Tổng số có 1.159 cây xanh phải di chuyển để triển khai dự án mở đường. Hiện nay, Sở Xây dựng Hà Nội đã cấp phép cho đánh chuyển, chặt hạ đợt một là 14 cây; sau đó tiếp tục tiến hành đánh chuyển, chặt hạ các đợt tiếp theo, phấn đấu đến tháng 12 thực hiện xong để bàn giao mặt bằng cho nhà thầu. Đơn vị thực hiện việc đánh, chuyển cây là Công ty cổ phần Beepro - đơn vị đã thực hiện việc di chuyển cây xà cừ cổ thụ trên đường Kim Mã đoạn Voi Phục (tỷ lệ cây sống sau di chuyển đạt hơn 90%).
Tuy nhiên, theo các chuyên gia, do cây xanh trên đường Phạm Văn Đồng được trồng rất dày, bên dưới lại vướng nhiều công trình ngầm, nổi, nên sẽ khó khăn trong công tác đào bầu để đánh chuyển và khó giữ được bộ rễ. Vì vậy, quá trình triển khai thực hiện, các đơn vị phải khảo sát, đánh giá để quyết định lựa chọn phương án đánh chuyển hay chặt hạ nhằm bảo đảm tính khả thi và hiệu quả. Sở Xây dựng đã thành lập Tổ công tác hiện trường để giám sát, kiểm tra và xem xét, quyết định cụ thể phương án tại hiện trường.
Dự án đầu tư mở rộng đường vành đai 3, đoạn Mai Dịch - cầu Thăng Long là một trong những công trình giao thông trọng điểm của thành phố. Việc sớm hoàn thành dự án và đưa vào khai thác sẽ góp phần quan trọng giải quyết tình trạng ùn tắc giao thông hiện nay trên tuyến đường và đem lại hiệu quả kinh tế, hiệu quả xã hội rất cao. Hoàn thành di chuyển cây xanh, các công trình ngầm nổi còn tạo điều kiện về mặt bằng để Bộ Giao thông vận tải triển khai xây dựng tuyến cầu cạn cao tốc trên cao từ Mai Dịch đến cầu Thăng Long bằng vốn vay ODA của Nhật Bản (dự kiến khởi công tháng 11-2017).