Trong đó, Chính phủ giao Bộ Nội vụ chủ trì, phối hợp các bộ, ngành liên quan nghiên cứu, báo cáo Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về kế hoạch tổng kết 20 năm thực hiện mô hình tổ chức bộ máy của Chính phủ (từ khóa XII đến khóa XV), trên cơ sở đó nghiên cứu, xây dựng đề án cơ cấu tổ chức của Chính phủ khóa XVI, nhiệm kỳ 2026-2031 theo hướng hoàn thiện và thực hiện mô hình bộ quản lý đa ngành, đa lĩnh vực gắn với nguyên tắc một việc chỉ giao một cơ quan chủ trì chịu trách nhiệm chính, cơ quan khác có liên quan chịu trách nhiệm phối hợp, bảo đảm không chồng chéo, trùng lắp, bỏ sót nhiệm vụ quản lý nhà nước của Chính phủ. Rà soát, đề xuất giải quyết các vấn đề còn giao thoa giữa các bộ, cơ quan ngang bộ theo hướng báo cáo Chính phủ giao một cơ quan chủ trì, phối hợp với cơ quan liên quan tổ chức thực hiện.
Trong các nghị quyết, kết luận của Đảng thời gian qua đều nhấn mạnh, tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị hiện nay vẫn còn cồng kềnh, nhiều tầng nấc, nhiều đầu mối; hiệu lực, hiệu quả hoạt động chưa đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ. Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức bộ máy, mối quan hệ của một số cơ quan, tổ chức chưa thật rõ, còn chồng chéo, trùng lắp, chưa phù hợp, làm giảm hiệu lực, hiệu quả hoạt động, từ đó dẫn tới tình trạng đùn đẩy trách nhiệm, công việc, làm thay hoặc bỏ sót nhiệm vụ; phản ứng chính sách trước yêu cầu thực tiễn xã hội còn chậm, thủ tục hành chính trên một số lĩnh vực vẫn là rào cản đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh... Thực trạng nêu trên còn là một trong những nguyên nhân tạo ra tâm lý né tránh, sợ trách nhiệm của một bộ phận cán bộ, công chức, viên chức.
Sắp xếp lại chức năng, nhiệm vụ theo hướng thu gọn đầu mối nhưng phạm vi quản lý rộng hơn, đa ngành, đa lĩnh vực là nội dung khó, phức tạp, nhạy cảm, tác động trực tiếp, toàn diện đến cơ cấu của Chính phủ, nhưng không thể không làm trước yêu cầu của thời kỳ mới đặt ra. Bộ Nội vụ và các bộ, ngành liên quan cần tích cực nghiên cứu tổng kết và đề xuất phương án sắp xếp bảo đảm tính tổng thể, đồng bộ, liên thông theo tinh thần nghị quyết của Đảng, đó là kết hợp hài hòa giữa kế thừa, ổn định với đổi mới, phát triển; gắn đổi mới tổ chức bộ máy với đổi mới phương thức lãnh đạo, cơ cấu lại và nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức; thu hút người có đức, có tài.
Các đơn vị chức năng cần nghiên cứu làm rõ cơ sở lý luận và thực tiễn về phạm vi quản lý đa ngành, đa lĩnh vực của một số bộ, ngành, nhất là những bộ, ngành có chức năng, nhiệm vụ tương đồng, trùng lắp như: ngành giao thông-xây dựng; tài chính-công thương-kế hoạch đầu tư; lĩnh vực dân tộc-tôn giáo; khoa học, công nghệ thông tin, truyền thông... Từ đó có giải pháp phù hợp để thực hiện kiện toàn, sắp xếp tổ chức, thu gọn đầu mối trong nhiệm kỳ tới theo hướng tập trung vào quản lý vĩ mô, xây dựng chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, luật pháp, cơ chế, chính sách; nâng cao năng lực chỉ đạo, điều hành và hiệu quả tổ chức thực hiện; khắc phục tình trạng buông lỏng công tác kiểm tra, thanh tra, giám sát.