Tuy nhiên, sau sắp xếp, một số nơi đã nảy sinh bất cập, ảnh hưởng không nhỏ tới đời sống nhân dân, nhất là việc thực hiện chính sách đối với một số đơn vị hành chính trước khi sáp nhập thuộc khu vực miền núi, vùng cao, khu vực khó khăn, đặc biệt khó khăn. Thí dụ, Quyết định số 861/QÐ-TTg ngày 4/6/2021 của Thủ tướng Chính phủ quy định: Các xã khu vực III, khu vực II đã được phê duyệt tại quyết định này nếu được công nhận đạt chuẩn nông thôn mới sẽ được xác định là xã khu vực I và thôi hưởng các chính sách áp dụng đối với xã khu vực III, khu vực II kể từ ngày quyết định của cấp có thẩm quyền công nhận xã đạt chuẩn nông thôn mới có hiệu lực. Như vậy, các chế độ chính sách an sinh xã hội áp dụng cho xã, thôn đặc biệt khó khăn đương nhiên hết hiệu lực kể từ ngày có quyết định công nhận xã đạt chuẩn nông thôn mới. Trên thực tế, xã đạt chuẩn nông thôn mới nhưng vẫn có những đối tượng là người nghèo, người dân tộc thiểu số... cần nhận được sự hỗ trợ từ các chính sách của Nhà nước.
Theo Nghị định số 76/2019/NÐ-CP ngày 8/10/2019 của Chính phủ, chính sách bảo hiểm y tế cho người dân; các chế độ phụ cấp vùng, phụ cấp lâu năm, phụ cấp thu hút, trợ cấp lần đầu cho cán bộ, công chức khi chuyển công tác ra khỏi vùng có điều kiện kinh tế-xã hội đặc biệt khó khăn cũng không còn. Trong khi đó, các đối tượng này vẫn đang sinh sống, đang thực hiện nhiệm vụ ở địa bàn các thôn, xã có điều kiện kinh tế-xã hội đặc biệt khó khăn, khối lượng công việc nhiều hơn do sáp nhập đơn vị hành chính... Cả nước đang tiếp tục triển khai sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã giai đoạn 2023-2030 theo Kết luận số 48-KL/TW ngày 30/1/2023 của Bộ Chính trị. Bộ Nội vụ cho biết, tính riêng giai đoạn 2023-2025, sẽ có tới 52 đơn vị hành chính cấp huyện, 1.037 đơn vị hành chính cấp xã thuộc diện phải sáp nhập. Với khối lượng công việc lớn và phức tạp như vậy, trong khi các văn bản hướng dẫn thực hiện các chính sách, nhất là chính sách trong giai đoạn chuyển tiếp 2016-2020 sang 2021-2025 chậm ban hành, hoặc đã ban hành nhưng chưa đầy đủ dẫn đến khó khăn, lúng túng trong việc áp dụng các chính sách đối với từng địa bàn.
Vì vậy, thời gian tới, khi sắp xếp đơn vị hành chính, cần thực hiện đúng theo yêu cầu tại Nghị quyết số 595/NQ-UBTVQH15 ngày 12/9/2022 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội, đó là "không cắt giảm ngay, đồng loạt các chính sách ưu tiên, ưu đãi, hỗ trợ đặc thù áp dụng đối với người dân, cán bộ, công chức, viên chức, người hoạt động không chuyên trách ở đơn vị hành chính sau khi sắp xếp mà có quy định về lộ trình chuyển tiếp, cắt giảm phù hợp để bảo đảm quyền lợi chính đáng cho người thụ hưởng chính sách, nhất là ở các địa phương thuộc khu vực miền núi, vùng cao, xã đặc biệt khó khăn".
Chính phủ cần nghiên cứu ưu tiên nguồn lực, có chính sách ưu đãi, hỗ trợ hợp lý, đặc thù cho các đơn vị hành chính hình thành sau sắp xếp để có điều kiện ổn định tổ chức, hoạt động của bộ máy chính quyền cơ sở, sắp xếp cán bộ, công chức, viên chức dôi dư, đầu tư xây dựng hạ tầng, mở rộng không gian phát triển kinh tế-xã hội ở địa phương. Có như vậy, người dân mới được nâng cao đời sống, thụ hưởng rõ nét thành quả từ một chủ trương lớn của Ðảng.