Theo Sở Giao thông vận tải (GTVT) TP Hồ Chí Minh, thực hiện Quyết định số 688/QĐ-UBND ngày 2-3-2021 của UBND thành phố Hồ Chí Minh về triển khai Nghị quyết số 10/2020/NQ-HĐND ngày 9-12-2020 của HĐND thành phố Hồ Chí Minh về ban hành mức thu phí sử dụng công trình kết cấu hạ tầng, công trình dịch vụ tiện ích công cộng trong khu vực cửa khẩu cảng biển trên địa bàn TP Hồ Chí Minh (gọi tắt là phí hạ tầng cảng biển), việc thu phí hạ tầng cảng biển do Cảng vụ đường thủy nội địa (đơn vị trực thuộc Sở GTVT) thực hiện. Sở GTVT, Cục Hải quan thành phố và doanh nghiệp quản lý bến cảng phối hợp tổ chức thu và kiểm tra, giám sát việc nộp phí. Thời gian thu phí từ ngày 1-7-2021.
Theo quy định, đối tượng nộp phí là tổ chức, cá nhân kinh doanh hàng hóa tạm nhập - tái xuất, hàng chuyển khẩu, hàng gửi kho ngoại quan, hàng quá cảnh sử dụng công trình kết cấu hạ tầng khu vực cửa khẩu cảng biển TP Hồ Chí Minh; tổ chức, cá nhân kinh doanh hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu sử dụng công trình kết cấu hạ tầng khu vực cửa khẩu cảng biển TP Hồ Chí Minh (bao gồm tổ chức, cá nhân mở tờ khai hải quan tại thành phố và ngoài thành phố). Phạm vi áp dụng thu phí là cảng biển trên địa bàn TP Hồ Chí Minh; mức phí thấp nhất là 15.000 đồng/ tấn và cao nhất 4,4 triệu đồng/công-ten-nơ 40 feet. Thành phố áp dụng miễn thu phí đối với hàng hóa nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng; hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để phục vụ an sinh xã hội, khắc phục hậu quả thiên tai, thảm họa, dịch bệnh. Theo ông Trần Quang Lâm, Giám đốc Sở GTVT TP Hồ Chí Minh: Thành phố triển khai thu phí sử dụng công trình kết cấu hạ tầng, công trình dịch vụ tiện ích công cộng trong khu vực cửa khẩu cảng biển là để đầu tư, nâng cấp hạ tầng giao thông, giảm ùn tắc, tai nạn giao thông; tăng năng lực vận chuyển hàng hóa góp phần phát triển kinh tế thành phố. Nguồn thu phí sẽ được sử dụng có hiệu quả, tiết kiệm, toàn bộ số tiền thu được sẽ nộp vào ngân sách, số tiền trích lại cho đơn vị tổ chức thu phí tối đa không quá 1,5%. Cũng theo Sở GTVT, sản lượng hàng hóa thông qua cảng biển tại TP Hồ Chí Minh năm 2019 đạt khoảng 170 triệu tấn, chiếm hơn 25% tổng số 600 triệu tấn của cả nước xuất qua cảng, dự kiến thành phố thu hơn 3.000 tỷ đồng/năm từ phí hạ tầng cảng biển.
Giám đốc Cảng vụ đường thủy nội địa thành phố Nguyễn Ngọc Tuấn cho hay, hình thức thanh toán để nộp phí là qua hệ thống thanh toán điện tử 24/7 của các ngân hàng thương mại hoặc các ví điện tử được Nhà nước cấp phép theo quy định của pháp luật. Ứng dụng thanh toán bao gồm các ứng dụng di động, ứng dụng web và các ứng dụng khác tại trụ sở giao dịch của các ngân hàng thương mại. Quy trình thu phí hoàn toàn tự động, sử dụng công nghệ thông tin để khai nộp phí dựa trên cơ sở dữ liệu (dữ liệu hàng hóa đã được khai báo trên cổng thông tin của cơ quan Hải quan) được chia sẻ từ Tổng cục Hải quan. Hoạt động thu phí được thực hiện công khai, minh bạch, nhanh chóng, không làm ảnh hưởng đến thời gian thông quan hàng hóa của doanh nghiệp.