Do vị trí đắc địa của cầu Nhật Tân, kết nối khu vực trung tâm thành phố với tuyến đường cao tốc mới đi Sân bay quốc tế Nội Bài, tuyến đường 5 kéo dài, công trình mới xây dựng với thiết kế đẹp, bề thế, giao thông thuận tiện, nhanh chóng, hành trình từ Hà Nội đến Nội Bài được rút ngắn khoảng 15 phút so với trước đây, cho nên ngay từ ngày thông xe đến nay, rất nhiều phương tiện đều chọn tuyến này để vượt sông Hồng đi sang khu vực các huyện Đông Anh, Sóc Sơn. Theo số liệu của Phòng Cảnh sát giao thông (Công an TP Hà Nội), từ khi đưa tổ hợp cầu Nhật Tân, đường Võ Nguyên Giáp vào hoạt động, lưu lượng xe trên tuyến đường Võ Văn Kiệt (đường bắc Thăng Long - Nội Bài) và đường vành đai 3 Phạm Văn Đồng đã giảm khoảng 30% so với trước đây. Đây là những tín hiệu mừng, cho thấy hiệu quả lớn đầu tư của cụm công trình trọng điểm này đối với phát triển kinh tế - xã hội của Thủ đô.
Tuy nhiên, bên cạnh những tín hiệu vui nêu trên, công trình giao thông lớn này cũng bộc lộ không ít bất cập, cần được các cơ quan chức năng xem xét, điều chỉnh để khai thác hiệu quả hơn. Mặc dù ngay trước ngày thông xe, Sở Giao thông vận tải Hà Nội đã ban hành quyết định phân luồng phương tiện qua cầu, nhưng tình hình giao thông trên cầu từ ngày thông xe đến nay rất lộn xộn và phức tạp. Theo phương án phân luồng của Sở Giao thông vận tải, để bảo đảm giao thông trên tuyến an toàn, với vận tốc ô-tô lên tới 80 km/giờ, thì người đi bộ, đi xe đạp không được phép đi qua cầu, ngay cả người đi xe đạp điện cũng chỉ được lưu thông trên cầu từ 22 giờ đến 5 giờ sáng hôm sau và không được phép qua cầu khi có gió từ cấp 6 trở lên. Nhưng rất nhiều người đánh cả chuyến ô-tô chở cả đoàn người lên cầu tham quan, chụp ảnh lưu niệm. Những người cao tuổi sống gần khu vực cầu đi xe đạp, hoặc thả bộ lên cầu để ngắm cảnh. Nhiều người tham quan xong, thản nhiên quay đầu xe, đi ngược chiều trên cầu để trở về, gây nguy hiểm cho các phương tiện tham gia giao thông. Khu vực hai bên đầu cầu đã xuất hiện nhiều người bán hàng rong. Chưa kể, do lượng phương tiện giao thông chọn đi tuyến này lớn, cho nên gây ùn ứ giao thông khu vực Xuân La, Lạc Long Quân, Cầu Giấy.
Trước tình hình này, Phó Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội Nguyễn Quốc Hùng giao Sở Giao thông vận tải và Công an thành phố tổ chức lại giao thông trên toàn bộ tuyến đường và cầu Nhật Tân, phân luồng, bổ sung biển báo chỉ dẫn. Ngoài ra, cần nghiên cứu tổ chức giao thông ở những khu vực dân cư lân cận, điểm kết nối với các tuyến đường cao tốc như Nội Bài - Lào Cai, Hà Nội - Thái Nguyên… Những nút giao giữa đường dẫn cầu Nhật Tân với các tuyến đường nội đô như nút Bưởi, Xuân La, Cầu Giấy, trục đường Âu Cơ, Nghi Tàm... cần nghiên cứu, tổ chức lại giao thông để hạn chế thấp nhất khả năng xảy ra ùn tắc. Trước mắt, sẽ tiến hành phân luồng cho toàn bộ phương tiện xe tải từ khu vực đông bắc đi tây bắc theo đường 5 kéo dài, qua cầu Đông Trù, đi đường Nhật Tân - Nội Bài. Không cho các xe tải từ hướng này lưu thông qua cầu Thanh Trì vào vành đai 3 để giảm lưu lượng phương tiện đi vào thành phố. Tại những điểm giao cắt trên đường Võ Nguyên Giáp, cầu Nhật Tân, lực lượng cảnh sát giao thông và Thanh tra Giao thông vận tải ứng trực 24/24 giờ điều hành giao thông.
Chỉ đạo trên của lãnh đạo UBND thành phố là rất kịp thời, bảo đảm an toàn giao thông trên cụm công trình. Tuy nhiên, theo ý kiến của nhiều người dân, cầu Nhật Tân với thiết kế là cầu dây văng gồm năm trụ tháp tượng trưng cho năm cửa ô Hà Nội xưa; là một điểm nhấn kiến trúc của Thủ đô, một biểu tượng của tình hữu nghị giữa hai nước Việt Nam - Nhật Bản, cho nên ngoài việc khai thác cầu với tư cách một công trình giao thông, thành phố cần coi đây là điểm nhấn về du lịch. Vì thế, các cơ quan chức năng của thành phố ngoài việc nhắc nhở người dân cần chấp hành đúng Luật Giao thông đường bộ, cũng nên xem xét, bố trí một số khu vực nhất định để người dân có thể lên cầu tham quan, ngắm cảnh, đáp ứng nhu cầu chính đáng của nhân dân, phát huy hiệu quả đầu tư của công trình lớn.