Đại diện Cảng vụ Hàng hải Nha Trang tại Trường Sa chịu trách nhiệm thực hiện chức năng quản lý nhà nước về hàng hải tại vùng nước cảng biển Trường Sa và vùng biển thuộc huyện đảo Trường Sa. Cụ thể, đơn vị này có nhiệm vụ tuyên truyền, phổ biến, hướng dẫn thực hiện; kiểm tra, giám sát việc thực thi pháp luật Việt Nam và các công ước quốc tế có liên quan hàng hải mà Việt Nam là thành viên đối với các cá nhân, tổ chức tham gia hoạt động hàng hải tại vùng nước cảng biển Trường Sa và vùng biển Trường Sa; tổ chức thực hiện vai trò quản lý nhà nước trong điều hành các hoạt động hàng hải tại vùng nước cảng biển Trường Sa và vùng biển Trường Sa nhằm bảo đảm an toàn, an ninh hàng hải và phòng ngừa ô nhiễm môi trường; tổ chức phối hợp tìm kiếm, cứu nạn hoặc xử lý sự cố làm ảnh hưởng đến môi trường...