Bên cạnh việc vận hành ổn định hệ thống hóa đơn điện tử trên toàn quốc; tăng cường công tác kiểm soát chống gian lận hóa đơn điện tử, toàn bộ các tổ chức, doanh nghiệp có sử dụng hóa đơn đã chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử và tất cả các hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh theo phương pháp kê khai đã đăng ký, sử dụng hóa đơn điện tử, Tổng cục Thuế tiếp tục nâng cấp ứng dụng đáp ứng các yêu cầu nghiệp vụ phát sinh.
Toàn ngành đẩy mạnh áp dụng phân tích dữ liệu lớn (big data) và trí tuệ nhân tạo (AI) phục vụ quản lý thuế, quản lý hóa đơn góp phần kiểm soát, phát hiện nhanh người nộp thuế gian lận về hóa đơn. Ngày 24/4/2023, Tổng cục Thuế đã chính thức đưa vào vận hành, triển khai “Hệ thống phân tích cơ sở dữ liệu và quản lý hóa đơn điện tử”.
Để đưa hệ thống phân tích cơ sở dữ liệu và quản lý hóa đơn điện tử vào triển khai trong thực tế, Tổng cục Thuế đã triển khai áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý và sử dụng hóa đơn để tập huấn hướng dẫn cơ quan thuế cơ sở. Đồng thời, ngành thuế tổ chức tập huấn trực tuyến hướng dẫn việc triển khai áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý và sử dụng hóa đơn cho các cục thuế để bảo đảm việc triển khai hệ thống trên toàn quốc từ tháng 5/2023. Hiện nay, đang tiếp tục triển khai hỗ trợ các cục thuế việc phân quyền ứng dụng quản lý rủi ro phân hệ hóa đơn.
Ngoài ra, với mục đích ngăn chặn sớm các trường hợp rủi ro nghi ngờ xuất khống hóa đơn, Tổng cục Thuế đã thiết lập cảnh báo các trường hợp xuất hóa đơn đầu ra quá lớn so với đầu vào, theo hệ số và hướng dẫn các cục thuế tổ chức kiểm tra “Danh sách người nộp thuế thuộc diện giám sát xuất hóa đơn vượt ngưỡng an toàn”. Trên cơ sở đó, tiếp tục tổng hợp, phân tích đánh giá, đưa ra hệ số phù hợp để xem xét khả năng triển khai ứng dụng tự động áp dụng trong toàn ngành.
Đối với công tác triển khai hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền, Bộ trưởng Tài chính đã có thư gửi các đồng chí bí thư, chủ tịch ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương đề nghị quan tâm chỉ đạo các sở, ngành địa phương phối hợp với cơ quan thuế triển khai có hiệu quả chương trình hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền. Theo đó, giai đoạn 1 từ ngày 15/12/2022 đến ngày 31/3/2023, các cục thuế tự rà soát và đăng ký số lượng đối tượng triển khai hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền và phải triển khai đạt 100% số lượng đã đăng ký.
Tính đến ngày 30/6/2023, đã có 25.996 cơ sở kinh doanh áp dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền - đạt 63,8% so với kế hoạch, số lượng hóa đơn điện tử đã phát hành lũy kế trong hơn 6 tháng kể từ khi bắt đầu triển khai là 10,36 triệu hóa đơn. Các cục thuế có cơ sở kinh doanh đạt kết quả cao về việc xuất hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền như TP Hồ Chí Minh, Hòa Bình, Lâm Đồng, Hải Phòng, Đắk Lắk, Gia Lai, Bắc Ninh.
Đối với việc thực hiện hiệu quả công tác quản lý thuế đối với hoạt động thương mại điện tử, kinh doanh trên nền tảng số (một trong những nhiệm vụ trọng tâm trong 6 tháng đầu năm), Tổng cục Thuế đã tham mưu trình Bộ Tài chính và Thủ tướng Chính phủ ban hành Chỉ thị số 18/CT-TTg về đẩy mạnh kết nối chia sẻ dữ liệu để phục vụ phát triển thương mại điện tử (TMĐT), chống thất thu thuế, bảo đảm an ninh tiền tệ. Theo đó, tham mưu với Thủ tướng Chính phủ yêu cầu các bộ, ngành liên quan đến hoạt động kinh doanh TMĐT như: Bộ Công thương, Bộ Thông tin và Truyền thông, Bộ Công an và Ngân hàng Nhà nước Việt Nam tăng cường phối hợp hiệu lực hiệu quả và đẩy mạnh chuyển đổi số trong công tác quản lý nhà nước đối với hoạt động TMĐT, hoạt động kinh doanh trên nền tảng số, kinh doanh xuyên biên giới. Tổng cục đã phối hợp với Viện Chiến lược tổ chức Hội thảo quốc tế “Thuế đối với thương mại điện tử và dịch vụ số xuyên biên giới: Kinh nghiệm quốc tế và thực tiễn Việt Nam”.
Về hiện đại hóa công tác quản lý thuế đối với hoạt động kinh doanh TMĐT, từ năm 2022, Tổng cục Thuế đã chính thức công bố và vận hành Cổng thông tin điện tử dành cho nhà cung cấp nước ngoài. Đồng thời, tiếp tục nâng cấp hệ thống cổng thông tin điện tử dành cho nhà cung cấp nước ngoài nhằm hỗ trợ các nhà cung cấp nước ngoài đăng ký, kê khai, nộp thuế tại Việt Nam trong đó có các nhà cung cấp nước ngoài lớn trên thế giới như: Google, Apple, Facebook, Netflix, TikTok, Microsoft…
Kể từ khi triển khai cổng thông tin điện tử này, đến nay đã có 57 nhà cung cấp nước ngoài đăng ký, kê khai và nộp thuế qua cổng. Trong 6 tháng đầu năm 2023, tổng số thuế các nhà cung cấp nước ngoài đã khai, nộp ngân sách nhà nước là 3.944 tỷ đồng, trong đó 3.405 tỷ đồng khai, nộp trực tiếp qua cổng thông tin điện tử và 539 tỷ đồng do các bên Việt Nam khấu trừ, nộp thay. Tổng cục Thuế cũng đã chính thức vận hành cổng thông tin TMĐT để tiếp nhận thông tin về các tổ chức, cá nhân kinh doanh trên sàn giao dịch TMĐT, đồng thời thiết kế chức năng khai thuế, nộp thuế trực tuyến trên cổng dữ liệu thông tin TMĐT và sẽ phối hợp các sàn gắn liên kết dẫn đến cổng TMĐT của chức năng này trên giao diện của các sàn giao dịch TMĐT, theo đó các tổ chức là chủ sở hữu sàn giao dịch TMĐT chỉ cần cung cấp thông tin qua Cổng thông tin của Tổng cục Thuế bằng phương thức điện tử.
Đến nay, sau 2 kỳ cung cấp thông tin (quý IV/2022 và quý I/2023), Cổng thông tin điện tử đã ghi nhận 333 sàn giao dịch TMĐT thực hiện việc cung cấp thông tin, trong đó có nhiều sàn chiếm thị phần lớn như: Shopee, Lazada, Sendo, Voso, Tiki… Theo thông tin của các sàn cung cấp, trong quý IV/2022 có 159.218 cá nhân và 31.882 tổ chức có hoạt động kinh doanh trên sàn giao dịch TMĐT, với 50,7 triệu lượt giao dịch và tổng giá trị giao dịch là 15.272 tỷ đồng; trong quý I/2023 (tính đến ngày 24/6/2023) có 64.327 cá nhân và 22.840 kinh doanh trên sàn giao dịch TMĐT, với 9 tỷ lượt giao dịch, tổng giá trị giao dịch là 11.478 tỷ đồng. Tổng cục Thuế đang khẩn trương xây dựng quy chế về khai thác thông tin từ cơ sở dữ liệu tiếp nhận được từ các sàn TMĐT, nâng cao hơn nữa công tác quản lý thuế đối với hoạt động này.
Về công tác thanh tra, kiểm tra, Tổng cục Thuế đã phân công nhiệm vụ triển khai công tác kiểm tra, đối chiếu thông tin đối với một số người nộp thuế là chủ sở hữu sàn TMĐT, các đơn vị là trung gian thanh toán, các công ty đối tác nước ngoài tại Việt Nam và một số nhà cung cấp nước ngoài không có cơ sở kinh doanh cố định tại Việt Nam. Đến nay, đã ban hành và tiến hành kiểm tra tại 15/18 doanh nghiệp và đã hoàn thành, ban hành quyết định xử lý 13 doanh nghiệp, với tổng số tiền xử lý, phạt, truy thu thuế, lệ phí 129,1 tỷ đồng, giảm lỗ 986 tỷ đồng, giảm khấu trừ thuế giá trị gia tăng 113,9 tỷ đồng.
Về quản lý thuế đối với các tổ chức, cá nhân có thu nhập từ hoạt động TMĐT, kinh doanh trên nền tảng số: Đến nay, tổng số thu thuế đối với hoạt động TMĐT từ các tổ chức, cá nhân Việt Nam có thu nhập từ cung cấp dịch vụ trên nền tảng số, thu nhập từ hoạt động kinh doanh thương mại điện tử cho các tổ chức nước ngoài trên toàn quốc năm 2021 là 261 tỷ đồng, năm 2022 tăng cao với 716 tỷ đồng bằng 274% tổng số thu năm 2021; 5 tháng đầu năm 2023 đạt 246 tỷ đồng, bằng 34% tổng số thu năm 2022.