Mục tiêu tổng quát đến năm 2030, bảo vệ, bảo tồn, phát triển nguồn lợi thủy sản trên các loại hình thủy vực và bảo tồn đa dạng sinh học biển, góp phần thực hiện Chiến lược phát triển bền vững kinh tế biển Việt Nam đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045; nâng cao đời sống vật chất, tinh thần của người dân, bảo đảm an sinh xã hội, bảo vệ chủ quyền, quyền chủ quyền, quyền tài phán, an ninh, trật tự và lợi ích quốc gia trên sông, trên biển của Việt Nam.
Quy hoạch cũng đặt mục tiêu 27 khu bảo tồn biển được thành lập và hoạt động hiệu quả với tổng diện tích vùng biển được khoanh vùng bảo tồn khoảng 463.587 ha, chiếm khoảng 0,463% diện tích tự nhiên vùng biển quốc gia (các vùng biển thuộc quyền tài phán quốc gia). 149 khu vực ở vùng biển và 119 khu vực nội địa được khoanh vùng bảo vệ nguồn lợi thủy sản.
Ðối với khai thác thủy sản phấn đấu tổng số tàu cá tối đa khoảng 83.600 chiếc. Nghề lưới kéo chiếm 10%; nghề lưới vây chiếm 6,1%; nghề lưới rê chiếm 40,3%; nghề câu chiếm 18,9%; nghề lưới chụp chiếm 3%; nghề lồng bẫy chiếm 2,9%...
Ðến năm 2050, Việt Nam trở thành quốc gia có nghề cá phát triển bền vững, hiện đại, tương đương với các nước có nghề cá phát triển trong khu vực và trên thế giới; đa dạng sinh học biển và các thủy vực nội địa được bảo tồn và phát triển,... Ðịnh hướng quy hoạch khai thác thủy sản, giảm dần sản lượng thủy sản khai thác, điều chỉnh tỷ trọng sản lượng khai thác giữa các vùng biển phù hợp với trữ lượng nguồn lợi thủy sản; khai thác có chọn lọc các đối tượng thủy sản có giá trị kinh tế cao,...
