Ngôi đền có Ban Quản lý di tích từ lâu, do đích thân Chủ tịch UBND xã Phù Đổng làm Trưởng ban. Hằng năm, TP Hà Nội vẫn tổ chức các lớp tập huấn kiến thức về quản lý di tích. Tại huyện Gia Lâm, cuối năm2013, huyện đã tổ chức một lớp tập huấn cho các Trưởng Ban Quản lý di tích trên địa bàn. Vì thế, không thể nói là Trưởng Ban Quản lý di tích đền Phù Đổng không hiểu biết về di sản. Vậy mà con ngựa vẫn "phi" qua hàng rào quản lý để "lọt" vào đền, trái với các quy định về bảo vệ, quản lý di tích, trong đó có quy định về hành vi làm sai lệch di tích. Mà đây lại là Di tích quốc gia hạng đặc biệt. Cả TP Hà Nội chỉ có chín di tích trong tổng số hơn 5.200 di tích thuộc hạng này. Điều này cho thấy những bất cập trong công tác quản lý đối với những di tích hạng đặc biệt.
Trong chín di tích quốc gia đặc biệt trên địa bàn Hà Nội, ngoài Khu Di tích Phủ Chủ tịch do Trung ương quản lý, TP Hà Nội trực tiếp quản lý tám di tích, gồm: Hoàng thành Thăng Long, Văn Miếu - Quốc Tử Giám, thành Cổ Loa, đền Hát Môn, đền Hai Bà Trưng, đình Tây Đằng, đền Ngọc Sơn - hồ Hoàn Kiếm, đền Phù Đổng. Về cơ chế quản lý, lâu nay, thành phố thực hiện phân cấp quản lý. Trong đó, Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch trực tiếp quản lý 12 di tích (trong đó có một số di tích quốc gia đặc biệt như: Hoàng thành Thăng Long, thành Cổ Loa, Văn Miếu - Quốc Tử Giám...). Các di tích còn lại phân cấp cho các quận, huyện. Các quận, huyện giao cho các xã, trừ những di tích quan trọng, các địa phương sẽ lập một Ban Quản lý riêng, do UBND quận, huyện quản lý. Di tích làng cổ Đường Lâm là một thí dụ. Hoạt động của Ban Quản lý làng cổ Đường Lâm đã góp phần gìn giữ di tích, phát hiện, xử lý một số sai phạm trong xây dựng thời gian qua. Tuy nhiên, với một số di tích mới được công nhận là Di tích quốc gia đặc biệt như: Đền Phù Đổng, đình Tây Đằng, đền Hát Môn, hiện nay vẫn do UBND các xã trên địa bàn quản lý. Theo quy định của Luật Di sản, di tích quốc gia đặc biệt là những di tích có giá trị đặc biệt tiêu biểu của quốc gia về một trong các mặt như: gắn với sự kiện lịch sử tiêu biểu trong quá trình dựng nước và giữ nước, sự nghiệp của anh hùng dân tộc, danh nhân của đất nước, lịch sử tiêu biểu của các thời kỳ cách mạng, kháng chiến; hoặc có giá trị tiêu biểu về khảo cổ, về kiến trúc, nghệ thuật của một hoặc nhiều giai đoạn lịch sử... Việc bảo vệ, phát huy giá trị các di tích này cũng cần có những giải pháp tương xứng. Có thể thấy, giao cho cấp xã quản lý các di tích quốc gia đặc biệt kể trên là việc làm "quá tầm".
Hiện nay, TP Hà Nội đang làm thủ tục đề nghị công nhận quần thể di tích chùa Hương, chùa Thầy là Di tích quốc gia đặc biệt. Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch cũng mới đề nghị TP Hà Nội làm hồ sơ Di tích quốc gia đặc biệt đối với làng cổ Đường Lâm, đền Sóc. Như vậy, số lượng di tích quốc gia đặc biệt của Hà Nội sẽ còn tăng lên trong thời gian tới. Vì những giá trị đặc biệt của các di tích này, mà mỗi khi xảy ra các vụ việc, hậu quả thường rất nghiêm trọng, tạo dư luận xấu.
Vụ việc tại đền Phù Đổng là bài học trong công tác quản lý, xây dựng, kiện toàn các Ban Quản lý di tích có đủ năng lực, trình độ để có thể quản lý các di tích có giá trị tiêu biểu trên địa bàn Thủ đô.
