Những ngày đầu mới thành lập, bệnh viện chỉ có 11 khoa phòng, 175 cán bộ nhân viên, 15 bác sĩ, dược sĩ trình độ đại học với hơn 100 giường bệnh. Đến nay, bệnh viện đã là bệnh viện đa khoa hạng I hoàn chỉnh với 30 khoa lâm sàng và cận lâm sàng, 10 phòng chức năng, ba phòng bảo vệ sức khỏe cán bộ trung ương, 800 giường bệnh.
Trong những năm gần đây, bệnh viện tập trung triển khai nhiều kỹ thuật hiện đại phù hợp đối tượng người bệnh đặc thù của bệnh viện và xu thế phát triển của ngành y tế. Bệnh viện là đơn vị đầu tiên tại Việt Nam triển khai chụp CT scanner đơn dãy, cộng hưởng từ (MRI), CT scanner 64 dãy. Kỹ thuật chụp và can thiệp mạch máu qua da được duy trì và không ngừng phát triển. Khoa Tim mạch can thiệp trở thành một đơn vị can thiệp mạch máu có uy tín. Trong ba năm gần đây, khoa đã tiến hành chụp, nong và đặt stent động mạch vành cho 1.840 lượt người bệnh; chụp và can thiệp động mạch chủ và ngoại biên cho 69 lượt người bệnh; cấy máy tạo nhịp tim cho 13 lượt người bệnh. Mổ tim hở với hệ thống tim phổi nhân tạo là kỹ thuật tiên tiến đầu tiên được triển khai tại bệnh viện, cùng với hệ thống chụp và can thiệp mạch máu qua da tạo thành một hệ thống liên hoàn trong việc điều trị các bệnh tim và mạch máu, tạo nhiều cơ hội lựa chọn hơn cho những người bị các bệnh về tim và mạch máu. Bệnh viện Hữu Nghị là một trong ba cơ sở đầu tiên trong cả nước triển khai pha chế tập trung hóa chất điều trị ung thư, nhờ đó, mỗi năm tiết kiệm hàng trăm triệu đồng. Một số khoa mới được thành lập và đi vào hoạt động như: Nội tiết - Đái tháo đường, Ung bướu và Xạ trị, Tim mạch can thiệp đã đáp ứng được nhu cầu điều trị theo chuyên khoa sâu, nhiều trường hợp người bệnh không phải gửi đi nước ngoài để chẩn đoán và điều trị, góp phần tiết kiệm chi phí cho ngân sách. Theo nhu cầu tuyến dưới, bệnh viện đã đào tạo và chuyển giao các kỹ thuật về chẩn đoán hình ảnh, hóa sinh, vi sinh, huyết học, kỹ thuật lọc máu ngoài thận...
Thực hiện cơ chế tự chủ tài chính trong bệnh viện công, Bệnh viện Hữu Nghị là một trong các đơn vị thuộc Bộ Y tế tiên phong đổi mới công tác quản lý theo Nghị định 43/2006/NĐ-CP của Chính phủ. Từ tình trạng cơ sở hạ tầng, trang thiết bị xuống cấp, vật tư tiêu hao thất thoát do quản lý lỏng lẻo, đời sống của cán bộ khó khăn, lãnh đạo bệnh viện đã quyết định đổi mới mạnh mẽ công tác quản lý, tìm nguồn đầu tư, thu hút nhân lực nhằm nâng cao uy tín, tăng nguồn thu cho bệnh viện. Khoa Khám, chữa bệnh theo yêu cầu đi vào hoạt động đã tăng được nguồn thu; mua máy CT 64 dãy đầu dò hiện đại từ nguồn đóng góp của cán bộ, công nhân viên chức làm tăng đáng kể chất lượng chẩn đoán và điều trị cho người bệnh. Công nghệ thông tin được ứng dụng vào công tác quản lý tài chính giúp tránh được thất thoát, lãng phí thuốc, vật tư. Bệnh viện tìm được kinh phí để sửa chữa, mua mới trang thiết bị y tế triển khai kỹ thuật mới phục vụ người bệnh như: hệ thống MRI, hệ thống thiết bị tim phổi nhân tạo, bộ dụng cụ mổ tim, máy siêu âm mầu, thiết bị chẩn đoán hình ảnh...
Nhờ sự đổi mới quyết liệt về mọi mặt, bệnh viện đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao. Trong 10 năm gần đây, bệnh viện triển khai 200 nghìn lượt thăm khám cho cán bộ cao cấp, 1.300 lượt bác sĩ tháp tùng cán bộ lãnh đạo cao cấp đi công tác trong và ngoài nước, góp phần vào sự thành công của các sự kiện lớn của đất nước ở nhiệm vụ phục vụ y tế cho các kỳ hội nghị của Đảng, Quốc hội, Chính phủ và các sự kiện lớn của đất nước.
Bên cạnh việc nâng cao chất lượng khám, chữa bệnh, Bệnh viện Hữu Nghị luôn thực hiện mục tiêu đáp ứng sự hài lòng của người bệnh, xứng đáng là đơn vị dẫn đầu thực hiện 12 điều y đức trong hoạt động chuyên môn. Các thế hệ cán bộ, viên chức của bệnh viện luôn giữ vững và phát huy truyền thống về sự mẫu mực trong thái độ, phong cách phục vụ người bệnh. Gần đây, bệnh viện đã thực hiện các giải pháp tạo thuận lợi cao nhất cho người bệnh như: tăng số phòng tiếp đón và phòng thanh toán viện phí, sắp xếp lại khu vực khám chuyên khoa, bố trí thêm bác sĩ khám, tăng cường khám theo chuyên khoa sâu, mở thêm cửa cấp phát thuốc, phòng khám triển khai công việc sớm hơn 30 phút, chuyển trả kết quả chẩn đoán hình ảnh qua mạng nội bộ… Hội đồng quản lý chất lượng và Phòng quản lý chất lượng bệnh viện mới được thành lập đã hoạt động tích cực, xây dựng Bộ Quy tắc ứng xử riêng trong bệnh viện và thường xuyên thực hiện khảo sát, đánh giá sự hài lòng của người bệnh. Nhờ đó, giảm đáng kể thời gian chờ đợi và đi lại của người bệnh, giải quyết tình trạng quá tải tại phòng khám.
Những nỗ lực của tập thể cán bộ, viên chức Bệnh viện Hữu Nghị đã được Đảng, Nhà nước ghi nhận, tặng thưởng nhiều phần thưởng cao quý. Ngày 2-12 vừa qua, bệnh viện vinh dự được Chủ tịch nước quyết định trao tặng danh hiệu Anh hùng Lao động. Đó là sự tiếp tục ghi nhận những đóng góp của tập thể cán bộ Bệnh viện Hữu Nghị trong sự nghiệp chăm sóc, bảo vệ sức khỏe cán bộ và nhân dân.