SGDCK Việt Nam hoạt động theo mô hình Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên 100% vốn nhà nước dưới hình thức công ty mẹ - công ty con do Bộ Tài chính là cơ quan đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước, trụ sở chính đặt tại Hà Nội, có mức vốn điều lệ là 3.000 tỷ đồng, được điều chuyển từ vốn điều lệ của SGDCK Hà Nội và SGDCK thành phố Hồ Chí Minh. Trong quá trình hoạt động, SGDCK Việt Nam thực hiện tăng hoặc giảm vốn điều lệ theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ. SGDCK Hà Nội và SGDCK thành phố Hồ Chí Minh là các công ty con do SGDCK Việt Nam đầu tư 100% vốn, hoạt động độc lập, có tư cách pháp nhân.
Bộ Tài chính quyết định tổ chức bộ máy của SGDCK Việt Nam; SGDCK Việt Nam quyết định tổ chức bộ máy của SGDCK Hà Nội và SGDCK thành phố Hồ Chí Minh sau khi có ý kiến chấp thuận của Bộ Tài chính với những chức năng, nhiệm vụ được quy định rõ giữa các SGDCK…
