Tuy nhiên, thời gian gần đây, một số hạng mục của di tích lịch sử văn hóa cấp quốc gia này đã bị xuống cấp nghiêm trọng. Mỗi khi mưa to, nước mưa dồn về sân chùa, kéo theo nhiều rác thải, gây ô nhiễm môi trường. Chùa Một Cột gồm nhiều công trình kiến trúc, trong đó, công trình quan trọng nhất là chùa Một Cột, nơi thờ Phật bà nghìn mắt, nghìn tay. Đây là một ngôi chùa nhỏ bằng gỗ, xây trên một chiếc cột duy nhất, nằm trên hồ Linh Chiểu. Hiện tại, phần mái chùa đã hư hỏng nhiều, thường xuyên bị dột khi mưa, gây ảnh hưởng các pho tượng, đồ thờ tự trong chùa. Việc tu bổ, tôn tạo chùa Một Cột là cấp thiết, để bảo tồn một di sản đặc biệt quan trọng trên địa bàn Thủ đô, hơn nữa công trình này lại cách không xa Khu Di tích Chủ tịch Hồ Chí Minh và Bảo tàng Hồ Chí Minh.
Được UBND thành phố Hà Nội giao làm chủ đầu tư dự án, mới đây, quận Ba Đình đã tổ chức hội nghị xin ý kiến các nhà khoa học về công tác tu bổ, tôn tạo chùa. Hiện tại, Ban quản lý dự án quận Ba Đình đã đưa ra hai phương án tu bổ chùa Diên Hựu - Một Cột. Phương án thứ nhất là cải tạo hệ thống đường dạo, cây xanh, hệ thống hạ tầng kỹ thuật, điện chiếu sáng, hệ thống cấp điện, cấp nước cho các công trình, đồng thời xây dựng thêm nhà Tổ, nhà Tăng trên cơ sở không lấn át các công trình gốc và không gian cảnh quan. Phương án thứ hai đề xuất cải tạo hệ thống hạ tầng kỹ thuật nhưng không xây thêm nhà Tăng, nhà Tổ mà xây mới một nhà năm gian phù hợp với cảnh quan, không gian. Riêng đối với kiến trúc chùa Một Cột, dự kiến sẽ giữ nguyên bộ khung gỗ, chỉ thay thế các cấu kiện không còn khả năng sử dụng, xếp lại ngói, tu bổ bờ nóc, bờ chảy, tu bổ phần bậc thang lên chùa...
Mặc dù được xây dựng từ đời Lý, nhưng qua biến thiên của lịch sử, kiến trúc ngôi chùa đã có nhiều thay đổi. Ngôi chùa đã bị phá hủy trong cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp. Kiến trúc hiện tại được nhân dân ta phục dựng lại theo mẫu cũ. Dù là công trình được tái dựng, nhưng hình ảnh ngôi chùa như đóa hoa sen hé nở này đã đi vào tâm thức dân gian. Nhiều nhà khoa học thống nhất rằng: Vấn đề tiên quyết khi trùng tu là phải giữ được yếu tố nguyên gốc, đồng thời, hài hoà với cảnh quan của khu vực, nơi có những di tích đặc biệt quan trọng khác.
Thành phố từng có nhiều bài học trong công tác trùng tu di tích, với di tích đặc biệt quan trọng cả về tâm linh lẫn kiến trúc như chùa Một Cột, việc tu bổ, tôn tạo càng cần được tiến hành một cách cẩn trọng. Trong tháng 10, quận Ba Đình sẽ tiếp tục mở hội nghị lấy ý kiến các nhà khoa học.
Hy vọng rằng, với cách làm bài bản, tôn trọng lịch sử, khoa học, sau khi được tu bổ, tôn tạo, sẽ khắc phục tình trạng xuống cấp ở di tích chùa Một Cột, đồng thời bảo đảm lưu giữ vẻ đẹp kiến trúc đặc thù của công trình, xứng đáng là biểu tượng văn hóa của Hà Nội.
