Ông là một trong những vị tướng văn võ song toàn thời nhà Trần, lập nhiều chiến công lớn trong ba cuộc kháng chiến chống quân Nguyên - Mông ở thế kỷ 13. Vì bận nhiều công việc triều chính, lúc ở Tức Mạc, Thiên Trường, lúc lên Thăng Long nên việc cai quản ấp Ðộc Lập được ông giao cho vợ là công chúa Phụng Dương nắm giữ.
Ðộc Lập là vùng đất trũng rộng chừng 300 mẫu, mỗi năm chỉ cấy được một vụ lúa chiêm. Ðây là nơi có nhiều sông ngòi nhỏ, rất thuận tiện trong giao thông đường thủy, lại có bến Ðình có thể neo đậu được nhiều thuyền lớn... Sau khi trở thành Thái ấp, Trần Quang Khải lập khu phủ Ðệ, xây dựng các công trình lớn có tường cao, hào sâu bảo vệ. Quanh các gò đống là nhà ở của binh lính, gia nô cùng các xưởng rèn, xưởng mộc, làm gốm, nung gạch, nung vôi... Trên cánh đồng người dân trồng bông, nuôi tằm, dệt vải. Tại đây còn có nhiều giếng nước ăn của vương phủ, binh lính và dân chúng.
Từ sau hội nghị Bình Than (1282), nhà Trần ráo riết chuẩn bị đối phó với cuộc xâm lược lần thứ hai của quân Nguyên - Mông. Phủ Thiên Trường là một trong số các căn cứ chiến lược, trong đó Thái ấp Ðộc Lập (chỉ cách phủ Thiên Trường khoảng 15 km về phía tây-nam, lại gần đường từ Thiên Trường lên Thăng Long) có tầm quan trọng đặc biệt. Về đường thủy, từ Thái ấp Ðộc Lập đi theo sông Vị Hoàng, sông Ðáy, sông Vân sẽ đến được Trường Yên (Hoa Lư), theo sông Châu, sông Hồng lên được Thăng Long, theo sông Vĩnh về được hành cung Thiên Trường... Quân nhà Trần còn lập các trạm gác đường thủy tại bến Than, bến Miễu, bến Viện..., các trạm đường bộ tại các vùng lân cận... Ngoài ra còn tích trữ lương thảo, chiêu tập dân binh, rèn thêm đao kiếm, mặt khác Trần Quang Khải còn thực hiện chính sách "Ngụ binh ư nông" (lúc thái bình là cơ sở kinh tế, lúc chiến tranh thành nơi cung cấp sức người, sức của), đồng thời chuẩn bị tinh thần "vườn không nhà trống" phòng khi quân giặc tràn vào.
Người có công lớn trong việc xây dựng cứ điểm Ðộc Lập chính là công chúa Phụng Dương. Bà sinh năm Giáp Thìn (1244) sau khi được cha là Thái sư Trần Thủ Ðộ và mẹ là Tuệ Chân tác thành với Trần Quang Khải, bà một lòng một dạ chung thủy với chồng, chăm sóc cha mẹ, nuôi dạy con cái... để Thái sư chuyên tâm lo việc nước. Bà là một phụ nữ đảm đang quán xuyến mọi công việc trong Thái ấp như trồng cấy, chăn nuôi, dệt vải, may quần áo cho binh sĩ... Trong Thái ấp ai làm được điều tốt bà đều khen ngợi, ai có sai trái bà nhẹ nhàng khuyên bảo, nhưng trong nội tộc ai không có tài thì "thà cho tiền bạc chứ không giao trọng trách". Có một câu chuyện về lòng dũng cảm của bà mà sử sách còn nhắc mãi: Ðó là vào mùa đông năm Giáp Thân (1284) quân Nguyên - Mông sang cướp nước ta, thế giặc rất mạnh, Thái sư Trần Quang Khải phải xuống thuyền lánh giặc. Nửa đêm nọ có một chiếc thuyền bị bốc cháy, công chúa Phụng Dương tưởng là giặc đến, bà liền khẽ đánh thức Thái sư dậy, đưa cho ông chiếc mộc rồi lấy thân mình che chở cho Thái sư.
Tháng 3 năm 1295, quân Nguyên - Mông vào Thiên Trường, nhưng mấy lần chúng không tới được căn cứ Ðộc Lập vì khu vực này được canh phòng cẩn mật. Mặt khác, sông ngòi ở đây nhỏ, thuyền lớn của giặc khó vào. Ðây cũng là vùng đầm lầy, nên ngựa của chúng không thể cất vó... Rồi cũng từ căn cứ Ðộc Lập, phối hợp với các mũi tiến công khác, nhà Trần đã đánh đuổi được quân Nguyên - Mông ra khỏi bờ cõi nước ta vào tháng 5-1285.
Khi tuổi đã cao, công chúa Phụng Dương đem hết tài sản của mình chia cho anh em nội tộc, nhiều gia nô được cấp ruộng đất cày cấy... Bà còn tiến cúng một số tiền lớn để xây chùa Ðộc Lập, ngôi chùa này còn mãi tới ngày nay. Bà mất ngày 22 tháng 3 năm Tân Mão (22-4-1291). Thi thể của bà được Thái sư an táng ngay tại nơi bà đã gắn bó cả đời mình. Khu mộ của bà bây giờ to đẹp, được dân làng hương khói quanh năm. Tại đây còn có đình Cao Ðài (khu di tích - lịch sử được Nhà nước xếp hạng) thờ Thái sư Trần Quang Khải, công chúa Phụng Dương và năm vị thần khác. Nhưng quý nhất tại khu di tích này là tấm bia, lập từ năm 1293, ghi công đức của công chúa Phụng Dương. Lời trong văn bia được chính Thái sư Trần Quang Khải và Thái bảo Lê Củng Viên biên soạn.
Hằng năm, cứ vào ngày giỗ công chúa Phụng Dương (22 tháng 3 âm lịch) và ngày giỗ của Thượng tướng Thái sư Trần Quang Khải (3 tháng 7 âm lịch) nhân dân khắp nơi nô nức về khu di tích Cao Ðài thắp hương tưởng nhớ người xưa có công với nước, với dân. Về đây, mọi người còn được xem diễn lại tích trò "thuyền chài bắt giặc Ngô" nhằm khích lệ tinh thần yêu nước cho con cháu.