Để nâng cao năng lực phòng, chống lụt bão, tiêu thoát lũ nội đồng, bảo đảm cung cấp nước ngọt phục vụ sản xuất và góp phần chỉnh trang cảnh quan "xanh, sạch, đẹp" cho thị trấn Phát Diệm, từ năm 2009, UBND huyện Kim Sơn (chủ đầu tư) đã triển khai thực hiện nạo vét sông Ân, kết hợp xây dựng một số công trình phụ trợ. Thời gian dự kiến kết thúc việc nạo vét và xây dựng các công trình phụ trợ là năm 2011. Với khoảng thời gian không dài đó, nhiều người dân ở thị trấn Phát Diệm và các xã Yên Lộc, Tân Thành, Lưu Phương, Quang Thiện (Kim Sơn), rất kỳ vọng công trình sớm hoàn thành, bàn giao đưa vào phục vụ đời sống, sản xuất của nhân dân. Kỳ vọng bao nhiêu lại " thất vọng" bấy nhiêu vì đến nay dự án đã kéo dài hơn 10 năm vẫn dở dang, chưa quyết toán, chưa thể bàn giao và quy định trách nhiệm quản lý. Ðáng nói hơn, nhiều hạng mục công trình nạo vét sông Ân, nhất là đoạn chạy qua thị trấn Phát Diệm, sau một thời gian ngắn đã xuống cấp trầm trọng như: Tuyến đường xây dựng dọc theo mái ta-luy hai bờ sông Ân. Trụ lan can bằng gang thì mục nát, đổ gãy trên bờ, đổ nghiêng lơ lửng mặt sông. Hệ thống đèn chiếu sáng cái còn, cái mất, không bảo đảm yêu cầu, dễ gây mất an toàn cho người dân. Ði dọc theo sông Ân, tại một số vị trí khác thì người dân tùy tiện đổ xỉ trạt, rác thải, làm cầu xuống đường đi bộ... khiến công trình nạo vét sông Ân chẳng những không tạo được vẻ đẹp cảnh quan mà còn thêm phần nhếch nhác, mất mỹ quan đô thị.
Công trình nạo vét sông Ân thuộc Dự án đầu tư xây dựng công trình, nạo vét hệ thống sông Ân, sông Cà Mau, sông Hoành Trực, huyện Kim Sơn, theo Quyết định số 2051/QÐ-UBND của UBND tỉnh Ninh Bình, ban hành ngày 7-11-2008. Nguồn vốn đầu tư ghi nhận thời điểm đó là vốn Trung ương và các nguồn vốn huy động hợp pháp khác. Tổng mức đầu tư hơn 144 tỷ đồng. Chủ đầu tư là UBND huyện Kim Sơn. Thời gian thực hiện dự án từ năm 2009 đến 2011. Trong đó, việc nạo vét sông Ân bắt đầu từ cống Biện Nhị (thị trấn Phát Diệm) đến cống Lai Thành (giáp sông Càn) với chiều dài là 6.472 m; kết hợp xây dựng hai cống điều tiết nước; xây kè bảo vệ hai bên bờ sông Ân. Kết cấu kè phần giáp lòng sông đóng cọc bằng bê-tông; mặt đường dành cho người dân đi bộ tại cao trình +1,5 có chiều rộng là 1,55 m, phía trên có lát gạch (kích thước 30 cm x 30 cm). Ðơn vị thi công là Công ty TNHH xây dựng Kim Phát. Phó Giám đốc Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng huyện Kim Sơn, Nguyễn Quốc Toàn cho biết: "Do nguồn vốn đầu tư Trung ương bố trí cho công trình bằng vốn trái phiếu Chính phủ bị cắt giảm theo Chỉ thị số 1792/CT-TTg của Thủ tướng Chính phủ ngày 15-10-2011 về tăng cường quản lý đầu tư từ nguồn vốn ngân sách nhà nước, vốn trái phiếu Chính phủ. Không có vốn, cho nên thời gian thi công kéo dài, cắt khúc thành nhiều năm; một số hạng mục sau khi thi công nhất là tuyến kè chạy qua thị trấn Phát Diệm mới tạm thời bàn giao cho UBND thị trấn Phát Diệm quản lý từ năm 2010, đến nay đã xuống cấp. Một số đoạn tuyến khác thi công dang dở, có đoạn mới chỉ đổ được một phần bê-tông kè. Thực tế việc xây dựng công trình và nạo vét sông Ân mới đạt được mục tiêu thoát lũ, tưới nước phục vụ sản xuất; còn mục tiêu chỉnh trang đô thị chưa làm được như bạn đọc phản ánh hiệu quả đầu tư kém là có cơ sở".
Huyện Kim Sơn cần chủ động rà soát lại các dự án đầu tư, trong đó có Dự án đầu tư xây dựng công trình, nạo vét hệ thống sông Ân, sông Cà Mau, sông Hoành Trực. Ðối với những hạng mục đã xuống cấp, chưa bàn giao cần yêu cầu đơn vị thi công đánh giá đúng thực trạng, chất lượng công trình để có biện pháp sửa chữa kịp thời. UBND tỉnh Ninh Bình cần kiểm tra lại dự án này: Nếu thấy hiệu quả cao thì phải xem xét cân đối các nguồn vốn để bổ sung hoàn thiện thi công dự án; nếu không bố trí được vốn thì chỉ đạo ngành chức năng tăng cường công tác kiểm tra chất lượng công trình, chủ động đôn đốc chủ đầu tư, đơn vị thi công có biện pháp thanh quyết toán, bàn giao công trình cho các đơn vị có trách nhiệm quản lý mới phát huy hiệu quả đầu tư, hạn chế thất thoát lãng phí.