Dự án đầu tư cải tạo, nâng cấp đường xuyên đảo Hải Phòng – Cát Hải – Cát Bà (gọi tắt là đường xuyên đảo) được giao cho Sở Giao thông – Công chính Hải Phòng làm chủ đầu tư; Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình cảng và khu neo đậu tàu đảo Bạch Long Vĩ trực tiếp quản lý, điều hành dự án, chia thành hai giai đoạn.
Giai đoạn 1 có tổng mức đầu tư 51 tỷ 433 triệu đồng bằng vốn ngân sách (khởi công ngày 11-11-1999, hoàn thành ngày 1-1-2003), cải tạo 30,73 km nối từ bán đảo Đình Vũ ra đảo Cát Hải và đảo Cát Bà. Giai đoạn 2 mức đầu tư hơn 18,2 tỷ đồng cũng từ nguồn ngân sách, cải tạo tiếp hơn 4 km nối từ đường xuyên đảo tới Vườn quốc gia Cát Bà nhằm tạo thành mạng lưới giao thông liên hoàn, thuận tiện giao thông và phục vụ khách du lịch (khởi công ngày 27-7-2004 đến ngày 24-5-2005).
Tại Quyết định 574/QĐ-UB ngày 6-4-1999, Chủ tịch UBND thành phố Hải Phòng đã phê duyệt tổng dự toán giai đoạn 1 gần 31,5 tỷ đồng. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, do thay đổi về các quyết định đầu tư, chủ đầu tư đã lập lại tổng dự toán lên hơn 51,4 tỷ đồng. Giai đoạn 2 được phê duyệt tổng dự toán hơn 17,9 tỷ đồng, chủ đầu tư cũng lập lại tổng dự toán điều chỉnh lên 18,2 tỷ đồng.
Đây là dự án lớn, song việc thẩm định, trình duyệt thiếu sự đồng bộ, khiến cho dự án bị kéo dài trong nhiều năm, nguồn vốn bố trí không phù hợp nên đến nay vẫn chưa có vốn để thanh toán dứt điểm. Việc điều chỉnh nhiều lần đã ảnh hưởng không nhỏ đến tiến độ dự án, làm lãng phí vốn đầu tư, tăng giá trị công trình. Do có chủ trương thay đổi về quy mô, chủ đầu tư đã yêu cầu đơn vị khảo sát thiết kế là Trung tâm kỹ thuật các công trình đặc biệt (Bộ Quốc phòng) điều chỉnh thiết kế lại và được chủ đầu tư phê duyệt.
Nhưng khi thực hiện, đơn vị thi công đã phát hiện tại lý trình K9 đến K11, hồ sơ thiết kế bị vẽ ngược so thực tế địa hình; tại K16 đến K 16+500 phải điều chỉnh độ dốc dọc, dịch tim tuyến dẫn đến việc phải khảo sát bổ sung, làm ảnh hưởng tiến độ. Trong quá trình triển khai thi công xây dựng các gói thầu 01, 2A, 03, tuy đã có chủ trương thay đổi quy mô, chế độ của dự án (giá trị các gói thầu này đều lớn hơn một tỷ đồng), nhưng các ban ngành, chủ đầu tư, BQL dự án không xin ý kiến Bộ Kế hoạch - Đầu tư xem xét cho chỉ định thầu, không áp dụng hình thức mua sắm trực tiếp, không yêu cầu nhà thầu lập dự toán thi công để trình duyệt làm cơ sở để nghiệm thu và thanh, quyết toán công trình.
Khi tiến hành lập hồ sơ mời thầu, một số gói thầu quy định công tác đào, đắp bằng máy, nhà thầu bỏ giá bằng giá thi công thủ công, hội đồng đấu thầu không chú ý về chi tiết định mức đơn giá này và không đề nghị nhà thầu điều chỉnh lại, làm ảnh hưởng kết quả đấu thầu và tăng giá trị công trình. Trong công tác thi công xây dựng, việc thanh quyết toán các gói thầu 01, 2B, 2A, 03 còn một số sai phạm về cước phí vận chuyển, sai khối lượng, quyết toán sai đơn giá…
Tại gói thầu 01 chiều dài 20,7 km từ bến phà Cái Viềng đến ngã ba Áng Sỏi trên đảo Cát Bà, cước phí vận chuyển ra đảo có giá trị hơn 134,5 triệu đồng, nhưng khi lập đơn giá vật liệu được nhân với hệ số đảo 1,2, được thanh toán hơn 160 triệu, trùng lắp giá trị cước phí vận chuyển.
Kiểm tra hiện trường từ K 19 đến K 20 + 700, đã phát hiện sai lệch về cao độ mặt đường giữa thực tế và hoàn công của nhà thầu do phá đá nền đường chưa đúng cao độ thiết kế. Khối lượng chưa phá đá nổ mìn nền đường gần 2.000 m3, giá trị gần 74,5 triệu đồng, tuy có đắp nền đường qua hồ cao hơn thiết kế để bảo đảm độ dốc với khối lượng hơn 800 m3, sau khi đối trừ vẫn còn “thừa ra” 33,7 triệu đồng…
Kiểm tra công tác hạch toán giá thành và thực hiện nghĩa vụ ngân sách, tại Ban quản lý dự án trên tài khoản nguồn vốn xây dựng cơ bản của đơn vị vẫn còn dư 21,7 triệu đồng ngân sách cấp cho các dự án trước chưa sử dụng hết, đơn vị không báo cáo Sở Tài chính chuyển kinh phí cho dự án saui mà vẫn để số dư tại quỹ từ năm 1996. Số tiền này phải thu hồi nộp ngân sách…
Như vậy, hầu hết các gói thầu thuộc dự án được thanh tra đều phát hiện có sai phạm, khuyết điểm. Công tác tư vấn, lập dự án, khảo sát thiết kế còn bất cập, kém chất lượng, thiếu đồng bộ, phải điều chỉnh, bổ sung nhiều lần; khối lượng các gói thầu có sự thay đổi lớn, việc tính toán khối lượng và lập dự toán không rõ ràng, chi tiết gây khó khăn trong mời thầu, xét thầu, chấm thầu, làm lãng phí, tăng giá trị công trình.
Chủ đầu tư, Ban quản lý dự án và hội đồng xét thầu buông lỏng trong việc đấu thầu, chỉ định thầu và chấm thầu, làm tăng giá trị quyết toán công trình. Thanh tra TP đã kiến nghị các đơn vị liên quan nghiêm túc kiểm điểm rút kinh nghiệm, xử lý trách nhiệm các tổ chức, cán bộ sai phạm; cân đối, cấp vốn thanh toán dứt điểm cho dự án. Xử lý sau thanh tra, các nhà thầu tư vấn và thi công, cụ thể là Xí nghiệp 7 (Công ty Xây dựng 319) phải nộp ngân sách 222 triệu đồng, Ban quản lý dự án nộp ngân sách 21,7 triệu đồng.