Viện Hải dương học có lịch sử xây dựng và phát triển lâu đời, lúc đầu có tên gọi là "Sở nghề cá Ðông Dương" (thành lập năm 1922); đến năm 1930 thì có tên gọi chính thức như ngày nay. Ðây là cơ quan khoa học có tầm vóc quốc tế trong lĩnh vực nghiên cứu về biển, được đặt ở một vị trí thuận lợi cho việc triển khai những hoạt động nghiên cứu về biển, nằm trong khu vực cảng Cầu Ðá của Nha Trang.
Sau ngày thống nhất đất nước, Viện Hải dương học từng bước được củng cố và phát triển trở thành viện nghiên cứu đầu ngành về biển thuộc Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam. Nổi bật giữa khuôn viên rộng lớn của viện hôm nay là tòa nhà bảy tầng với diện tích sử dụng 4.300 m2 là nơi bố trí hàng loạt phòng thí nghiệm chuyên sâu về các lĩnh vực nghiên cứu hải dương học và môi trường biển. Ở đây, có trung tâm phân tích với máy sắc ký khí để xác định các a-xít béo, các hydro carbon thải, dư lượng thuốc bảo vệ thực vật; máy quang phổ hấp phụ nguyên tử để xác định kim loại nặng trong nước, trong trầm tích và sinh vật; các loại máy huỳnh quang và quang phổ khả kiến... để phân tích dầu thải, các muối dinh dưỡng trong biển... Gần đây, viện được tăng cường một số thiết bị mới, trong đó có máy đếm phóng xạ có giá trị gần một tỷ đồng. Phục vụ công tác điều tra khảo sát vùng biển ven bờ, viện còn được trang bị một con tàu cùng hệ thống máy móc thiết bị để đo dòng chảy, đo sóng, quan trắc môi trường, thăm dò đáy biển; lấy các mẫu nước, trầm tích và sinh vật...
Ðội ngũ cán bộ nghiên cứu cũng được tăng cường. Ðến nay, viện có khoảng 150 cán bộ, trong đó có bốn TSKH, gần 50 tiến sĩ và thạc sĩ. Công tác đào tạo lực lượng cán bộ có trình độ trên đại học luôn được viện coi trọng. Với chức năng nhiệm vụ được giao, Viện trưởng, TS Bùi Hồng Long cho biết, Viện Hải dương học là trung tâm nghiên cứu biển có tính đa ngành: vật lý, khí tượng thủy văn, động lực, hóa học, sinh học, địa chất - địa mạo, môi trường biển và công nghệ hải dương. Viện có nhiệm vụ nghiên cứu phần lớn các lĩnh vực hải dương học.
Về lĩnh vực điều tra cơ bản, tập thể cán bộ nghiên cứu ở đây đầu tư nhiều công sức nghiên cứu, điều tra các điều kiện tự nhiên, các nguồn tài nguyên sinh vật và không sinh vật. Viện đặc biệt quan tâm nghiên cứu những vấn đề có tính bức xúc hiện nay, như quá trình xói lở và bồi tụ; vấn đề quy hoạch, khai thác, sử dụng và bảo vệ các hệ sinh thái đặc thù của vùng cửa sông, vùng rừng ngập mặn, các đầm phá, vũng vịnh và vùng biển ven bờ, các rạn san hô và hải đảo...
Mặc khác, cung cấp các dữ liệu hải dương học cần thiết để thiết kế và thi công các công trình trên biển và bảo vệ bờ biển. Về công nghệ, viện nghiên cứu giải quyết kỹ thuật chiết xuất các hoạt chất sinh học có nhiều ứng dụng trong các loài sinh vật biển; các công nghệ chống nhiễm bẩn môi trường; công nghệ nuôi trồng các loài hải sản, v.v. Viện Hải dương học đóng góp khối lượng lớn các công trình nghiên cứu về nhiều lĩnh vực, nhằm khai thác có hiệu quả và góp phần bảo vệ chủ quyền lãnh hải trên Biển Ðông, bao gồm 1.200 ấn phẩm và công trình khoa học được công bố, trong đó nghiên cứu về tính đa dạng sinh học chiếm 62,6%; về vật lý hải dương chiếm 11,6%; về sinh thái môi trường chiếm 7,6%; về địa chất địa mạo chiếm 5,4%; về hóa học biển và hóa sinh chiếm 4,4%...
Cùng với việc đẩy mạnh các lĩnh vực nghiên cứu, viện mở rộng thêm và nâng cao hiệu quả hoạt động của một bộ phận hữu cơ là Bảo tàng Hải dương học. Ðến nay, bảo tàng thiên nhiên này trở thành một quần thể liên hoàn bao gồm các bể nuôi sinh vật biển phục vụ nghiên cứu, tham quan, cũng như giáo dục cộng đồng và một hệ thống nhà lưu trữ vật mẫu sinh vật biển lớn nhất nước.
Là cơ quan nghiên cứu biển đầu ngành của cả nước, qua 80 năm hoạt động, Viện Hải dương học có những đóng góp quan trọng vào sự nghiệp nghiên cứu biển, đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội của đất nước. Nhưng, trong giai đoạn mới, khi đất nước hội nhập kinh tế quốc tế và đẩy mạnh CNH, HÐH, phát triển kinh tế biển có vị trí quan trọng đặc biệt. Trước yêu cầu đó, Viện Hải dương học cần được tiếp tục tăng cường về đội ngũ cán bộ, cũng như những trang thiết bị hiện đại và mang tính đặc thù của các lĩnh vực nghiên cứu biển trong môi trường hoạt động khắc nghiệt, nhất là trong những chuyến khảo sát dài ngày ngoài biển khơi. Ðây là yêu cầu khách quan và cũng là nguyện vọng thiết tha của đội ngũ cán bộ Viện Hải dương học.
