Không khai trương rầm rộ, Công ty TNHH Thịnh Phát trụ sở tại TX Hưng Yên hoạt động khá bình lặng, nếu không có biển quảng cáo thì chẳng mấy ai biết đó là trụ sở công ty. Ngày thường, công ty không hoạt động sản xuất kinh doanh, tuy nhiên trước khi cán bộ thuế đến kiểm tra, xác minh, giám đốc mới xuất hiện, cùng với những xe ô-tô chở bàn ghế, đồ dùng và một số mặt hàng kinh doanh. Ngay sau khi cán bộ thuế kiểm tra xong, toàn bộ biển quảng cáo, đồ dùng trong phòng lại được dọn đi luôn.
Sau một thời gian xác minh, thu thập tài liệu, chứng cứ, ngày 7-8, Cơ quan điều tra đã bắt khám xét khẩn cấp ba đối tượng đều trú tại Hà Nội gồm Vũ Chí Dũng, sinh năm 1980 ở Ngọc Thụy, Long Biên, là Giám đốc Công ty TNHH Thịnh Phát, trụ sở tại 50 đường Nguyễn Văn Linh (thị xã Hưng Yên); Trần Thị Nhượng, sinh năm 1955 và Nguyễn Ngọc Tuấn, sinh năm 1981, đều trú tại phường Cầu Dền, quận Hai Bà Trưng về tội lưu hành giấy tờ có giá giả.
Quá trình điều tra bước đầu xác định, lợi dụng sự thông thoáng của Luật Doanh nghiệp, Nhượng và Tuấn bàn tính lập công ty "ma" để bán hóa đơn GTGT khống, chọn thị xã Hưng Yên làm địa bàn hoạt động. Cả hai không trực tiếp lộ diện mà thuê Dũng, một thanh niên lêu lổng làm giám đốc công ty.
Tháng 2-2007, Công ty TNHH Thịnh Phát được thành lập, chuyên doanh các mặt hàng tiêu dùng như nước giải khát, mua bán ký gửi hàng hóa, thiết bị lọc nước, vật liệu xây dựng, trang thiết bị nội thất, điện tử điện lạnh viễn thông, đồ gia dụng...
Ngay sau khi thành lập, Nhượng và Tuấn chỉ đạo Dũng tới Chi cục thuế thị xã Hưng Yên mua hai quyển hóa đơn gồm 100 số hóa đơn, mỗi quyển hóa đơn trả tiền công 2 triệu đồng. Sau khi có hóa đơn, chúng mở rộng thị trường tiêu thụ, đem bán hóa đơn cho hàng loạt doanh nghiệp tại Hải Phòng, Hà Nội, Nam Ðịnh... với doanh số tiền hàng chưa thuế thể hiện trên tờ khai của doanh nghiệp với cơ quan thuế tỉnh Hưng Yên là 45 tỷ 325 triệu đồng (thuế GTGT 5% là 2 tỷ 837 triệu đồng).
Thông thường, khi xuất hàng, người bán hàng phải ghi rõ chủng loại hàng, đơn giá... trên hóa đơn GTGT; nhưng thực tế các hóa đơn GTGT khống xuất ra chỉ ghi chung chung là "hàng hóa". Ngoài ra, đối chiếu doanh số tiền hàng trên tờ khai của Công ty Thịnh Phát, với doanh số hàng hóa ghi trong hóa đơn của một số doanh nghiệp mua hóa đơn của Thịnh Phát kê khai với cơ quan thuế các tỉnh gửi về, Cơ quan điều tra phối hợp với Cục Thuế tỉnh Hưng Yên bước đầu phát hiện chênh lệch hàng tỷ đồng.
Cơ quan điều tra nhận định, mục đích của các doanh nghiệp mua hóa đơn khống để kê khai khấu trừ thuế đầu vào, nhằm làm giảm số thuế phải nộp. Cơ quan điều tra sẽ tiến hành xác minh tất cả các doanh nghiệp là "khách hàng" của ba công ty ma nói trên, để làm rõ hành vi của các đối tượng có liên quan.
Tiếp tục đấu tranh mở rộng vụ án, các đối tượng còn khai nhận cũng vào thời điểm tháng 2-2007, với thủ đoạn tương tự, chúng thành lập thêm hai công ty TNHH Hà Thành và Tiến Ðạt, trụ sở đều ở tại khu dân cư mới phường An Tạo, TX Hưng Yên; đã mua trót lọt năm quyển hóa đơn GTGT để bán hóa đơn khống cho khách hàng với doanh số tiền hàng trị giá khoảng gần 90 tỷ đồng. Ngoài ra, khi bắt giữ tên Tuấn, Cơ quan điều tra còn thu giữ hồ sơ, tài liệu xin thành lập thêm hai doanh nghiệp trên địa bàn tỉnh Hưng Yên.
Hai năm trước, cũng tại tỉnh này, chủ một doanh nghiệp bán hơn 1.500 hóa đơn GTGT khống cho 230 doanh nghiệp ở các tỉnh phía bắc với tổng doanh số gần 103 tỷ đồng.
Tình trạng lập công ty ma để bán hóa đơn GTGT khống xảy ra ở nhiều địa phương, gây thiệt hại cho Nhà nước số tiền rất lớn đòi hỏi cơ quan chức năng cần tăng cường quản lý, ngăn chặn tình trạng thành lập doanh nghiệp "ma" để bán hóa đơn GTGT khống.