Trong hơn 10 năm gần đây, nhất là từ khi Quỹ đi vào hoạt động, số lượng công trình công bố quốc tế của các nhà khoa học Việt Nam tăng trung bình hơn 20% mỗi năm. Cùng với đó, đội ngũ các nhà khoa học chủ trì công trình nghiên cứu, tác giả chính của các bài báo khoa học ngày càng phát triển.
Trong chương trình nghiên cứu cơ bản do Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ quốc gia tài trợ, trung bình mỗi đề tài có đào tạo một nghiên cứu sinh gắn với công bố quốc tế uy tín, góp phần quan trọng đưa công tác đào tạo nhân lực trình độ cao của Việt Nam đi vào thực chất, hội nhập với thế giới.
Với sự đầu tư đúng hướng của Nhà nước, sự tài trợ công khai minh bạch của Quỹ, các nhà khoa học cơ bản có trình độ có thể yên tâm theo đuổi các đề tài nghiên cứu mang tầm quốc tế, từng bước tạo lập được môi trường học thuật mạnh trong nước, đồng thời thu hút nhiều nhà khoa học trẻ được đào tạo ở nước ngoài về nước tiếp tục phát triển các hướng nghiên cứu tiên phong, hình thành được các tập thể khoa học mạnh, có trình độ quốc tế.
Tuy nhiên, vướng mắc lớn nhất hiện nay liên quan đến hoạt động của Quỹ là cơ chế quản lý kinh phí cấp cho Quỹ. Theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước, Nghị định 19/2021/NĐ-CP, Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ quốc gia không thể hoạt động theo cơ chế quỹ, mà phải chuyển sang mô hình đơn vị sự nghiệp công lập, với kinh phí hoạt động quản lý phải chuyển sang cơ chế lập kế hoạch và giao dự toán hằng năm.
Điều đó đồng nghĩa với việc phải xây dựng và phê duyệt các nhiệm vụ nghiên cứu trước tháng 6 hằng năm để tổng hợp, đề xuất trong kế hoạch dự toán năm sau. Do đó, tiến độ cấp kinh phí cho Quỹ hằng năm chậm đáng kể, giảm tính đồng bộ và linh hoạt trong cơ chế quản lý tài chính. Nhiều nhiệm vụ nghiên cứu hoặc các hoạt động trao đổi học thuật trong giới khoa học giảm tính thời sự khi được cấp kinh phí triển khai.
Theo các nhà khoa học, cơ chế cấp kinh phí theo dự toán hiện nay chưa đúng bản chất của một quỹ khoa học. Thực tiễn cho thấy, không thể lên kế hoạch chi tiết hằng năm cho việc cấp kinh phí cho các đề tài vì việc này phụ thuộc vào các yếu tố không thể tiên lượng như số lượng hồ sơ đăng ký cũng như tiến độ thực hiện các đề tài. Các đề tài nghiên cứu phải được thực hiện thường xuyên, không thể chờ việc duyệt và cấp kinh phí hằng năm như ở các cơ quan hành chính sự nghiệp.
Đại diện Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ quốc gia cho biết, thời gian tới sẽ tiếp tục triển khai các chương trình tài trợ, hỗ trợ nghiên cứu khoa học theo thông lệ quốc tế, trong đó ưu tiên tài trợ nghiên cứu cơ bản, ưu tiên hỗ trợ nhà khoa học trẻ để tiếp tục thúc đẩy phát triển nguồn nhân lực nghiên cứu khoa học, công nghệ trình độ cao, hình thành các nhóm nghiên cứu mạnh, xuất sắc; gia tăng tài trợ nghiên cứu ứng dụng để thúc đẩy tăng bằng độc quyền sáng chế và giống cây trồng của Việt Nam; khuyến khích mạnh các hoạt động hợp tác quốc tế trong nghiên cứu khoa học; đẩy mạnh kết nối nhà khoa học ở hệ thống viện nghiên cứu, trường đại học với các doanh nghiệp.
Để thực hiện hiệu quả các nhiệm vụ quan trọng này, cần bảo đảm vận hành Quỹ đúng theo mô hình thiết kế ban đầu là một cơ quan tài trợ nghiên cứu phổ biến tại các quốc gia phát triển, với phương thức đánh giá khoa học và quản lý theo thông lệ quốc tế thông qua cơ chế tài chính đặc thù, phù hợp với hoạt động nghiên cứu khoa học, công nghệ.
Nhiều nhà khoa học cho rằng, để tránh tình trạng nhà khoa học chờ kinh phí thì kế hoạch tài chính của Quỹ cần được xây dựng và phê duyệt dựa trên quy mô hỗ trợ nghiên cứu theo đúng mô hình của các quỹ khoa học; các cơ quan chức năng cần sớm xây dựng quy chế tài chính cho Quỹ phù hợp với đặc thù nghiên cứu khoa học.