Qua các nhiệm kỳ Quốc hội, bộ máy Chính phủ đã có sự điều chỉnh theo hướng tinh gọn, từng bước khắc phục sự cồng kềnh, chồng chéo, hoạt động kém hiệu lực, hiệu quả để ngày càng năng động, đổi mới cả về tổ chức và hình thức, phương thức hoạt động theo hướng quản lý đa ngành, đa lĩnh vực và từng bước thu gọn đầu mối, thể hiện mạnh mẽ tinh thần của một Chính phủ kiến tạo phát triển. Tuy nhiên, nội dung này chưa được nghiên cứu để luật hóa thành nguyên tắc trong việc sắp xếp tổ chức bộ máy của Chính phủ trong Luật Tổ chức Chính phủ.

Theo Bộ trưởng Tư pháp Lê Thành Long, việc chuyển đổi chức năng, quyền hạn và thẩm quyền trong việc giải quyết và xét xử các vi phạm hành chính từ Chính phủ sang tòa án theo dự án Luật Tổ chức Tòa án nhân dân (sửa đổi) cần được đánh giá kỹ lưỡng, do đây là chức năng hiến định và đã được quy định cụ thể trong Luật Tổ chức Chính phủ về vai trò của Chính phủ.