Theo đó, bên cạnh nhiều kết quả đạt được, Thanh tra Chính phủ đã chỉ ra nhiều khuyết điểm, thiếu sót, vi phạm khác nhau.
Trong đó, tại Bộ Giáo dục và Đào tạo, về công tác quản lý Nhà nước về sách giáo khoa, Bộ không cung cấp được bản mẫu sách giáo khoa được Bộ trưởng Giáo dục và Đào tạo phê duyệt để làm cơ sở đối chiếu sách giáo khoa hiện hành với bản thảo mẫu sách giáo khoa đã được phê duyệt, vi phạm các quy định trong Luật Thanh tra, Pháp lệnh về lưu trữ quốc gia, Luật Lưu trữ, thể hiện việc buông lỏng trong công tác lưu trữ. Khi biên soạn sách giáo khoa đã thiết kế một số bảng số liệu để trống cho nên học sinh có thể viết vào sách giáo khoa. Bộ Giáo dục và Đào tạo mới ban hành được ba văn bản, trong đó có nội dung hướng dẫn các cơ sở giáo dục phổ thông và giáo viên hướng dẫn học sinh sử dụng sách giáo khoa, nhắc nhở học sinh có ý thức giữ gìn, không được viết, vẽ vào sách giáo khoa, nhưng chưa ban hành được cơ chế, chính sách quy định về sử dụng lại sách giáo khoa, việc sử dụng lại sách giáo khoa mới đạt 35%....
Thanh tra Chính phủ nêu rõ: Quá trình điều chỉnh tăng giá sách lần ba, Bộ Giáo dục và Đào tạo chưa có giải pháp kiểm soát chặt chẽ để yêu cầu Nhà xuất bản phải thực hiện đầy đủ chỉ đạo của Bộ.
Tại một số đơn vị trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo, trong đó có Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam, về biên soạn sách giáo khoa, Thanh tra chính phủ cho biết, quá trình biên tập, thiết kế sách giáo khoa, Nhà xuất bản chưa tham mưu cho Bộ điều chỉnh thiết kế, biên tập sách giáo khoa để hạn chế việc học sinh viết vào sách giáo khoa. Việc lựa chọn nhà thầu cung cấp giấy in để sản xuất sách giáo khoa theo phương thức chào hàng cạnh tranh của Nhà xuất bản có nhiều điều bất thường, chưa bảo đảm công bằng, minh bạch và hiệu quả kinh tế.
Kết quả kiểm tra, xác minh tại Nhà xuất bản cho thấy, giai đoạn 2014 -2018, quá trình xây dựng giá thành in sách giáo khoa, hạch toán của Nhà xuất bản có sai sót dẫn đến gia đình học sinh phải mua sách giáo khoa bằng giá Nhà xuất bản đã đăng ký giá từ năm 2011, cao hơn giá sách giáo khoa phải đăng ký đúng giá, với số tiền khoảng hơn 85 tỷ đồng. Việc lựa chọn nhà thầu cung cấp giấy in, nhà thầu in, phát hành, kinh doanh sách giáo khoa còn một số thiếu sót, vi phạm dẫn đến giá sách giáo khoa đã được Nhà xuất bản đăng ký từ năm 2011 cao bất hợp lý.
Nhà xuất bản chưa thực hiện rà soát cơ cấu chi phí và giá thành, định mức, kế hoạch sản xuất kinh doanh, tỷ lệ chiết khấu của sách giáo khoa cao, chưa thực hiện tiết kiệm chi phí nhằm giảm giá thành sách giáo khoa, chưa thực hiện tái cấu trúc và nâng cao công tác quản trị doanh nghiệp.
Kết quả thanh tra tại chín đơn vị trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo về quản lý, triển khai, thực hiện một số dự án đào tạo cho thấy còn một số hạn chế, thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm.
Kết quả thanh tra của Thanh tra Chính phủ tại 5 bộ, 12 tỉnh về đội ngũ nhà giáo, biên chế sự nghiệp thuộc lĩnh vực giáo dục và đào tạo, thực hiện công khai đối với cơ sở giáo dục cũng cho thấy còn có hạn chế, thiếu sót, khuyết điểm.
Từ nội dung kết quả thanh tra, Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Giáo dục và Đào tạo nhiều nội dung công việc khác nhau. Trong đó, yêu cầu Hội đồng Quốc gia thẩm định sách giáo khoa khi thẩm định phải thực hiện nghiêm túc nội dung không tạo cơ hội cho học sinh viết, vẽ vào sách giáo khoa và để sách giáo khoa được sử dụng lâu dài, nhằm khắc phục, hạn chế tối đa việc học sinh viết, vẽ vào sách giáo khoa. Trước khi phê duyệt thông qua nội dung sách giáo khoa, yêu cầu các tổ chức, cá nhân biên soạn sách giáo khoa, thực hiện triệt để các ý kiến góp ý của Hội đồng quốc gia thẩm định sách giáo khoa mới đồng ý cho phát hành. Nghiên cứu, ban hành ngay cơ chế, chính sách quy định về sử dụng lại sách giáo khoa để hạn chế tối đa lãng phí cho gia đình học sinh và xã hội. Tổ chức thanh tra chuyên đề diện rộng, đồng thời thường xuyên đôn đốc, chỉ đạo các Sở Giáo dục và Đào tạo, Phòng Giáo dục và Đào tạo thanh tra, kiểm tra việc lựa chọn tài liệu tham khảo của cơ sở giáo dục phổ thông trên phạm vi cả nước. Chỉ đạo nhà xuất bản thực hiện đúng, nghiêm túc các nội dung kiến nghị nêu tại kết luận thanh tra.
Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam cần thực hiện nhiều nội dung công việc khác nhau, trong đó nghiên cứu, phân tích, tính toán đồng thời làm việc với các đối tác để xác định, thống nhất giảm tỷ lệ chiết khấu, ban hành văn bản về tỷ lệ, điều kiện hưởng chiết khấu hằng năm để áp dụng giảm trừ giá bán khi ký kết hợp đồng mua bán sách giáo khoa, tiết kiệm chi phí, giảm giá thành sách giáo khoa.
Đối với 9 đơn vị trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo, cần chấn chỉnh công tác quản lý, triển khai thực hiện dự án đầu tư cho giáo dục, đào tạo. Chủ đầu tư các dự án tổ chức rà soát lại hồ sơ các gói thầu; kiểm tra, kiểm toán, căn cứ khối lượng thi công thực tế, kết quả thanh tra cụ thể đối với từng gói thầu, xác định lại giá trị công trình trước khi trình cấp có thẩm quyền phê duyệt quyết toán. Chủ đầu tư các dự án có văn bản yêu cầu các đơn vị tư vấn thiết kế, tư vấn thẩm tra thiết kế dự toán, tư vấn đấu thầu, tư vấn giám sát, tư vấn quản lý dự án, đơn vị được ủy thác quản lý dự án kiểm điểm trách nhiệm đối với tập thể và cá nhân liên quan đến thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm được nêu trong kết luận thanh tra và phải chịu trách nhiệm đền bù thiệt hại (nếu có) theo quy định của pháp luật.
Về xử lý hành chính, đối với Bộ Giáo dục và Đào tạo, Thanh tra Chính phủ kiến nghị kiểm điểm trách nhiệm và có hình thức xử lý nghiêm trách nhiệm theo quy định của pháp luật đối với Bộ trưởng, lãnh đạo Bộ được phân công phụ trách theo từng thời kỳ. Tổ chức kiểm điểm, xử lý nghiêm trách nhiệm theo quy định của pháp luật đối với đơn vị, người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu đơn vị thuộc Bộ theo từng thời kỳ có liên quan những thiếu sót, khuyết điểm vi phạm thuộc trách nhiệm của đơn vị đã nêu trong kết luận thanh tra. Chấn chỉnh công tác quản lý, có giải pháp khắc phục ngay những hạn chế, thiếu sót, khuyết điểm đã được chỉ ra sau thanh tra.
Đáng chú ý, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ cho chuyển thông tin 2 nội dung sang Bộ Công an để xem xét xử lý theo quy định, cụ thể: Nội dung hướng dẫn sử dụng sách bài tập, sách tham khảo có dấu hiệu “lợi ích nhóm” giữa Bộ Giáo dục và Đào tạo là cơ quan quản lý nhà nước với Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam trong việc in ấn, phát hành sách bài tập; Nội dung lựa chọn nhà thầu cung cấp giấy in để sản xuất sách giáo khoa theo phương thức chào hàng cạnh tranh của Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam có nhiều điểm bất thường, chưa bảo đảm công bằng, minh bạch và hiệu quả kinh tế.
