Sở dĩ các hãng hàng không giá rẻ có được lợi nhuận mặc dù giá cả thấp hơn nhiều so với hàng không truyền thống (nhiều khi vé chỉ bằng một phần năm giá bình thường) là do việc cắt giảm mạnh các chi phí liên quan tới khai thác và vận hành. Trước hết, về mặt nhân sự, các hãng giá rẻ thường có tổ chức gọn nhẹ, đơn giản, số lượng nhân sự trên đầu máy bay thấp hơn thông thường. Thí dụ số lượng nhân viên trên đầu máy bay của Southwest Airlines là 80 so với các hãng khác là 115, thậm chí nhiều hơn. Các dịch vụ mặt đất cũng như trên không chỉ ở mức tối thiểu, hành khách không được phục vụ báo chí, suất ăn miễn phí trên máy bay; không có các chương trình bay cộng điểm; cà phê và bữa ăn nhẹ sẽ được tính thêm tiền… bởi vậy hàng không giá rẻ còn có tên gọi khác trong tiếng Anh là No-frills Airlines (Tạm dịch là Hãng hàng không không có sự rườm rà, kiểu cách).
Việc bán vé, giữ chỗ thường được thực hiện qua hệ thống Internet hoặc hệ thống riêng của hãng, không thông qua các hệ thống giữ chỗ toàn cầu hoặc các đại lý nhằm tiết giảm chi phí giữ chỗ và hoa hồng bán vé. Bên cạnh đó, việc sử dụng vé điện tử (e-ticket) cũng giúp giảm chi phí từ 10 USD xuống còn một USD trên mỗi khách.
Do không có sự kết nối toàn cầu với hệ thống giữ chỗ các hãng khác nên các hãng hàng không giá rẻ thường chỉ tổ chức khai thác các tuyến bay từ điểm này tới điểm khác, điểm đến thông thường là các sân bay ở xa các trung tâm lớn, phí cất - hạ cánh thấp. Trên cùng chặng bay, họ thường khai thác tần suất lớn hơn nhằm giảm các chi phí cố định. Ở nhiều địa phương, các hãng còn nhận được sự hỗ trợ từ chính quyền sở tại vì đã tổ chức đường bay đến địa phương mình.
Để giữ được mức chi phí bảo trì, sửa chữa thấp cho đội máy bay, một trong những chi phí đáng kể trong ngành hàng không, các hãng hàng không giá rẻ thường sử dụng một loại máy bay (ngoại trừ Southwest Airlines có tới tám đội bay vào loại mạnh nhất thế giới), các máy bay thường được sử dụng là B737, A320, A319 có thể chở từ 107 tới 185 khách cùng một hạng ghế... Các máy bay thường được khai thác công suất tối đa thời gian bay chiếm tới 14-15 giờ trong ngày. Phi hành đoàn ngoài nhiệm vụ chính còn đảm nhiệm thêm công việc khác như đưa khách lên xuống máy bay, làm vệ sinh máy bay, tính toán cân bằng trọng tải thay cho nhân viên mặt đất.
Hàng không giá rẻ áp dụng chính sách giá hết sức linh hoạt. Hành khách giữ chỗ mua vé sớm sẽ được loại giá rẻ nhất, nhưng số khách mua được loại vé này cũng chỉ chiếm một tỷ lệ nhất định trên toàn bộ chuyến bay, các hành khách khác sẽ phải mua vé với các mức giá cao hơn. Thí dụ theo thông tin từ hãng Tiger Airways, số lượng khách mua vé chặng TP Hồ Chí Minh đi Singapore với giá 25 USD chiếm khoảng 20-30% chuyến bay, mức giá vé cao nhất cho chặng này là 70 USD. Nếu so sánh với giá vé bán cho đại lý du lịch của Vietnam Airlines cho chặng TP Hồ Chí Minh-Singapore và ngược lại là 150 USD thì giá vé trên quả là không rẻ hơn là bao. Hành khách còn bị giới hạn lượng hành lý ký gửi và dịch vụ theo kiểu “tiền nào của nấy”. Cá biệt một số hãng như EasyJet bán những vé cuối cùng còn cao hơn giá vé của hãng British Airways cho cùng chặng bay.
Hành khách cũng không nên chờ đợi quá nhiều và cần có sự kiên nhẫn khi sử dụng hàng không giá rẻ. Những hành khách khó tính, muốn được đối xử như “thượng đế” không phải là đối tượng khai thác của các hãng này. Trên các chuyến bay giá rẻ không có chuyện hành khách được sắp chỗ, hành khách nào lên máy bay sớm sẽ có chỗ tốt hơn những người lên sau.
Hành khách, hành lý nối chuyến sẽ không được làm thủ tục cho đến chặng cuối cùng, hành khách sẽ phải tự lo giữ chỗ trước chặng kế tiếp và làm thủ tục lại ở quầy làm thủ tục. Và vì vậy thời gian chuyển tiếp tại sân bay trung chuyển phải rất dài mới có thể thực hiện được. Hơn nữa, nếu chuyến bay bị trễ hoặc hủy, hành khách không có cơ hội được chuyển sang các hãng hàng không khác. Chi phí đi lại từ các sân bay lẻ tới trung tâm thành phố cũng là điều hành khách cần cân nhắc.
Việc khai thác tối đa thời gian bay, đồng nghĩa với việc thời gian bảo trì, bảo dưỡng máy bay sẽ giảm đi, gia tăng các trường hợp cho máy bay khởi hành với tình trạng bảo đảm tối thiểu về mặt kỹ thuật (trong ngành hàng không gọi là bay nhân nhượng), giảm độ an toàn cho các chuyến bay. Ở châu Âu gần đây, các hãng hàng không giá rẻ bị than phiền trên báo chí là cung cấp dịch vụ tồi và không bảo đảm an toàn cho hành khách.
