Tuy nhiên, sự khai thác loại tài nguyên không phục hồi này một cách quá mức đã dẫn đến những hệ lụy nghiêm trọng về môi trường, hệ sinh thái và cảnh quan nơi đây.
Các núi đá vôi thuộc tỉnh Kiên Giang là phần đuôi của dãy núi Con Voi từ Kampot (Cam-pu-chia), phân bố rải rác dọc bờ biển, các đảo và trong đất liền, nằm cách xa các hệ thống núi đá vôi khác từ 300 đến một nghìn km. Ðây là vùng núi đá vôi duy nhất ở phía nam với khoảng 21 hòn nằm rải rác trong vùng đồng bằng ngập nước Kiên Lương - Hà Tiên với hệ sinh thái tiêu biểu là đồng cỏ năng và tràm. Ðá vôi Kiên Lương - Hà Tiên hình thành từ các trầm tích biển thuộc hệ tầng Hà Tiên tuổi Permi sớm và Trias muộn, cách đây từ 248 đến 280 triệu năm và từ 200 đến 251 triệu năm trước - theo wikipedia. Do cấu tạo chủ yếu bằng calcite nên các khối đá vôi dễ xói mòn, qua hàng triệu năm phong hóa đã kiến tạo núi đá vôi Kiên Lương - Hà Tiên thành những kiệt tác thiên nhiên kỳ thú với vô số hình thù đa dạng và nhiều hang động huyền ảo. Theo nhiều nhà sử học, các hang động trong các núi đá vôi của Kiên Giang đã được con người sử dụng cách đây hàng nghìn năm. Nhiều di chỉ thuộc nền văn hóa Phù Nam được tìm thấy tại khu vực Hang Tiền, Chùa Hang... và gắn liền với dấu vết của vua Gia Long và lịch sử mở mang bờ cõi, bảo vệ lãnh thổ Việt Nam. Ngoài hệ thống núi đá vôi, thì tại khu vực này còn hình thành hệ động thực vật vô cùng phong phú và quý hiếm. Theo nghiên cứu của các nhà khoa học, về hệ thực vật tại khu vực này đã ghi nhận có khoảng 322 loài thuộc 227 chi và 89 họ, gồm: sáu loài rêu, 26 loài khuyết thực vật, một loài khỏa tử, 56 loài đơn tử diệp và 233 loài song tử dịp... Hệ động vật ở đây bao gồm cả khu vực núi đá vôi và đất ngập nước lân cận với khoảng 100 loài chim, 32 loài bò sát và 13 loài lưỡng cư...
Nhiều năm qua, các khu vực thuộc huyện Hòn Ðất, Kiên Lương, thị xã Hà Tiên, nhất là tại các núi đá vôi đã và đang là những đại công trường ngày đêm đua nhau phá núi khai thác tài nguyên dùng vào những mục đích khác nhau. Tiếng nổ mìn phá núi vẫn vang lên ầm ầm, đâu đó thỉnh thoảng lại xảy ra tai nạn chết người. Tại những khu vực này, nhiều ngọn núi sắp bị san bằng, thậm chí có ngọn núi người ta còn được khai thác âm xuống hàng chục mét để sản xuất xi-măng và làm đường giao thông. Một phần dãy núi Mo So nổi tiếng hàng chục năm trước với hai ngọn núi Bãi Voi, Cây Xoài cao vút, giờ đỉnh đã tiếp mặt đất. Ðối diện với dãy núi Mo So, núi Khoe Lá khổng lồ đang được tập trung khai phá với tốc độ cao. Trên đường vào khu du lịch Bình An, nhiều núi đá voi, núi đất đỏ đang bị khai phá nham nhở hiển hiện. Những ngọn núi sừng sững ngày nào giờ mang trên mình đầy ghẻ chốc và ngày một bé tẹo; cảnh sắc trùng điệp và hữu tình ngày nào một bên là rừng ngập mặn, một bên là đồng bằng xen lẫn những cụm núi giờ toàn bụi là bụi, bên trên là một lớp khói đen vây kín. Hiện nay trên địa bàn huyện Kiên Lương có đến sáu nhà máy xi-măng hoạt động với tổng công suất khoảng 5 triệu tấn/năm. Các nhà máy này đã và đang tiếp tục "san bằng" các dãy núi: Còm, Trầu, Khoe Lá, Mo So, Quân Khu, Túc Khuốt... Với thị xã Hà Tiên, ngọn núi Tô Châu thân hình bị lở loét, đất đỏ trơ ra. Núi Ðề Liêm nằm bên cạnh quốc lộ 80 - đường ra cửa khẩu quốc gia Xà Xía - cũng bị phá để lấy đất, đá xây dựng khu công nghiệp... Trên đường vào khu du lịch Mũi Nai, thêm hai ngọn núi, đồi đang bị phá... Ðã vậy, nhưng chưa có dấu hiệu dừng khi Công ty xi-măng Hà Tiên 2 đang thực hiện dự án đầu tư xây dựng thêm một dây chuyền sản xuất xi-măng công suất 1,4 triệu tấn/năm, dự kiến đi vào hoạt động năm 2010. Theo số liệu của các ngành chức năng, diện tích núi đá vôi ở Kiên Giang giảm dần qua các năm. Năm 1993, diện tích núi đá vôi còn chừa lại là 3,6 km2, đến năm 2004 chỉ còn khoảng 3 km2. Theo Sở Công nghiệp Kiên Giang thì tính tại thời điểm 2008, trữ lượng đá vôi trong khu vực còn khoảng 450 - 490 triệu tấn, trong đó có khoảng 250 triệu tấn giữ lại nhằm bảo vệ do có giá trị về lịch sử và quân sự. Hiện tại trong 16 mỏ đá vôi xi-măng có một mỏ đã dừng khai thác, sáu mỏ đang khai thác với tổng trữ lượng khoảng 134 triệu tấn cung cấp nguyên liệu cho sản xuất xi-măng trong khoảng từ 13 năm đến 55 năm.
Hoạt động khai thác núi được đánh giá là hủy diệt toàn bộ hệ động thực vật khu vực khai thác, làm suy giảm diện tích sống của các loài, chia cắt sinh cảnh của động vật, nhất là loài voọc bạc Ðông Dương ở những nơi chỉ khai thác một phần. Ngoài ra, các hoạt động bắt động vật hoang dã, khai thác cây cảnh, cây thuốc cho mục đích thương mại, xây dựng đường sá, nuôi tôm (nung vôi bón cho ruộng tôm), rác thải du lịch cũng đã và đang đe dọa nghiêm trọng môi trường sinh thái, làm suy giảm độ đa dạng sinh học ở khu vực này. Ðó là chưa tính đến các hoạt động công nghiệp trong tương lai như: Nhà máy nhiệt điện của Tập đoàn Tân Tạo, khu công nghiệp Rạch Vượt, Thuận Yên... có khả năng gây ô nhiễm môi trường, nhất là hiện tượng mưa a-xít sẽ gây nguy hại cho hệ thực vật núi đá vôi.
Mới đây, tại hội thảo khoa học mang chủ đề "Kế hoạch bảo tồn cảnh quan núi đá vôi Kiên Lương, tỉnh Kiên Giang, Việt Nam giai đoạn 2010 - 2015" đã được Trung tâm đa dạng sinh học và phát triển (CBD) thuộc Viện Sinh học nhiệt đới (ITB) và Tổ chức bảo tồn thiên nhiên quốc tế (IUCN) Việt Nam phối hợp tổ chức tại Kiên Giang đã liệt kê ra một danh mục chi tiết các hoạt động ưu tiên nhằm có thể giúp bảo tồn tính đa dạng sinh học và một phần cảnh quan thiên nhiên còn lại của quần thể núi đá vôi Kiên Lương - Hà Tiên. Cụ thể sẽ lồng ghép kế hoạch hoạt động về bảo tồn núi đá vôi Kiên Lương vào Kế hoạch phát triển kinh tế-xã hội giai đoạn 2010 - 2015 của tỉnh Kiên Giang. Trong đó chỉ riêng công việc tập huấn và một số công việc phụ khác cũng đã "nuốt" hàng trăm nghìn USD. Thật sự là một cái giá khá đắt phải trả mà nguyên nhân chính là sự khai thác quá mức vào thứ tài nguyên thiên nhiên không phục hồi như núi. Tuy nhiên chỉ mới có một số rất ít hoạt động đã có dự án và được tài trợ kinh phí để triển khai thực hiện, nhiều hoạt động quan trọng khác vẫn đang phải tiếp tục nằm chờ vì chưa có dự án và kinh phí. Vấn đề đặt ra và cần phải tiến hành thực hiện ngay, chính là việc phải nghiêm túc đánh giá thật chính xác tương quan giữa lợi ích kinh tế thu được và các khoản kinh phí dùng để cứu vãn môi trường sinh thái và bảo vệ cảnh quan. Sự nóng lên của trái đất và những biến đổi khí hậu chính là nguyên nhân của việc môi trường sinh thái và cảnh quan thiên nhiên bị hủy diệt. Cái giá phải trả trong tương lai sẽ không hề rẻ chút nào, nếu không muốn nói là có thể sẽ đắt hơn nhiều lần những gì chúng ta thu được hôm nay.
