Trong hai tháng (tháng 4, 5-2012) với gần 400 m2 thám sát, khai quật và trong diện tích phát quang khảo sát trên 1.000 m2 tại khu vực núi Phương Nhi, các nhà khảo cổ học đã thu được hàng trăm di vật từ thời Lý đến thời Trần, Lê với nhiều chất liệu như đất nung, gốm sứ, đá, dây đồng, tiền đồng, cá chì.
Đáng chú ý, đã phát hiện phế tích kiến trúc hình lục giác có sáu cạnh (mỗi cạnh 6m), gồm năm cấp nền trên đỉnh núi Phương Nhi cao 95m so với mực nước biển.
Tiến sĩ Nguyễn Đình Chiến, Phó Giám đốc Bảo tàng Lịch sử quốc gia cho rằng: Đây có thể là một chân tháp xây dựng bằng việc tái sử dụng vật liệu thời Lý vì có sự góp mặt của khá nhiều trang trí kiến trúc dùng để xây tháp như gạch trang trí rồng, hoa lá, hoa cúc và các mảnh đấu kê đỉnh cột.
Một chi tiết rất đáng quan tâm so với các di tích thời Lý đã từng khai quật, đó là trên nhiều vật liệu và trang trí kiến trúc tìm thấy ở núi Phương Nhi đều được đánh dấu bằng nhiều kiểu ký hiệu, ký tự khác nhau.
Có ký tự chữ Hán như Đại, Lục, Thất, Chủ, Bính; có ký hiệu hình bánh xe, lá đề, chữ S ngược, tia sét hay như vòng tròn đồng tâm được in bằng khuôn. Theo tiến sĩ Chiến, những ký tự, ký hiệu này khá bí ẩn và cần tiếp tục nghiên cứu.
Ông Nguyễn Văn Thư, Giám đốc Bảo tàng tỉnh Nam Định cho biết: Di vật tìm thấy trên núi Phương Nhi có liên hệ chặt chẽ với quần thể di tích cấp quốc gia Bảo tháp Chương Sơn (nằm cách 1km), được xây dựng vào thời Lý đã được khai quật năm 1967, 1968.
Đây là cứ liệu quan trọng cho phép nhận diện về một quần thể di tích tôn giáo thời Lý rất quy mô trên địa bàn tỉnh Nam Định; bổ sung thêm tư liệu quý giá về các vấn đề liên quan đến Bảo tháp Chương Sơn phục vụ cho công tác nghiên cứu, trùng tu và tôn tạo quần thể di tích trong tương lai.
