Bệnh viên gồm bảy khoa chuyên môn: Khám - cấp cứu - sơ sinh; Hồi sức tích cực - chống độc; Ngoại - gây mê - hồi sức; Nội tổng hợp; Y học cổ truyền; Bệnh nhiệt đới và Chẩn đoán hình ảnh - phục hồi chức năng.
Theo bác sĩ Mai Xuân Hải, Giám đốc Sở Y tế Gia Lai, việc đưa Bệnh viện Nhi vào hoạt động, ngoài việc giảm tải cho Bệnh viện Đa khoa tỉnh trong quá trình tiếp nhận bệnh nhân, điều trị; giảm chi phí và gánh nặng cho các gia đình người bệnh.. còn góp phần nâng cao chất lượng chăm sóc sức khỏe cho nhân dân trên địa bàn, trong đó đối tượng chính là các bệnh nhi.