Đêm chung kết "Người đẹp các vùng Kinh đô Việt Nam 2006" đã để lại ấn tượng trong lòng khán giả bởi màn trình diễn áo dài mang chủ đề "Hoa trinh nữ", trình diễn trang phục yếm đào và trang phục nghi lễ cung đình (bộ sưu tập "Hương sắc"). Phần hai của cuộc thi, năm người đẹp xuất sắc nhất đã tranh tài bằng các câu hỏi vấn đáp. Ban tổ chức đã trao danh hiệu Người đẹp các vùng Kinh đô Việt Nam cho thí sinh Hoàng Thị Lê Phương, đến từ Kinh đô Huế, với phần thưởng trị giá 30 triệu đồng kèm theo một chuyến du lịch Hoàng cung Thái-lan và di sản Đền thờ Ăng-co-vát của Cam-pu-chia; trao danh hiệu Người đẹp tài năng các vùng Kinh đô cho thí sinh Lê Thị Thu, đến từ Kinh đô Thanh Hóa với phần thưởng 15 triệu đồng kèm một chuyến du lịch Hoàng cung Thái-lan và Đền thờ Ăng-co-vát; trao danh hiệu Người đẹp duyên dáng các vùng Kinh đô cho thí sinh Nguyễn Mai Thu đến từ Kinh đô Ninh Bình với phần thưởng 10 triệu đồng kèm một chuyến du lịch Hoàng cung Thái-lan và Đền thờ Ăng-co-vát.
Trong đêm chung kết, Ban tổ chức đã quyên góp được hơn 200 triệu đồng do khán giả và nhân dân Thủ đô gửi ủng hộ đồng bào các tỉnh miền trung bị thiệt hại do cơn bão số 1 gây ra.
