Cùng phạm tội danh trên, bị cáo Lê Quả, nguyên Phó giám đốc thường trực Ban quản lý dự án Đại lộ Đông – Tây và Môi truờng nước thành phố bị phạt năm năm tù.
Truớc đó, ngày 25-9-2009 tại phiên tòa xét xử sơ thẩm, bị cáo Huỳnh Ngọc Sỹ bị tuyên phạt mức án ba năm tù, bị cáo Lê Quả bị tuyên phạt hai năm tù. Sau khi Tòa tuyên án, cả hai bị cáo Huỳnh Ngọc Sỹ và Lê Quả gửi đơn kháng cáo, xin giảm nhẹ hình phạt, xin được hưởng án treo. Không đồng tình với mức án đã tuyên, ngày 7-10-2009, Viện trưởng Viện Kiểm sát Nhân dân thành phố Hồ Chí Minh có văn bản kháng nghị, đề nghị xét xử lại theo hướng tăng hình phạt tương xứng với hành vi, mức độ phạm tội của hai bị cáo.
Tại phiên tòa sơ thẩm, Hội đồng xét xử khẳng định, trong thời gian từ tháng 8-2001 đến tháng 11-2002, với tư cách Phó Giám đốc thường trực Ban quản lý dự án, sau khi báo cáo và được Huỳnh Ngọc Sỹ cho phép, ông Lê Quả đã ký hợp đồng cho Công ty Tư vấn quốc tế Thái Bình Dương, Nhật Bản, (viết tắt là PCI) thuê một phần căn nhà số 3, đuờng Nguyễn Thị Diệu để đặt văn phòng làm việc. Tổng số tiền thu được là 80.000YSD, tính theo tỷ giá thời điểm quy đổi là khoảng 1 tỷ 200 triệu đồng. Đây là căn nhà thuộc Nhà nuớc quản lý, giao cho Ban quản lý dự án sử dụng, không được phép cho thuê lại. Nhận số tiền trên, các bị cáo Huỳng Ngọc Sỹ, Lê Quả thỏa thuận giữ lại 350 triệu đồng chi riêng vào các phí giao dịch, tiếp khách. Hơn 849 triệu đồng còn lại dùng để chia nhau, trong đó, riêng Huỳnh Ngọc Sỹ đuợc chia 42 lần với tổng số tiền 52 triệu 250 nghìn đồng; Lê Quả đuợc chia 42 lần với tổng số tiền 53 triệu 900 nghìn đồng.
Tại phiên tòa phúc thẩm, các bị cáo Huỳnh Ngọc Sỹ, Lê Quả thừa nhận bản án sơ thẩm do TAND thành phố Hồ Chí Minh đã tuyên là đúng người, đúng tội, đúng pháp luật. Tuy nhiên, cả hai bị cáo đều đề nghị hội đồng xét xử phúc thẩm xem xét lại động cơ phạm tội; nhân thân; xem xét lại giá trị thiệt hại cho Nhà nước mà hai bị cáo đã gây ra…
Căn cứ những chứng cứ thu thập tại cơ quan điều tra, những lời khai nhận của các bị cáo; kết quả thẩm vấn; tranh luận của đại diện Viện KSND tối cao và các luật sư bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của các bị cáo, Hội đồng xét xử kết luận: Bản án sơ thẩm mà Hội đồng xét xử Tòa án Nhân dân thành phố Hồ Chí Minh đã tuyên đối với các bị cáo là có căn cứ, đúng nguời, đúng tội, đúng pháp luật. Việc các bị cáo dùng môt phần căn nhà số 3 đường Nguyễn Thị Diệu, là nhà thuộc Nhà nuớc quản lý cho đối tác là Công ty PCI thuê lại là trái pháp luật. Số tiền 80.000USD (tương đương 1,2 tỷ đồng) các bị cáo để ngoài sổ sách, chia nhau là hoàn toàn sai trái. Mặt khác, với vai trò là chủ đầu tư, nhưng các bị cáo đã nhận tiền của phía đối tác. Hành vi đó không chỉ làm ảnh hưởng đến công việc chuyên môn mà còn làm giảm lòng tin của nhân dân, gây ảnh hưởng lớn đến uy tín của Nhà nuớc và của thành phố Hồ Chí Minh.
Hội đồng xét xử khẳng định: Hành vi phạm tội của các bị cáo đã gây hậu quả nghiêm trọng. Do vậy không chấp nhận kháng cáo của các bị cáo; chấp nhân kháng nghị của Viện truởng Viện KSND thành phố Hồ Chí Minh sửa một phần bản án sơ thẩm theo hướng tăng hình phạt. Tuy nhiên, xét các bị cáo có nhân thân tốt, thành khẩn khai báo, đã cơ bản khắc phục hậu quả… nên Hội đồng xét xử đã áp dụng chính sách khoan hồng của Đảng và Nhà nước giảm một phần hình phạt cho các bị cáo.