Đới gió tây nam gây mưa rào và dông cho khu vực Tây Nguyên và Nam Bộ. Trong cơn dông có khả năng xảy ra tố lốc và gió giật mạnh. Khu vực nam Biển Đông, bao gồm cả vùng biển quần đảo Trường Sa, vùng biển từ Bình Thuận đến Cà Mau tiếp tục có gió tây nam mạnh cấp 6, cấp 7, giật cấp 8 và có mưa dông mạnh; sóng biển cao từ 2 đến 3m, biển động mạnh. Ở vịnh Bắc Bộ có gió đông bắc mạnh cấp 5, có lúc cấp 6, giật cấp 7 và có mưa dông mạnh; biển động.
Lũ trên các sông ở Hà Tĩnh tiếp tục lên cao; riêng thượng nguồn sông La tiếp tục lên nhanh. Trên sông Ngàn Sâu tại Hòa Duyệt: 9,0m, ở mức BĐ2; trên sông Ngàn Phố tại Sơn Diệm: 11,5m, ở mức BĐ2; trên sông La tại Linh Cảm: 4,50m, ở mức BĐ1. Các sông ở Quảng Bình dao động ở trên mức BĐ1; các sông ở Thanh Hóa, Nghệ An lên dần nhưng còn ở dưới BĐ1. Đề phòng nguy cơ xảy ra lũ quét, sạt lở đất ở vùng núi các tỉnh từ Thanh Hóa đến Quảng Bình.
Tỉnh Thanh Hóa có công điện yêu cầu các địa phương trong tỉnh thực hiện các biện pháp đối phó với mưa, lũ như: khẩn trương thu hoạch những diện tích lúa mùa đã chín từ 80% trở lên; theo dõi chặt chẽ diễn biến mưa lũ, cảnh báo dân cư sống ở vùng ven sông, suối, vùng trũng thấp, vùng có nguy cơ cao về lũ ống, lũ quét và sạt lở đất, có phương án sẵn sàng sơ tán dân khi xảy ra sự cố.
Tại tỉnh Hà Tĩnh, mưa đã gây ngập lụt cục bộ một số vùng, trong đó nặng nhất là vùng thượng Hương Sơn (thị trấn Tây Sơn, xã Sơn Tây)... Quốc lộ 8A, đoạn qua xã Sơn Tây và thị trấn Tây Sơn bị ngập nhiều; tại km 83 (cách khu vực cửa khẩu Cầu Treo khoảng ba km), hàng nghìn m3 đất đá sạt lở xuống lòng đường với chiều dài khoảng 50 m. Bộ đội Biên phòng cửa khẩu quốc tế Cầu Treo cùng các ngành chức năng đang tập trung khắc phục sự cố.
Mưa lũ tại tỉnh Quảng Bình đã làm hai người chết, một người bị thương và nhiều tài sản của người dân bị hư hỏng. Chính quyền địa phương đang khẩn trương tìm kiếm người mất tích, thăm hỏi người bị nạn và giúp các hộ dân khẩn trương dựng lại nhà bị tốc mái, sớm ổn định cuộc sống. Tại Đà Nẵng, bão số 3 đã làm một người bị thương nhẹ; sáu tàu cá và tàu du lịch bị chìm; 589 cây bị nghiêng và ngã đổ; 90,6 ha lúa chưa thu hoạch và 9,68 ha rau màu ở huyện Hòa Vang bị ngập... Chính quyền địa phương tổ chức thăm hỏi, hỗ trợ kịp thời cho các gia đình bị thiệt hại. Công ty TNHH MTV Môi trường đô thị thành phố khẩn trương hoàn thành việc thu dọn vệ sinh môi trường, phấn đấu hoàn thành trước 14 giờ ngày hôm nay.
Mưa to khiến lượng nước lớn đổ về sông Buông, làm nhiều khu vực thuộc xã Phước Tân (TP Biên Hòa, tỉnh Đồng Nai) bị ngập sâu. Đoạn đường từ ấp Miễu ra trung tâm xã Phước Tân bị ngập sâu từ 0,5m đến 0,7m. Nước lên cao khiến hàng trăm hộ dân phải di chuyển tài sản lên cao để tránh ngập. Trường trung học cơ sở Phước Tân 1 đã thuê xe ô-tô đến khu vực ấp Miễu để đưa khoảng 800 học sinh đến trường học.
Hàng nghìn ha lúa đang đến kỳ thu hoạch của tỉnh Khánh Hòa bị đổ ngã do mưa dông, trong đó tập trung chủ yếu ở huyện Diên Khánh với khoảng 1.500 ha, một nửa diện tích lúa trong số này bị đổ ngã hoàn toàn. Bà con nông dân đang tiến hành thu hoạch nhanh gọn diện tích lúa bị đổ ngã để tránh ngập úng nếu có mưa lớn. Mưa khiến các rìa đá cheo leo trên núi Cấm, huyện Tịnh Biên, tỉnh An Giang có nguy cơ bị sạt lở, gây nguy hiểm cho hàng trăm hộ dân sống trên núi và khách du lịch. Để bảo đảm an toàn cho du khách và người dân địa phương, Ban Quản lý Khu du lịch núi Cấm đã tạm thời đóng cửa đường lên, xuống núi Cấm trong khoảng một tháng để tiến hành xử lý.
Sáng ngày 16-9, tại xã Gành Dầu, đảo Phú Quốc (Kiên Giang) có mưa to, kèm theo lốc xoáy làm đổ nhiều cây cối, làm hai người chết và ba người bị thương. Chính quyền địa phương đã thăm hỏi những nạn nhân bị thương; đồng thời hỗ trợ trước mắt ba triệu đồng cho một người chết, một triệu đồng cho người bị thương.
Ngày 16-9, Bộ đội Biên phòng tỉnh Cà Mau cứu hộ và đưa vào bờ an toàn thêm mười thuyền viên trên hai tàu cá gặp nạn, nâng tổng số ngư dân gặp nạn được cứu hộ và đưa vào bờ an toàn trong ba ngày qua là 40. Trước đó ngày 15-9, ông Trần Văn Tính (ngụ ấp Mỹ Bình, xã Phú Tân, huyện Phú Tân, tỉnh Cà Mau) điều khiển tàu cá mang biển số CM 1786 TS gặp nạn cách cụm đảo Hòn Chuối của huyện Trần Văn Thời (tỉnh Cà Mau) khoảng ba hải lý về hướng bắc.
Cùng ngày, thuyền trường Lâm Hữu Lập (44 tuổi, ngụ xã Mỹ Lâm, huyện Hòn Đất, tỉnh Kiên Giang) điều khiển tàu cá KG 94041 TS, khi đang hoạt động cách cửa biển Sông Đốc (huyện Trần Văn Thời) khoảng hai hải lý về hướng tây thì bất ngờ bị sóng đánh chìm. Chiều 16-9, Hải đoàn Biên phòng 28 cho biết, đã phối hợp các cơ quan chức năng liên quan cứu sống bốn ngư dân bị trôi dạt trên biển 21 giờ. Hiện, các ngư dân này đang được đưa vào đảo Nam Du. Trước đó, một tàu đánh bắt hải sản trọng tải bốn tấn bị sóng to, gió lớn đánh chìm, trên tàu có bốn ngư dân. Các ngư dân được tìm thấy khi đang trôi dạt trên vùng biển cách bờ đảo Hòn Chuối (tỉnh Cà Mau) khoảng 30km trong tình trạng sức khỏe yếu.
Tổng công ty Điện lực miền Trung (EVNCPC) tối 16-9 cho biết, bão số 3 gây ảnh hưởng đến tình hình cung cấp điện các tỉnh từ Quảng Bình đến Quảng Ngãi. Tại thời điểm bão đổ bộ đã gây mất điện 73 đường dây trung thế với 1.205 trạm biến áp phân phối, tổng công suất phụ tải toàn khu vực phải sa thải ước khoảng 73,7MW trên tổng số 2.000 MW (tương đương 3,7%). Tài sản bị thiệt hại của ngành điện gồm năm cột điện trung hạ thế bị gãy, chín máy biến áp phân phối, 28 đồng hồ đo đếm và năm bộ xà bị hư hỏng với tổng giá trị khoảng 4,9 tỷ đồng. Tính đến thời điểm này, các đơn vị thuộc EVNCPC đã hoàn thành khôi phục sự cố lưới điện tại các địa phương như Quảng Bình, Quảng Trị, Đà Nẵng, Huế, Quảng Nam, Quảng Ngãi, bảo đảm nhu cầu sản xuất, sinh hoạt của nhân dân.