngành thuế cần tiếp tục thực hiện chương trình cải cách thủ tục hành chính thuế nhằm tạo điều kiện thuận lợi nhất cho người nộp thuế trong việc thực thi chính sách thuế, đồng thời ghi nhận những phản ánh về khó khăn, vướng mắc của người nộp thuế, hỗ trợ và giải đáp kịp thời hoặc kiến nghị với cấp có thẩm quyền xem xét. Thuế là nguồn thu chủ yếu của ngân sách. Trong hoàn cảnh thu ngân sách gặp nhiều khó khăn như hiện tại thì ngành thuế lại càng cần phải khai thông những băn khoăn, vướng mắc của người đóng thuế. Ðể không những thu đúng, thu đủ mà còn nâng cao ý thức tự giác cho người đóng thuế. Coi việc đóng thuế vừa là nghĩa vụ nhưng cũng là quyền lợi.
