Trong nhiều năm qua, tiến sĩ Phạm Huy Thông đã tích cực tuyên truyền, vận động các chính sách của Đảng, Nhà nước đến đồng bào Công giáo. Với vai trò là Phó Chủ tịch Ủy ban Đoàn kết Công giáo thành phố, ông tham gia giám sát Ủy ban Đoàn kết Công giáo các quận, huyện trên địa bàn thực hiện các phong trào, các cuộc vận động đối với người theo đạo. Ông được nhiều người ví là chiếc "cầu nối" giữa đồng bào lương - giáo. Từ năm 2000 đến nay, ông đã tư vấn Hội đồng Giám mục Việt Nam, phối hợp Ủy ban Đoàn kết Công giáo Việt Nam, Viện Nghiên cứu Tôn giáo cùng các trường đại học, viện nghiên cứu để tổ chức các cuộc hội thảo về lịch sử Thiên chúa giáo ở Việt Nam, về người Công giáo ở Việt Nam với sự tham gia của nhiều nhà khoa học, giám mục, linh mục... Tiến sĩ Phạm Huy Thông đã viết hàng trăm bài nghiên cứu, tác phẩm báo chí về đề tài Công giáo đăng tải trên các báo, tạp chí. Nhiều nét văn hóa của đồng bào Công giáo, nhiều tấm gương trong các lĩnh vực kinh tế, giáo dục, nhân đạo của đồng bào Công giáo được truyền tải tới cộng đồng. Nổi bật nhất là hai cuốn sách: "Chủ tịch Hồ Chí Minh với đồng bào Công giáo Việt Nam" (NXB Chính trị quốc gia, 2004) và "Ảnh hưởng qua lại giữa đạo Công giáo và văn hóa Việt Nam" (NXB Tôn giáo, 2012). Trong tác phẩm "Chủ tịch Hồ Chí Minh với đồng bào Công giáo Việt Nam", tiến sĩ Phạm Huy Thông đã dành nhiều thời gian tìm tòi các tài liệu về phát biểu, sắc lệnh, các văn bản của Chủ tịch Hồ Chí Minh về đạo Thiên chúa, những bức thư Người gửi cho chức sắc, đồng bào Công giáo... Ông cũng sưu tập nhiều tư liệu về tình cảm của đồng bào Công giáo với Chủ tịch Hồ Chí Minh. Cuốn sách chính là tập hợp tư tưởng của Chủ tịch Hồ Chí Minh đối với Công giáo, đó cũng là những bài học quý báu về thực hiện các chính sách tôn giáo trong bối cảnh xã hội hôm nay.
Những đóng góp quý báu của tiến sĩ Phạm Huy Thông đã góp phần giúp giới khoa học cũng như cộng đồng hiểu hơn về người Công giáo, ngược lại, những chức sắc, đồng bào Công giáo cũng có dịp hiểu hơn về các chính sách của Đảng, Nhà nước. Tiến sĩ Phạm Huy Thông cho biết, trong văn hóa Công giáo, năm 2016 là Năm Thánh của lòng bác ái. Bên cạnh việc thực hiện các chính sách của Đảng, Nhà nước, người Công giáo Thủ đô sẽ tập trung vào quan tâm, chăm sóc những người có hoàn cảnh khó khăn. Mặt khác, Ủy ban Đoàn kết Công giáo thành phố sẽ triển khai các nhiệm vụ thiết thực đối với đời sống nhân dân.
