Theo Hướng dẫn, thí sinh là học sinh lớp 12 năm học 2012 - 2013 phải đăng ký dự thi tại trường phổ thông nơi học lớp 12, không được đăng ký dự thi ở cơ sở giáo dục khác. Học sinh lớp 12 năm học 2012 - 2013 hệ giáo dục THPT không được đăng ký dự thi tốt nghiệp THPT năm 2013 theo chương trình giáo dục thường xuyên.
Khác với các năm trước, năm nay, tại kỳ thi tốt nghiệp THPT, các địa phương sẽ không tổ chức Hội đồng coi thi riêng cho hệ GDTX mà ghép GDTX với giáo dục THPT trong cùng một hội đồng thi nhưng có phòng thi riêng.
Thí sinh tự do đăng ký dự thi tại trường phổ thông trên địa bàn quận, huyện, thị xã, thành phố trực thuộc tỉnh nơi cư trú (theo xác nhận về cư trú của UBND cấp xã) hoặc tại trường phổ thông nơi học lớp 12.
Bộ GD-ĐT yêu cầu các cơ sở giáo dục cần hướng dẫn cụ thể việc đăng ký dự thi và có những biện pháp tích cực giúp thí sinh có đủ các loại giấy chứng nhận để được hưởng cộng điểm khuyến khích và chế độ ưu tiên (nếu có); tuyệt đối không tiếp nhận hồ sơ không hợp lệ.
Ngày 7-5-2013 là hạn cuối đăng ký dự thi cũng là thời hạn để các trường kiểm tra toàn bộ hồ sơ đăng ký dự thi và các hồ sơ có liên quan đến kỳ thi, xem xét điều kiện dự thi của từng thí sinh, xác nhận tư cách thí sinh, quyết định không cho thí sinh dự thi nếu không đủ điều kiện và hồ sơ hợp lệ và thông báo trực tiếp cho thí sinh.
Kỳ thi tốt nghiệp THPT năm nay với 6 môn thi sẽ diễn ra trong 3 ngày, từ 2 đến 4-6-2013.