Dự án được chia thành 12 dự án thành phần vận hành độc lập theo hình thức đầu tư công, đi qua địa bàn 12 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Bộ Giao thông vận tải thực hiện thẩm quyền, trách nhiệm của người quyết định đầu tư theo các quy định hiện hành trong tổ chức thực hiện các dự án thành phần, trình tự, thủ tục, thẩm quyền thẩm định và quyết định đầu tư các dự án thành phần được thực hiện tương tự như đối với dự án nhóm A theo quy định về đầu tư công.
Thủ tướng Chính phủ quyết định chỉ định thầu trong 2 năm 2022 và 2023 đối với gói thầu xây lắp các dự án thành phần, kèm theo yêu cầu tiết kiệm tối thiểu 5% giá trị dự toán gói thầu (không gồm chi phí dự phòng) và các gói thầu quan trọng khác nếu thấy cần thiết, trên cơ sở đề xuất của Bộ trưởng Giao thông vận tải và kết quả thẩm định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Việc khai thác các mỏ khoáng sản làm vật liệu xây dựng thông thường phục vụ dự án được áp dụng các cơ chế tại Nghị quyết số 60/NQ-CP ngày 16/6/2021, Nghị quyết số 133/NQ-CP ngày 19/10/2021 của Chính phủ và một số cơ chế đặc thù khác. Các mỏ cát sỏi lòng sông vùng đồng bằng sông Cửu Long đang hoạt động còn thời hạn, UBND tỉnh được phép nâng công suất tối đa lên 50% để phục vụ dự án, không phải lập dự án đầu tư điều chỉnh, đánh giá tác động môi trường,... Sau khi cung cấp đủ cho dự án, tiếp tục trở lại công suất bình thường; nghiêm cấm nâng giá, ép giá, nếu vi phạm phải xử lý nghiêm.
Trước ngày 15/5/2022, hoàn thành thẩm định đánh giá tác động môi trường từng dự án thành phần; thẩm tra khung chính sách bồi thường, hỗ trợ, tái định cư, trình Thủ tướng Chính phủ trước ngày 5/5/2022; bàn giao 70% diện tích mặt bằng của các gói thầu xây lắp, khởi công trước ngày 20/11/2022 và bàn giao toàn bộ diện tích còn lại trong quý II năm 2023,...
