Vườn quốc gia Ba Bể đã được Birdlife International (Tổ chức chim quốc tế) xác định là một vùng chim quan trọng và đa dạng sinh học trọng yếu đối với một số loài bị đe dọa ở cấp độ toàn cầu và có vùng phân bố hẹp. Vạc hoa chỉ phân bố trong các vùng địa sinh học Á nhiệt đới Trung Quốc- Hymalaya và rừng ẩm nhiệt đới Đông Dương. Tổ chức chim quốc tế đánh giá: “Vườn quốc gia Ba Bể là nơi phân bố của hơn 1% quần thể toàn cầu của loài Vạc hoa, ước tính trên thế giới hiện chỉ có khoảng 500 cá thể Vạc hoa còn tồn tại”. Ông Diễn cho biết thêm: “Việc phát hiện Vạc hoa tại Vườn quốc gia Ba Bể là điều đáng mừng”.
Vườn quốc gia Ba Bể còn là nơi phân bố của Cu ly lớn, Khỉ mặt đỏ, Gấu ngựa, Cầy vằn, Cá cóc bụng hoa, Rùa đất, Ba ba trơn là những loài bị đe dọa ở cấp toàn cầu. Vì thế, đây là nơi có các quần thể của một số loài động vật rất quan trọng trong việc duy trì tính đa dạng sinh học, đặc biệt đây là nơi duy nhất ở Việt Nam ghi nhận có một loài linh trưởng là Voọc đen má trắng.
