Có ba bước chính trong quá trình giải quyết tranh chấp trong WTO: 1. Tham vấn giữa các bên; 2. Quá trình xét xử của Ban Hội thẩm hoặc Cơ quan Phúc thẩm; 3. Thực thi phán quyết trong đó có khả năng áp dụng biện pháp trả đũa trong trường hợp bên thua kiện không thực thi phán quyết.
Tham vấn
Mục tiêu ưu tiên của DSU là các thành viên liên quan giải quyết tranh chấp với nhau theo cách thức phù hợp với các hiệp định của WTO (Điều 3.7 của DSU). Do vậy, tham vấn song phương giữa các bên là giai đoạn giải quyết tranh chấp chính thức đầu tiên (Điều 4 của DSU). Các cuộc tham vấn song phương tạo cho các bên một cơ hội để thảo luận vấn đề và tìm ra một giải pháp thỏa đáng cho các bên mà không phải tranh tụng (Điều 4.5 của DSU).
Chỉ sau khi các cuộc tham vấn bắt buộc đó không đem lại được một giải pháp thỏa đáng cho các bên trong vòng 60 ngày thì bên khiếu kiện có thể đề nghị được xét xử thông qua Ban Hội thẩm (Điều 4.7 của DSU). Ngay cả khi các cuộc tham vấn thất bại, các bên vẫn luôn có khả năng, cơ hội tìm ra được một hình thức hòa giải với nhau ở bất kỳ bước nào trong quá trình giải quyết tranh chấp sau đó.
Đến nay, đa số các tranh chấp trong WTO vẫn chưa đi quá các cuộc tham vấn, một phần vì các bên tìm được giải pháp hòa giải thỏa đáng, hoặc vì bên khiếu kiện quyết định không theo đuổi vấn đề xa hơn nữa vì các lý do khác.
Đề nghị tham vấn chính là việc chính thức đưa một tranh chấp ra WTO và khởi động quá trình áp dụng các quy định giải quyết tranh chấp. Thành viên khiếu kiện đưa ra đề nghị tham vấn với thành viên bị kiện nhưng cũng phải thông báo đề nghị này tới Cơ quan giải quyết tranh chấp (DSB), các Hội đồng và Ủy ban giám sát Hiệp định liên quan (Điều 4.4 của DSU). Cũng theo Điều này, một đề nghị tham vấn phải được đệ trình bằng văn bản và phải đưa ra các lý do đề nghị, xác định các vấn đề gây tranh cãi và chỉ ra các cơ sở pháp lý của bên khiếu kiện.
Trừ trường hợp có các thỏa thuận khác, bên bị khiếu kiện phải trả lời đề nghị tham vấn trong vòng 10 ngày và phải bước vào tham vấn với thiện chí trong khoảng thời gian không quá 30 ngày sau ngày nhận được đề nghị tham vấn. Nếu bên bị khiếu kiện không đáp ứng thời hạn trên, bên khiếu kiện ngay lập tức có thể tiến hành các bước để có thể xét xử giải quyết tranh chấp và đề nghị thành lập một Ban Hội thẩm (Điều 4.3 của DSU).
Ngay cả trong trường hợp bên khiếu kiện cam kết tham vấn thì bên khiếu kiện vẫn có thể tiến hành đề nghị thành lập một Ban Hội thẩm trong khoảng thời gian sớm nhất là 60 ngày kể từ ngày nhận được đề nghị tham vấn, với điều kiện là vẫn chưa tìm được một giải pháp thỏa đáng nào trong quá trình tham vấn.
Tuy nhiên, bước tham vấn có thể kết thúc sớm hơn nếu các bên cũng cân nhắc thấy rằng các cuộc tham vấn không giải quyết được tranh chấp (Điều 4.7 của DSU). Trong thực tế, các tranh chấp thường cho phép họ có một khoảng thời gian đáng kể dài hơn mức tối thiểu là 60 ngày.
Trong trường hợp khẩn cấp bao gồm các vấn đề liên quan tới hàng hóa dễ hư hỏng, các thành viên phải bước vào tham vấn trong khoảng thời gian không quá 10 ngày sau ngày nhận được đề nghị tham vấn. Nếu các cuộc tham vấn không giải quyết được tranh chấp trong khoảng thời gian 20 ngày kể từ ngày nhận được đề nghị thì bên khiếu kiện có thể đề nghị thành lập một Ban Hội thẩm (Điều 4.8 của DSU).
Một thành viên của WTO không phải là bên khiếu kiện, không phải là bên bị khiếu kiện có thể quan tâm đến vấn đề mà các bên tranh chấp đang thảo luận trong các cuộc tham vấn của họ. Trong trường hợp đó, thành viên nói trên được coi là bên thứ ba trong các cuộc tham vấn. Thành viên đó có thể đề nghị tham gia các cuộc tham vấn nếu thấy lợi ích của họ bị tác động bởi các cuộc tham vấn này.
Giai đoạn Hội thẩm
Nếu các cuộc tham vấn không giải quyết được tranh chấp thì bên khiếu kiện có thể đề nghị thành lập một Ban Hội thẩm để xét xử tranh chấp. Nội dung của đề nghị thành lập Ban Hội thẩm là rất quan trọng, vì theo Điều 7.1 của DSU, đề nghị đó xác định các điều khoản tham chiếu chuẩn cho việc xem xét tranh chấp của Ban Hội thẩm.
Do đó, điều quan trọng là phải soạn thảo đề nghị thành lập Ban Hội thẩm đủ tính chính xác để tránh làm cho bên bị khiếu kiện phản đối ngay từ đầu chống lại khiếu kiện hoặc khiến cho Ban Hội thẩm từ chối xem xét đối với một vài khía cạnh của đơn kiện.
Ngay cả sau khi Ban Hội thẩm đã được DSB thành lập thì việc xác định thành phần của Ban Hội thẩm là cần thiết vì WTO không có Ban Hội thẩm thường trực cũng như không có các Hội thẩm viên thường trực mà thành phần các Ban Hội thẩm được xác định tuỳ tính chất từng vụ việc (Điều 8 của DSU).
Ban Hội thẩm có thể gồm ba hoặc năm thành viên tuỳ từng trường hợp cụ thể. Các ứng cử viên Hội thẩm phải đáp ứng một số yêu cầu nhất định về chuyên môn và tính độc lập (các điều 8.1 và 8.2 của DSU). Khi Ban Thư ký WTO đề xuất bổ nhiệm các cá nhân có năng lực làm thành viên của Ban Hội thẩm, các bên không được phản đối sự bổ nhiệm này trừ khi có các lý do bắt buộc (Điều 8.6 của DSU).
Các Hội thẩm viên làm việc độc lập với tư cách của cá nhân họ mà không phải là đại diện chính phủ hay tổ chức nơi họ làm việc.
Các thành viên WTO bị cấm không được đưa ra các chỉ đạo cho Hội thẩm viên hoặc làm tác động tới họ liên quan đến tranh chấp đang giải quyết.
Trong trường hợp có nhiều bên khiếu kiện, tức là có hơn một thành viên đề nghị thành lập Ban Hội thẩm liên quan tới cùng một vấn đề, Điều 9.1 của DSU sẽ được áp dụng, theo đó yêu cầu DSB nếu khả thi thì chỉ thiết lập một Ban Hội thẩm để xem xét các khiếu kiện có tính tới quyền của tất cả các thành viên.
Một khi được thành lập và xác định thành phần, Ban Hội thẩm bây giờ tồn tại như một thiết chế tập thể và bắt đầu làm việc, mà trước tiên là đệ trình tài liệu liên quan và xét xử miệng. Sau đó Ban Hội thẩm nghị án và chuẩn bị báo cáo của Ban Hội thẩm.
Thông qua báo cáo của Ban Hội thẩm
Báo cáo của Ban hội thẩm chỉ có hiệu lực ràng buộc khi đã được DSB thông qua. Tuy nhiên, nếu một bên nào đó có kháng cáo thì việc thông qua chưa được thực hiện, vì còn chờ sự xem xét của Cơ quan Phúc thẩm.
Để được thông qua tại cuộc họp DSB, báo cáo của Ban Hội thẩm (mà không bị kháng cáo) phải được đưa vào trong chương trình nghị sự của cuộc họp DSB.
Trong trường hợp một trong hai bên (bên khiếu kiện và bên bị khiếu kiện) có kháng cáo, vụ việc sẽ được xem xét lại ở cấp phúc thẩm, với những trình tự và thủ tục riêng cho giai đoạn này. Tuy nhiên, thủ tục xét xử phúc thẩm nhìn chung phải hoàn tất trong vòng 60 ngày và trong mọi trường hợp không được vượt quá 90 ngày kể từ ngày nộp thông báo kháng cáo.
Sau khi DSB thông qua các báo cáo về việc xét xử vụ kiện, trong vòng 30 ngày, bên thua kiện phải thông báo cho DSB về dự định thực hiện các khuyến nghị và phán quyết của DSB.