Trên thực tế ở nhiều dân tộc thiểu số, phổ biến là hôn nhân giữa con cô - con cậu; con dì - con bác; con chú - con bác. Ở miền núi phía bắc và Tây Nguyên phổ biến nhất là hôn nhân con cô - con cậu, tức là hôn nhân giữa con của anh hoặc em trai với con của chị hoặc em gái.
Theo Phó Tổng cục trưởng Dân số - kế hoạch hóa gia đình (DS- KHHGĐ) Nguyễn Văn Tân, hiện tại một số dân tộc như Lô Lô, Hà Nhì, Phù Lá, Chứt, Ê Đê, Chu Ru... và nhất là các dân tộc Si La (Điện Biên, Lai Châu), Lô Lô, Pu Péo (Hà Giang), Mông Xanh (Lào Cai), Rơ Mân, Brâu (Kon Tum) cứ 100 trường hợp kết hôn thì có khoảng 10 trường hợp hôn nhân cận huyết thống. Phần lớn trong số họ chưa từng nghe nói đến Luật Hôn nhân và Gia đình. Nhiều người lấy nhau không đăng ký kết hôn, hoặc khi đến UBND xã làm thủ tục đăng ký kết hôn, chỉ điền vào tờ khai theo mẫu in sẵn, mỗi người lại mang một họ khác nhau nên chính quyền xã cũng không thể biết họ có quan hệ họ hàng gần gũi.
Y học đã chứng minh tác hại của những cặp hôn nhân cận huyết thống, trong đó những cặp vợ chồng khỏe mạnh lại sinh con dị dạng hoặc mang bệnh di truyền như mù mầu (không phân biệt được mầu đỏ và mầu xanh), bạch tạng, da vảy cá... Mỗi người có khoảng 500 đến 600 nghìn gien, các gien lặn tuy chưa gây bệnh, nhưng vẫn tồn tại, được di truyền từ đời này sang đời khác và hôn nhân cận huyết thống là cơ hội để các gien lặn bệnh lý này tổ hợp lại và gây bệnh. Hôn nhân cận huyết thống là cơ sở cho những gien lặn bệnh lý tương đồng ở những ông bố, bà mẹ kết hợp với nhau sẽ phát triển mạnh và kết quả là sinh ra những đứa con bệnh tật hoặc dị dạng di truyền.
Tảo hôn và hôn nhân cận huyết thống là tập tục thường diễn ra ở vùng cao, vùng xa, tập trung chủ yếu ở miền núi Tây Bắc, Tây Nguyên và Tây Nam Bộ. Theo nghiên cứu của Trường đại học Y Hà Nội, những đứa trẻ sinh ra ở cặp vợ chồng có hôn nhân cận huyết thống rất dễ mắc các bệnh di truyền do sự ảnh hưởng của môi trường đối với sự kết hợp của gien lặn mang bệnh. Các bệnh thường gặp như: Hồng cầu hình liềm, rối loạn chuyển hóa, thiếu enzim G6PD, tan máu bẩm sinh (thalassemia), trẻ bị biến dạng xương mặt, bụng phình to, có thể dẫn đến tử vong...
Năm 2012, Tổng cục Dân số đã thực hiện khảo sát tình trạng hôn nhân cận huyết thống ở 44 xã của chín huyện thuộc tỉnh Lào Cai và đã phát hiện 224 cặp kết hôn cận huyết thống. Trong đó, có 221 cặp là con bác lấy con dì; con chị gái lấy con em trai, cháu lấy dì, chú lấy cháu. Khảo sát trên cũng cho biết một số kết quả đáng báo động: 224 cặp này đã sinh ra 558 trẻ, trong đó có 51 trẻ không bình thường. Từ bẩm sinh chúng đã mắc các bệnh như: Bạch tạng, thiểu năng trí tuệ, liệt, câm, lông mi trắng, mù lòa... và có tám trẻ đã chết.
Tại tỉnh Hà Giang, tất cả 11 huyện, thành phố với tổng số 476 thôn của 115 trong tổng số 195 xã, phường, thị trấn đang xảy ra tình trạng hôn nhân cận huyết thống. Riêng tại thị trấn Mèo Vạc, cứ 50 hộ thì có tám trường hợp kết hôn con cô, con cậu. Tại huyện Mộc Châu (Sơn La), dù có giảm so với năm 2012, nhưng năm 2013, toàn huyện vẫn còn có 112 cặp tảo hôn, bảy cặp kết hôn cận huyết thống... Đứng trước thực trạng trên, với mục tiêu chăm sóc sức khỏe người dân, nâng cao chất lượng dân số, Bộ Y tế đã trình Chính phủ phê duyệt Đề án tổng thể nâng cao chất lượng dân số Việt Nam.
Từ năm 2009, Tổng cục DS-KHHGĐ đã triển khai mô hình can thiệp làm giảm tình trạng tảo hôn và kết hôn cận huyết thống tại 25 tỉnh, 362 xã (tính đến 2013) có đồng bào dân tộc thiểu số sinh sống và kết hôn cận huyết thống. Mô hình đã đạt được nhiều kết quả khả quan, góp phần nâng cao kiến thức và kỹ năng thực hành về phòng ngừa tảo hôn, hôn nhân cận huyết thống thông qua tư vấn và khám sức khỏe cho vị thành niên, thanh niên, nam, nữ chuẩn bị kết hôn nhằm giảm tỷ lệ trẻ em sinh ra bị khuyết tật, dị tật, góp phần cải thiện, nâng cao chất lượng giống nòi.