Thứ trưởng Bộ Y tế Lê Ngọc Trọng được bổ nhiệm làm Giám đốc Học viện. Học viện có chức năng đào tạo ĐH, sau ĐH và tham gia công tác khám chữa bệnh cho nhân dân. Học viện là đơn vị trực thuộc Bộ Y tế và chịu sự quản lý Nhà nước của Bộ GD-ĐT.
Năm 2005, Học viện sẽ bắt đầu tuyển sinh đào tạo ĐH đầu tiên với 500 sinh viên và 50 học viên cao học. Những năm sau, số học sinh tuyển sẽ tăng dần.
GS Lê Ngọc Trọng cho biết: ''Thời gian tới sẽ tiến hành xây dựng cơ sở hạ tầng, đầu tư hiện đại hóa trang thiết bị dạy học và nghiên cứu khoa học. Tập trung nghiên cứu phát triển sự kết hợp trong tây y và đông y trên cơ sở hiện đại hóa y dược học cổ truyền Việt Nam''.
Cũng trong lễ thành lập, Bộ trưởng Bộ Y tế Trần Thị Trung Chiến bổ nhiệm bốn Phó Giám đốc Học viện là PGS.TS Trương Việt Bình (nguyên Hiệu trưởng trường Trung cấp Y học cổ truyền Tụê Tĩnh); TS Nghiêm Hữu Thành; TS Phạm Hữu Khánh (nguyên GĐ Trung tâm đào tạo Cán bộ y học cổ truyền Quân đội) và Thạc sĩ Hà Thị Yến (nguyên Phó Hiệu trưởng trường trung cấp Y học cổ truyền Tuệ Tĩnh).
