Trước hết là tình trạng ô nhiễm nước thải. Nước thải có từ nhiều nguồn như sinh hoạt của các chợ, điểm dân cư, nước thải từ việc nuôi cá, tôm mang tính công nghiệp, trong sản xuất kinh doanh tôm giống, chế biến thủy sản, chế biến thực phẩm, dịch vụ, giao thông vận tải và nước cải tạo ao đầm vụ trước...
Trong các nhóm này, nước thải từ chế biến thủy sản, sản xuất kinh doanh tôm, cá giống, nước thải cải tạo ao đầm sau khi nuôi, sau khi bị sự cố dịch bệnh, tôm, cá chết là rất nguy hại vì chứa nhiều mầm bệnh..., đang được thải trực tiếp ra môi trường sông rạch. Người dân nuôi tôm lấy nước vào cũng không xử lý an toàn trước khi thả giống, làm cho mầm bệnh lưu tồn, lan truyền. Các nguồn nước hiện nay không chỉ chứa mầm bệnh mà còn có cả dư lượng thuốc trừ sâu, kháng sinh trừ bệnh, hóa chất xử lý môi trường... rất bất lợi cho thủy sinh vật và tôm, cá nuôi. Ðây là vấn đề bức xúc nhất, cần phải được cả cộng đồng cùng quan tâm và kiên quyết xử lý thì mới có kết quả tốt. Giải pháp quy hoạch lại các làng bè ở quy mô hợp lý, dùng ao lắng và thay nước giới hạn sẽ rất cần thiết và hữu ích cho việc nuôi tôm, cá trong tình hình nguồn nước bị ô nhiễm hiện nay.
Sau đó là sự phát sinh độc hại từ các yếu tố lý, hóa học, đất, nước... do tác động cải tạo của con người. Các vùng đất đã chuyển đổi để nuôi tôm, cá ao phần lớn đều thuộc loại nhiễm phèn; tầng sinh phèn thường ở nông nên trong quá trình cải tạo, kiến thiết ao, ruộng nuôi, do vô tình hoặc cố ý mà nông dân đã tạo nên những xáo trộn nguy hiểm, đã đào sâu và đưa tầng sinh phèn lên bề mặt, tạo điều kiện cho nó tiếp xúc với không khí trở thành phèn hoạt động, làm cho hàm lượng sắt và cả nhôm hòa tan tăng cao. Các loại khí độc H2S, NH3... do xác thực vật, rong tảo bị phân hủy trong quá trình nuôi cũng phát triển gây độc hại cho các loài thủy sản.
Tình hình này thời gian qua rất nghiêm trọng do nông dân đồng loạt cải tạo ao đầm, kiến thiết bờ mương, đặc biệt là đưa vào áp dụng các công cụ cơ giới như máy bơm bùn, máy khoan đất... là những công cụ mới làm đất có năng suất rất cao, nhưng người sử dụng chưa được trang bị kiến thức tốt. Với lực lượng máy khoan đất, bơm bùn hùng hậu và trong tình trạng bơm đổ trực tiếp ra sông, kinh rạch bất kể mùa vụ như hiện nay, thì chỉ riêng nước bùn thôi cũng đủ làm hại cho mọi loài thủy sản. Nếu các địa phương không chấn chỉnh, kiểm soát nơi đổ bùn sao cho có chỗ, có nơi, không xử lý tốt những vi phạm thì hậu quả sẽ rất lớn. Các lòng sông, kinh rạch, sẽ bị bồi lắng, nước bùn sẽ tiếp tục gây bất lợi cho nuôi trồng thủy sản. Theo chúng tôi, cần có những quy định chặt chẽ và biện pháp chế tài nghiêm khắc mới mong cải thiện được tình hình.
Mặc dù thường xuyên có những khuyến cáo, ngăn cấm, nhưng tình trạng nông dân lạm dụng nông dược, thuốc kháng sinh, hóa chất, phân bón... quá mức cần thiết, dẫn đến những hậu quả ô nhiễm các nguồn nước ngay trong ao đầm. Sau đó bơm xả ra làm ô nhiễm lan tỏa sông rạch, như thế, việc tồn lưu ngay trên nguyên liệu là hoàn toàn có thể xảy ra, sẽ ảnh hưởng đến chất lượng sản phẩm...
Hiện nay, vấn đề này vẫn còn nan giải đối với việc quản lý môi trường nuôi trồng thủy sản ở nhiều nơi, nếu không kiên quyết ngăn chặn, đặc biệt là các hóa chất kháng sinh, thuốc BVTV đã bị cấm sử dụng thì hậu quả sẽ không nhỏ. Việc tăng cường giáo dục, tập huấn nâng cao nhận thức, hướng dẫn kỹ thuật cho người nuôi và người kinh doanh dịch vụ trong giai đoạn này là rất cần thiết. Công tác giám sát, kiểm tra vi phạm trong kinh doanh dịch vụ cũng cần phải được tiến hành thường xuyên và xử lý nghiêm khắc triệt để hơn nữa.
Ngoài ra, trong quy hoạch, chuyển đổi, tổ chức các loại hình kinh doanh nuôi trồng của các tỉnh vừa qua có những vùng không phù hợp cho con tôm, con cá, như đất quá gò, đất không giữ được nước, nơi nguồn nước ô nhiễm cao, nước nhiễm phèn, khó cải tạo... nhưng nông dân cố đeo đuổi cải tạo một cách gò ép để nuôi đã tác động mạnh mẽ vào các yếu tố đất, nước làm cho môi trường bị biến đổi theo xu thế bất lợi như tăng độ mặn, tăng nhiệt độ, PH luôn dao động và các thông số môi trường khác thường xuyên biến đổi..., tác động xấu đến thủy sinh vật, góp phần gây nên hiện tượng tôm, cá chết trên diện rộng. Nhiều vùng chuyển dịch đã mất luôn khả năng làm một vụ lúa để thanh lọc môi trường. Vấn đề này rất cần được rà soát, nghiên cứu đánh giá và đề ra giải pháp khắc phục sớm để nông dân yên tâm đầu tư, ổn định sản xuất hoặc trồng lúa, màu, cây công nghiệp, v.v.
Các vấn đề trên có liên quan trực tiếp các yếu tố môi trường nuôi trồng thủy sản trong các vùng chuyển dịch thời gian qua, và hiện nay không chỉ tác động trực tiếp tại đồng ruộng, mà còn theo thủy triều chảy ra biển, phát tán đến nhiều nơi và có nguy cơ ảnh hưởng không nhỏ đến các nguồn lợi thủy sản ven bờ và nghề nuôi trồng thủy sản trong nội địa trên toàn khu vực.
Ðã đến lúc cơ quan quản lý môi trường, các địa phương trong vùng cần nghiêm khắc xử lý các cơ sở, cá nhân gây ô nhiễm môi trường nước; tổ chức quan trắc thật tốt nhằm đánh giá kịp thời các yếu tố môi trường để thông báo cho nhân dân. Cần tăng cường công tác, tuyên truyền, giáo dục nâng cao nhận thức cho toàn dân cùng tham gia bảo vệ tốt môi trường nước nuôi trồng thủy sản. Ðây là vấn đề sống còn và là yếu tố "cần" rất quan trọng nhằm bảo đảm cho sự phát triển bền vững của nghề nuôi thủy sản ở đồng bằng sông Cửu Long.
